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- PDB-7omg: Crystal structure of KOD DNA Polymerase in a ternary complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7omg
タイトルCrystal structure of KOD DNA Polymerase in a ternary complex with an Uracil containing template
要素
  • DNA polymerase
  • Primer
  • Template
キーワードREPLICATION / ternary complex / DNA polymerase / uracil
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / intein-mediated protein splicing / exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / endonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II intein domain IV / DNA polymerase II intein Domain IV / B family DNA polymerase, thumb domain / LAGLIDADG-like domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 ...DNA polymerase II intein domain IV / DNA polymerase II intein Domain IV / B family DNA polymerase, thumb domain / LAGLIDADG-like domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Betz, K. / Kropp, H.M. / Diederichs, K. / Marx, A.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for The Recognition of Deaminated Nucleobases by An Archaeal DNA Polymerase.
著者: Kropp, H.M. / Ludmann, S. / Diederichs, K. / Betz, K. / Marx, A.
履歴
登録2021年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22022年2月16日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
T: Template
P: Primer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,92712
ポリマ－100,0933
非ポリマー8349
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area35570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.403, 147.138, 71.129
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 90060.461 Da / 分子数: 1 / 変異: D141A,E143A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
遺伝子: pol, TK0001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77933, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 Template


分子量: 6431.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Primer


分子量: 3601.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 97分子

#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus A3: 0.06MDivalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dihydrate) 0.1M Buffer System 1 (1 M MES/Imidazol pH 6.5) 30% v/vPrecipitant Mix 3 (40% v/v Glycerol; 20% w/v PEG 4000)
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.000009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.026 Å / Num. obs: 66516 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 53.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 11.49
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 10239 / CC1/2: 0.157 / Rrim(I) all: 0.4266

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4085精密化
PHENIX1.19_4085精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5OMF

5omf


解像度: 2.1→46.25 Å / SU ML: 0.494 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 35.0045
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 6061 4.77 %
Rwork0.2098 120902 -
obs0.2116 66516 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6126 648 44 88 6906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00877025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02369615
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05471034
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00841116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.49752723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.120.48351480.4643511X-RAY DIFFRACTION86.09
2.12-2.150.51082050.44963778X-RAY DIFFRACTION93.39
2.15-2.170.46131820.44173963X-RAY DIFFRACTION96.49
2.17-2.20.37911880.41334010X-RAY DIFFRACTION98.66
2.2-2.230.37222220.38564051X-RAY DIFFRACTION99.16
2.23-2.260.45661940.47163891X-RAY DIFFRACTION96.12
2.26-2.290.44142080.38624078X-RAY DIFFRACTION99.91
2.29-2.330.33521780.35454084X-RAY DIFFRACTION99.91
2.33-2.360.34951880.33344151X-RAY DIFFRACTION99.98
2.36-2.40.37871950.31614067X-RAY DIFFRACTION99.98
2.4-2.440.32012040.30994069X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.490.35092250.29644003X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.540.30742370.28574084X-RAY DIFFRACTION99.98
2.54-2.590.281850.27964062X-RAY DIFFRACTION99.98
2.59-2.650.32122020.26984088X-RAY DIFFRACTION99.84
2.65-2.710.34552180.28074040X-RAY DIFFRACTION99.98
2.71-2.770.31721940.26164083X-RAY DIFFRACTION99.86
2.77-2.850.28512070.26014076X-RAY DIFFRACTION99.84
2.85-2.930.34452210.2584035X-RAY DIFFRACTION99.95
2.93-3.030.24791830.24844098X-RAY DIFFRACTION99.98
3.03-3.140.29061890.23464080X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.260.25262270.21674079X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.410.22271970.20624092X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.590.25832300.19614013X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.810.23862170.18694065X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.110.23972000.16624044X-RAY DIFFRACTION99.69
4.11-4.520.1751790.14614125X-RAY DIFFRACTION99.91
4.52-5.180.18652100.14494061X-RAY DIFFRACTION100
5.18-6.520.19922150.17154077X-RAY DIFFRACTION99.95
6.52-46.250.18462130.15474044X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.609285664280.256872817798-1.049122202351.208472779290.1992426228492.44984571432-0.03143542990220.178276090890.363296146607-0.08151901426170.061414724477-0.03850928874410.0849099287594-0.0373339232953-0.05676652757210.371714120074-0.0596953260293-0.08303471069930.3636313443110.01679815596790.431662665969-16.469797770539.8357308744-7.00527232584
24.97991093185-3.431493923142.422019201565.705325279051.227390154334.337577687550.172746020764-0.160443548359-0.08628940711420.0702234593186-0.008947396072180.1124683419270.308771908016-0.159378680139-0.1313034775040.495788069032-0.1283387896770.02183718304750.6639106733750.00593912745060.50850468718-5.0394737586833.9769134109-14.218159915
34.25370456719-0.141197827586-2.067007178531.242642642930.0751451228393.20623094127-0.2598799063171.03254070756-0.526399746122-0.5371170772510.105069238544-0.1280776085790.2217939385490.2294777717380.1667204612970.581356591992-0.1384414720470.006180295203360.896166467637-0.1411151041930.531416176454-17.311763152528.8537682142-25.4959879885
43.279009388180.3701039316321.648966994642.075595004270.4107171650522.96473147415-0.04286053242870.328862086023-0.247981762499-0.198139086817-0.06945563379180.3228852872170.033076365703-0.1033663460730.1335987105520.3357448718340.0198741243836-0.02670619777950.363944871203-0.09162427054640.467855725734-46.801186453621.6809064363-16.339934927
52.74518206542-0.9365750035930.4678247082032.14519925244-0.06618196123571.675092761290.06962908830060.634646866911-0.381646796576-0.480054310113-0.263579158347-0.3779392971110.3945179192550.4101322674390.1805554441780.6318484912590.09160890217650.1219572735670.595894722593-0.07966073973360.71038745763-24.9917510052.6380292168-30.071847096
66.349899036955.724675078335.263200673975.204957577034.653342179544.612943051710.829339656771.9379789717-2.03437602658-1.0917088496-0.09944708635-2.086313723140.854347968661.21347119145-0.6425066060320.842605177250.1815078773690.01741020497020.854966048924-0.223216045960.955886565229-18.812930894730.5844819176-1.04197351619
71.34004416021-2.327713566040.6426190487544.92542968717-0.3320974745340.7185520030040.172403480549-0.12770511012-0.616762400294-0.0611636112305-0.185390463286-0.3021071822840.538036804550.1856532163470.007521538382330.6871702201960.03891222738210.06864451315230.5330994560030.04969123307260.954034046819-30.42857272321.47067726839-14.1051342107
80.508939987706-0.7446906394090.4915051380976.90587934599-0.2824405991150.6676100759830.0352524665457-0.144191186676-0.6704698253430.985589454734-0.130798878913-0.3388276113660.00933111110270.05796024667760.09411009389670.6956289703950.0710820223440.03817205361390.5761956805040.02643177036410.99382861282-30.9488225924-1.11500691502-16.0589424204
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 214 )AA1 - 2141 - 214
22chain 'A' and (resid 215 through 255 )AA215 - 255215 - 255
33chain 'A' and (resid 256 through 363 )AA256 - 363256 - 363
44chain 'A' and (resid 364 through 570 )AA364 - 570364 - 570
55chain 'A' and (resid 571 through 747 )AA571 - 747571 - 747
66chain 'T' and (resid 2 through 7 )TC - E2 - 7
77chain 'T' and (resid 8 through 21 )TE8 - 21
88chain 'P' and (resid 1 through 12 )PF1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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