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- PDB-7opk: Crystal structure of C. thermophilum Xrn2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7opk
タイトルCrystal structure of C. thermophilum Xrn2
要素5'-3' exoribonuclease
キーワードRNA / degradation / metabolism / hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / DNA-templated transcription termination / mRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / RNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-3' exoribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Overbeck, J.H. / Sprangers, R.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Observation of conformational changes that underlie the catalytic cycle of Xrn2.
著者: Overbeck, J.H. / Stelzig, D. / Fuchs, A.L. / Wurm, J.P. / Sprangers, R.
履歴
登録2021年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-3' exoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2743
ポリマ－100,2251
非ポリマー492
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area29800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.780, 198.780, 69.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 5'-3' exoribonuclease


分子量: 100225.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0008830 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G0S058, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.76 % / 解説: needles
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Magnesium formate, 20 %(w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 31644 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 63.06 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.0679 / Rrim(I) all: 0.3085 / Net I/σ(I): 13.65
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / 冗長度: 19.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique obs: 3130 / CC1/2: 0.786 / CC star: 0.938 / Rpim(I) all: 0.4547 / Rrim(I) all: 2.037 / % possible all: 99.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FQD

3fqd


解像度: 3→49.69 Å / SU ML: 0.3746 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.8028
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2223 1495 4.73 %
Rwork0.1802 30104 -
obs0.1822 31599 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5306 0 2 1 5309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00345453
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56337385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0429768
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8622083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.10.34971460.27082689X-RAY DIFFRACTION99.93
3.1-3.210.3121450.25962678X-RAY DIFFRACTION99.75
3.21-3.340.30531360.24752724X-RAY DIFFRACTION99.69
3.34-3.490.26971460.22062693X-RAY DIFFRACTION99.86
3.49-3.670.24351370.18482732X-RAY DIFFRACTION99.97
3.67-3.90.20841150.17372763X-RAY DIFFRACTION99.97
3.9-4.20.2261340.16292699X-RAY DIFFRACTION99.93
4.2-4.620.19461600.14742738X-RAY DIFFRACTION100
4.63-5.290.16711240.15752756X-RAY DIFFRACTION99.97
5.29-6.660.21131260.172772X-RAY DIFFRACTION99.97
6.67-49.690.17891260.16382860X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 88.7994438754 Å / Origin y: -26.9454813922 Å / Origin z: 0.189443296424 Å
111213212223313233
T0.510833114257 Å2-0.0388777867492 Å20.0159460572308 Å2-0.369192229672 Å20.0169627824759 Å2--0.363787614915 Å2
L0.515851459601 °2-0.358614326645 °20.0638044963371 °2-1.42347337518 °20.121963263859 °2--1.31079752627 °2
S-0.0252331702967 Å °-0.0610257530379 Å °0.0669279316649 Å °-0.0522047573311 Å °0.0531987689013 Å °0.0376376977977 Å °-0.403091273499 Å °0.0117374259504 Å °-0.0300184688973 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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