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- PDB-7ony: Crystal structure of PBP3 from P. aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ony
タイトルCrystal structure of PBP3 from P. aeruginosa
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PBP3 / peptidoglycan synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Freischem, S. / Grimm, I. / Weiergraeber, O.H.
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Interaction Mode of the Novel Monobactam AIC499 Targeting Penicillin Binding Protein 3 of Gram-Negative Bacteria.
著者: Freischem, S. / Grimm, I. / Lopez-Perez, A. / Willbold, D. / Klenke, B. / Vuong, C. / Dingley, A.J. / Weiergraber, O.H.
履歴
登録2021年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,10814
ポリマ－57,6161
非ポリマー1,49313
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.057, 124.995, 74.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.494, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-996-

HOH

21A-1051-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3


分子量: 57615.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: ftsI, pbpB, PA4418 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G3XD46, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 9 mg/ml PBP3, 0.1 M MES, 5% (w/v) PEG3000; 30% (v/v) PEG200, 10% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→39.55 Å / Num. obs: 42918 / % possible obs: 70.4 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.773→1.966 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2146 / CC1/2: 0.641 / Rrim(I) all: 1.159 / % possible all: 4.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.19.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OC2

3oc2


解像度: 1.77→39.55 Å / SU ML: 0.2149 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.3493
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2134 2128 4.96 %
Rwork0.1798 40787 -
obs0.1815 42915 55.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→39.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3765 0 94 274 4133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00374030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66585473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.95991504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.810.442110.4232X-RAY DIFFRACTION0.68
1.81-1.860.450490.2905200X-RAY DIFFRACTION4.09
1.86-1.910.3097370.2884572X-RAY DIFFRACTION11.89
1.91-1.970.2911860.28441196X-RAY DIFFRACTION25
1.97-2.030.309950.27011700X-RAY DIFFRACTION34.73
2.03-2.10.26381100.26132036X-RAY DIFFRACTION42.13
2.1-2.190.25591100.24092389X-RAY DIFFRACTION48.13
2.19-2.290.24861530.2292691X-RAY DIFFRACTION55.54
2.29-2.410.24821620.22123103X-RAY DIFFRACTION63.07
2.41-2.560.23791760.21633496X-RAY DIFFRACTION71.25
2.56-2.750.26182300.20853981X-RAY DIFFRACTION82.04
2.75-3.030.23022140.20474649X-RAY DIFFRACTION94.37
3.03-3.470.2082410.18674891X-RAY DIFFRACTION99.09
3.47-4.370.19542420.14844889X-RAY DIFFRACTION99.32
4.37-39.550.18522620.15384962X-RAY DIFFRACTION99.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.198602343471-1.074217721920.8434739308123.52894821956-3.116566660272.43199431749-0.0556487275477-0.346692766063-0.1420531021230.2109048231980.213155569503-0.379862410092-0.3628996670440.1957268520240.1598964901830.384651723520.2294564261130.05437216796980.3803570088580.2453212450010.32592919896846.2504374863-16.649101463537.2451658463
21.139823361910.026858904943-0.6733875612132.037263191-0.6753954365523.10851670652-0.1064865870650.170958526916-0.07247863415540.02971539816990.2787051505570.4546000186570.191312824513-0.488397526922-0.06582145931430.05075914992160.0148947944105-0.02762386738610.2403577082210.08314992987650.26452098137937.3021971954.401700049992.59331818271
35.96713392949-0.169151009997-0.5480988182762.80322472619-0.1439871749993.49717794454-0.0864835136610.31783995841-0.344869540751-0.1001128275920.316739284740.5216042320040.240462739731-0.783656657846-0.04998549495810.185253887579-0.0755083185653-0.05478728222960.5306667899670.2008626840480.48270706881726.60932430051.745743831620.688466455573
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A and resseq 51:17651 - 1761 - 126
22chain A and resseq 177:481177 - 481127 - 431
33chain A and resseq 482:563482 - 563432 - 505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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