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- PDB-7omk: The NMR structure of the Zf-GRF domains from the mouse Endonuclea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7omk
タイトルThe NMR structure of the Zf-GRF domains from the mouse Endonuclease VIII-LIKE 3 (mNEIL3)
要素Endonuclease 8-like 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Zinc Finger / NEIL3-GRF / DNA repair / DNA damage
機能・相同性
機能・相同性情報


Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / MCM complex binding / DNA N-glycosylase activity / bubble DNA binding / single strand break repair / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity ...Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / MCM complex binding / DNA N-glycosylase activity / bubble DNA binding / single strand break repair / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / single-stranded DNA binding / chromosome / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, GRF-type / GRF zinc finger / Zinc finger GRF-type profile. / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain ...Zinc finger, GRF-type / GRF zinc finger / Zinc finger GRF-type profile. / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Ribosomal protein S13-like, H2TH
類似検索 - ドメイン・相同性
Endonuclease 8-like 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dinesh, D.C. / Huskova, A. / Srb, P. / Veverka, V. / Silhan, J.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Academy of SciencesRVO: 61388963 チェコ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Model of abasic site DNA cross-link repair; from the architecture of NEIL3 DNA binding domains to the X-structure model.
著者: Huskova, A. / Dinesh, D.C. / Srb, P. / Boura, E. / Veverka, V. / Silhan, J.
履歴
登録2021年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease 8-like 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8191
ポリマ－10,8191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7110 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)35 / 100all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease 8-like 3 / DNA glycosylase FPG2 / DNA glycosylase/AP lyase Neil3 / Endonuclease VIII-like 3 / Nei-like protein 3


分子量: 10818.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Neil3 / プラスミド: pSUMO / 詳細 (発現宿主): N-terminal His-SUMO tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR
参照: UniProt: Q8K203, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HBHA(CO)NH
161isotropic13D HN(CO)CA
191isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic13D 1H-13C NOESY
1111isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic13D H(CCO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 250 uM [U-13C; U-15N] NEIL3-GRF, 95% H2O/5% D2O
詳細: 250uM [U-13C; U-15N] mNEIL3-GRF, 12.5 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1mM TCEP
Label: 13C_15N / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 250 uM / 構成要素: NEIL3-GRF / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態詳細: 250 uM [U-13C; U-15N] mNEIL3-GRF, 12.5 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1mM TCEP
イオン強度: 50 mM / Label: NMR_sample / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospinデータ解析
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
YASARAYASARAstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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