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- PDB-7omn: Anti-EphA1 JD1-1 VH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7omn
タイトルAnti-EphA1 JD1-1 VH domain
要素JD1-1 VH domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / VH domain / EphA1
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / IMIDAZOLE
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ereno Orbea, J. / Nilvebrant, J. / Sidhu, S. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Banting Postdoctoral Fellowships カナダ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Systematic Engineering of Optimized Autonomous Heavy-Chain Variable Domains.
著者: Nilvebrant, J. / Ereno-Orbea, J. / Gorelik, M. / Julian, M.C. / Tessier, P.M. / Julien, J.P. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2021年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JD1-1 VH domain
B: JD1-1 VH domain
C: JD1-1 VH domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,56810
ポリマ－41,0613
非ポリマー5077
水5,567309
1
A: JD1-1 VH domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9174
ポリマ－13,6871
非ポリマー2303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: JD1-1 VH domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8253
ポリマ－13,6871
非ポリマー1382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: JD1-1 VH domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8253
ポリマ－13,6871
非ポリマー1382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.870, 131.870, 49.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: 抗体 JD1-1 VH domain


分子量: 13687.090 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 1 M K2HPO4 and 0.1 M Imidazole (pH 7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.839 Å / Num. obs: 51573 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 15.708 % / Biso Wilson estimate: 29.354 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.886 / Net I/σ(I): 28.98 / Num. measured all: 810118
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.85.6010.7361.9139587869070680.7150.81181.3
1.8-1.939.130.4314.6968595821175130.9650.45691.5
1.93-2.0815.7040.28810.06117450763774790.9880.29797.9
2.08-2.2719.5010.20117.42128414705765850.9950.20793.3
2.27-2.5420.1940.12626.44128836638263800.9980.129100
2.54-2.9220.6230.07642.04116890566856680.9990.078100
2.92-3.5619.6170.04665.33947494830483010.048100
3.56-4.9619.2640.03386.85730103793379010.03499.9
4.96-19.83918.8440.03190.32425872303226010.03298.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B9V

3b9v


解像度: 1.7→19.839 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2223 1961 3.81 %
Rwork0.2031 49500 -
obs0.2038 51461 94.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.11 Å2 / Biso mean: 25.6869 Å2 / Biso min: 12.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→19.839 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2874 0 36 309 3219
Biso mean--26.37 31.96 -
残基数----372
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.74230.26771110.2594286577
1.7423-1.78930.30231250.2542313284
1.7893-1.8420.26861310.251336390
1.842-1.90140.3271380.2653355996
1.9014-1.96930.37521290.3559325687
1.9693-2.0480.2241450.20743702100
2.048-2.14110.25161500.21843729100
2.1411-2.25390.24491350.2398334996
2.2539-2.39490.28871450.2257364998
2.3949-2.57940.23981500.21683726100
2.5794-2.83830.20781510.20293750100
2.8383-3.24750.20621480.19943762100
3.2475-4.08560.19291550.17273782100
4.0856-19.8390.16811480.1553876100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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