PDB-7onp: Wild type carbonic anhydrase II with bound IrCp* complex to gener...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7onp

タイトル

Wild type carbonic anhydrase II with bound IrCp* complex to generate an artificial transfer hydrogenase (ATHase)

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / artificial metalloenzyme / artificial transfer hydrogenase / metal binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.408 Å

データ登録者

Stein, A. / Dongping, C. / Cotelle, Y. / Rebelein, J.G. / Ward, T.R.

資金援助

スイス, European Union, 2件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2021
タイトル: A Dual Anchoring Strategy for the Directed Evolution of Improved Artificial Transfer Hydrogenases Based on Carbonic Anhydrase.
著者: Stein, A. / Chen, D. / Igareta, N.V. / Cotelle, Y. / Rebelein, J.G. / Ward, T.R.

履歴

登録	2021年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7onp.cif.gz	77.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7onp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7onp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7onp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7onp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7onmC 7onqC 7onvC 6qfuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5thn-d 5n25-d 5ogn-2 3m1k-d 4zao-d 4kap-d 1cil-d 3d8w-d 6km0-d 4kuy-d 5fl6-1 5doh-1 3kig-d 4knj-d 6luw-d 5mjn-d 1ccs-d 5fl4-3 5eh8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.263, 41.542, 71.972
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.388, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29273.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 205分子

#2: 化合物	ChemComp-VL2 / 4-[2-(9-chloranyl-2',3',4',5',6'-pentamethyl-4-nitro-7-oxidanylidene-spiro[1$l^{4},8-diaza-9$l^{8}-iridabicyclo[4.3.0]nona-1,3,5-triene-9,1'-1$l^{8}-iridapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexane]-8-yl)ethyl]benzenesulfonamide 分子量: 712.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₈ClIrN₄O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 2.6 M (NH4)2SO4, 50 mM Tris-H2SO4, pH 7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.408→40.94 Å / Num. obs: 46067 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2108 / CC_1/2: 0.523 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QFU

6qfu

解像度: 1.408→40.937 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / WR_factor R_free: 0.19 / WR_factor R_work: 0.165 / SU B: 1.281 / SU ML: 0.048 / Average fsc free: 0.9066 / Average fsc work: 0.9091 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1821	2303	4.999 %
R_work	0.1569	43764	-
all	0.158	-	-
obs	-	46067	97.85 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.688 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.099 Å²	-0 Å²	0.535 Å²
2-	-	-0.342 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.147 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.408→40.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2039	0	50	200	2289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.205	1.786	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.442	1.589	4621
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.334	5	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.306	23.853	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.933	15	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.934	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.031	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.318	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.996	2.123	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.865	2.119	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.667	3.182	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.67	3.182	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.259	2.448	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.221	2.449	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.909	3.546	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.899	3.544	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.863	25.735	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.818	25.418	2487

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.408-1.444	0.394	160	0.355	3049	0.357	3425	0.614	0.623	93.6934	0.354
1.444-1.484	0.305	167	0.308	3164	0.308	3406	0.775	0.757	97.798	0.305
1.484-1.527	0.283	160	0.266	3042	0.267	3225	0.851	0.846	99.2868	0.262
1.527-1.574	0.24	158	0.225	3014	0.226	3196	0.901	0.902	99.2491	0.214
1.574-1.625	0.229	152	0.185	2889	0.188	3071	0.917	0.928	99.0231	0.172
1.625-1.682	0.199	149	0.17	2829	0.171	3001	0.937	0.946	99.2336	0.156
1.682-1.746	0.191	143	0.159	2712	0.161	2900	0.948	0.952	98.4483	0.146
1.746-1.817	0.189	136	0.153	2584	0.155	2758	0.95	0.956	98.6222	0.141
1.817-1.897	0.169	131	0.15	2476	0.151	2684	0.961	0.963	97.1311	0.14
1.897-1.99	0.182	122	0.15	2326	0.152	2547	0.955	0.959	96.1131	0.143
1.99-2.097	0.209	122	0.153	2310	0.156	2450	0.95	0.957	99.2653	0.147
2.097-2.224	0.169	113	0.145	2163	0.146	2296	0.965	0.967	99.1289	0.143
2.224-2.377	0.17	107	0.143	2029	0.145	2158	0.963	0.968	98.9805	0.145
2.377-2.567	0.187	100	0.147	1897	0.149	2026	0.96	0.966	98.5686	0.155
2.567-2.811	0.153	92	0.144	1751	0.144	1875	0.968	0.969	98.2933	0.156
2.811-3.141	0.179	82	0.147	1545	0.149	1677	0.961	0.968	97.0185	0.168
3.141-3.623	0.159	70	0.146	1332	0.146	1498	0.972	0.971	93.5915	0.176
3.623-4.428	0.135	62	0.124	1181	0.124	1283	0.978	0.981	96.8823	0.154
4.428-6.226	0.157	48	0.154	926	0.154	1005	0.978	0.975	96.9154	0.197
6.226-40.937	0.22	29	0.157	544	0.161	589	0.965	0.97	97.2835	0.213

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