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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7omq | ||||||
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タイトル | SaFtsZ complexed with GDPPCP and Mn2+ | ||||||
![]() | Cell division protein FtsZ | ||||||
![]() | CELL CYCLE / Cell division protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() chloroplast fission / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fernandez-Tornero, C. / Ruiz, F.M. / Andreu, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: FtsZ filament structures in different nucleotide states reveal the mechanism of assembly dynamics. 著者: Ruiz, F.M. / Huecas, S. / Santos-Aledo, A. / Prim, E.A. / Andreu, J.M. / Fernandez-Tornero, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 222.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ohhC ![]() 7ohkC ![]() 7ohlC ![]() 7ohnC ![]() 7oi2C ![]() 7ojaC ![]() 7ojbC ![]() 7ojcC ![]() 7ojdC ![]() 7ojzC ![]() 7omjC ![]() 7ompC ![]() 7on2C ![]() 7on3C ![]() 7on4C ![]() 6rvnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31940.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ftsZ / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GCP / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M lithium sulphate, 10% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, and 22% polyethylene glycol 5000 monomethyl ether (+ 20 mM MnCl2 for soaking, 23h) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→40.98 Å / Num. obs: 52628 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 20.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.88 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 5227 / CC1/2: 0.62 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6RVN 解像度: 1.45→40.98 Å / SU ML: 0.1857 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5089 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→40.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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