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- PDB-7omi: Bs164 in complex with mannocyclophellitol epoxide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7omi
タイトルBs164 in complex with mannocyclophellitol epoxide
要素Glyco_hydro_42M domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 42 / Beta-galactosidase trimerisation / Beta-galactosidase trimerisation domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Chem-VKN / Beta-galactosidase trimerisation domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides salyersiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Armstrong, Z. / Mcgregor, N. / Davies, G.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Synthesis of broad-specificity activity-based probes for exo -beta-mannosidases.
著者: McGregor, N.G.S. / Kuo, C.L. / Beenakker, T.J.M. / Wong, C.S. / Offen, W.A. / Armstrong, Z. / Florea, B.I. / Codee, J.D.C. / Overkleeft, H.S. / Aerts, J.M.F.G. / Davies, G.J.
履歴
登録2021年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
BBB: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
CCC: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
DDD: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
EEE: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
FFF: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,03959
ポリマ－460,0606
非ポリマー4,97953
水38,4622135
1
AAA: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
CCC: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
DDD: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,61331
ポリマ－230,0303
非ポリマー2,58328
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13840 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area67520 Å2
手法PISA
2
BBB: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
EEE: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
FFF: Glyco_hydro_42M domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,42628
ポリマ－230,0303
非ポリマー2,39625
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12870 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area67210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.452, 104.426, 170.781
Angle α, β, γ (deg.)92.292, 97.351, 106.554
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 AAABBBCCCDDDEEEFFF

#1: タンパク質
Glyco_hydro_42M domain-containing protein


分子量: 76676.672 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides salyersiae (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1071_03408 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I9SUA3
#5: 糖
ChemComp-VKN / (1R,2S,4S,5R)-6-(hydroxymethyl)cyclohexane-1,2,3,4,5-pentol


タイプ: saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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非ポリマー , 4種, 2182分子

#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Ammonium tartrate pH 6.5 , 14 % PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976284 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976284 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→65.87 Å / Num. obs: 438305 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / Num. unique obs: 21409 / CC1/2: 0.302

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T7G

6t7g


解像度: 1.76→65.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 22062 5.035 %
Rwork0.2314 416151 -
all0.233 --
obs-438213 97.15 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 34.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.461 Å21.673 Å2-0.551 Å2
2--0.165 Å20.088 Å2
3----2.376 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→65.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31540 0 314 2135 33989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01332708
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.01729439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.64344233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3111.57368605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.34753922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57323.9191628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.339155522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1881591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.24223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0236252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.026965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.25996
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2090.226083
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.215642
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0670.212714
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.21880
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2210.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2120.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2640.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1940.27
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8253.56215703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8253.56215702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7765.33519620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7775.33519621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4333.85817005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4333.85817006
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9855.65224613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9855.65224614
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.0640.97936911
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.05740.94736863
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.8060.37217190.35930319X-RAY DIFFRACTION95.8619
1.806-1.8550.34115800.34129693X-RAY DIFFRACTION96.1211
1.855-1.9090.31914450.30228688X-RAY DIFFRACTION95.4361
1.909-1.9680.31714730.2928203X-RAY DIFFRACTION96.5324
1.968-2.0320.29514180.27827372X-RAY DIFFRACTION96.5719
2.032-2.1030.28414160.25726460X-RAY DIFFRACTION96.7782
2.103-2.1830.27913700.24725600X-RAY DIFFRACTION97.3014
2.183-2.2720.26313520.23624716X-RAY DIFFRACTION97.5124
2.272-2.3730.26512200.23123629X-RAY DIFFRACTION96.8394
2.373-2.4890.27112070.2322482X-RAY DIFFRACTION96.6031
2.489-2.6230.27611690.23821669X-RAY DIFFRACTION98.0256
2.623-2.7820.27111220.22220431X-RAY DIFFRACTION97.7638
2.782-2.9750.24210630.21419335X-RAY DIFFRACTION98.5792
2.975-3.2130.259010.22218031X-RAY DIFFRACTION98.4094
3.213-3.5190.2788840.2416640X-RAY DIFFRACTION98.6156
3.519-3.9340.2567780.23815036X-RAY DIFFRACTION98.7326
3.934-4.5430.2827020.2513177X-RAY DIFFRACTION98.0294
4.543-5.5630.1775380.15311253X-RAY DIFFRACTION98.8929
5.563-7.8630.1974560.1678702X-RAY DIFFRACTION98.9626
7.863-65.870.1982490.1684717X-RAY DIFFRACTION98.4731

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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