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- PDB-7oon: The X-ray structure of heme-bound murine HEBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oon
タイトルThe X-ray structure of heme-bound murine HEBP1
要素Heme-binding protein 1
キーワードAPOPTOSIS / Heme-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / heme metabolic process / G alpha (i) signalling events / heme binding / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SOUL haem-binding protein / SOUL heme-binding protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者McEwen, A.G. / Poussin-Courmontagne, P. / Birck, C. / Goodfellow, B.J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Coord. Chem. Rev / 年: 2021
タイトル: The SOUL family of heme-binding proteins: Structure and function 15 years later
著者: Goodfellow, B.J. / Freire, F. / Carvalho, A.L. / Aveiro, S.S. / Charbonnier, P. / Moulis, J.M. / Delgado, L. / Ferreira, G.C. / Rodrigues, J.E. / Poussin-Courmontagne, P. / Birck, C. / McEwen, A. / Macedo, A.L.
履歴
登録2021年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme-binding protein 1
B: Heme-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4576
ポリマ－41,0322
非ポリマー1,4254
水55831
1
A: Heme-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3254
ポリマ－20,5161
非ポリマー8093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heme-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1322
ポリマ－20,5161
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.493, 79.492, 85.074
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Heme-binding protein 1 / p22HBP


分子量: 20515.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 7-190 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hebp1, Hbp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R257
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 5000 MME, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→48.94 Å / Num. obs: 19098 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 2.597 % / Biso Wilson estimate: 76.91 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 0.768 / Net I/σ(I): 5.78 / Num. measured all: 49603
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.78-2.952.5081.8620.637559332330140.1342.34590.7
2.95-3.162.581.0971.247732308929970.3521.38197
3.16-3.412.5380.6262.326844290426970.6610.78992.9
3.41-3.732.7180.3584.316722264224730.8620.44793.6
3.73-4.172.70.187.175938239721990.9580.22591.7
4.17-4.812.6020.09111.15068209419480.9810.11593
4.81-5.872.6530.08311.984564180317200.9820.10495.4
5.87-8.252.5560.06712.973307138812940.9910.08493.2
8.25-48.942.4720.0517.3918697937560.9930.06395.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.25データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R8J

3r8j


解像度: 2.8→48.94 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.47 / 位相誤差: 30.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 893 4.72 %
Rwork0.2101 18021 -
obs0.2112 18914 94.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 241.63 Å2 / Biso mean: 101.8774 Å2 / Biso min: 39.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2836 0 96 31 2963
Biso mean--87.27 71.23 -
残基数----369
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.980.34741690.36013067323697
2.98-3.210.35561120.32263110322296
3.21-3.530.31781480.29312950309893
3.53-4.040.30561510.2092921307292
4.04-5.090.17921410.16162984312594
5.09-48.940.17451720.1732989316194
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1632-0.41930.68373.68060.14281.07460.22330.0172-0.28540.0878-0.12541.06360.07560.12420.02860.33690.019-0.03440.524-0.06760.738352.532-0.2696122.8919
20.91520.24210.21210.92740.12591.69970.36020.33370.2485-1.556-0.31950.0668-0.15120.04950.12581.63360.33990.04120.80980.03880.545365.915515.865195.3516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' )A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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