PDB-7om2: Thosea asigna virus RdRP domain in complex with Mg+2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7om2

タイトル

Thosea asigna virus RdRP domain in complex with Mg+2

要素

RNA-dependent RNA polymerase

キーワード

VIRAL PROTEIN / RdRP / polymerase

機能・相同性

RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / ATP binding / metal ion binding / RNA-dependent RNA polymerase

機能・相同性情報

生物種

Thosea asigna virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: Snapshots of a Non-Canonical RdRP in Action.
著者: Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N.

履歴

登録	2021年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7om2.cif.gz	668.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7om2.ent.gz	458.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7om2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7om2_validation.pdf.gz	335.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7om2_full_validation.pdf.gz	344.2 KB	表示
XML形式データ	7om2_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	7om2_validation.cif.gz	85.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7om2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7om2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7om6C 7om7C 7om9C 7omaC 4xhiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cx6-d 5cyr-d 7oma-1 4xhi-d 7om7-2 7om6-d 3mau-d 6f2c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA-dependent RNA polymerase

B: RNA-dependent RNA polymerase

ヘテロ分子

155 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The protein is forming a dimer as observed by size exclusion chromatography.

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.844, 149.003, 100.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	RNA-dependent RNA polymerase 分子量: 77110.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thosea asigna virus (ウイルス) / 遺伝子: RdRp / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6A562
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 19% PEG 3350, 0.18M MgSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→80.51 Å / Num. obs: 116849 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.9 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.04
反射シェル	解像度: 2.07→2.14 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 1.342 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 12183 / CC_1/2: 0.601 / % possible all: 99.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XHI

4xhi

解像度: 2.07→80.51 Å / SU ML: 0.2086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1711
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	5631	4.82 %
R_work	0.1718	111218	-
obs	0.1733	116849	94.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→80.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10457	0	43	1109	11609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10739
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.943	14546
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0537	1584
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	1875
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.9627	3989

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.09	0.3107	208	0.2576	3853	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.09-2.12	0.2891	190	0.2493	3875	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.12-2.14	0.2896	208	0.2379	3886	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.14-2.17	0.2812	196	0.2276	3869	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.17-2.2	0.292	173	0.219	3874	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.2-2.22	0.256	138	0.2157	2574	X-RAY DIFFRACTION	87.01
2.27-2.29	0.2605	179	0.2149	2994	X-RAY DIFFRACTION	98.66
2.29-2.33	0.2608	191	0.1996	3914	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.33-2.37	0.2499	187	0.1982	3892	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.37-2.41	0.2451	193	0.1914	3866	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.41-2.45	0.2446	194	0.1911	3897	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.45-2.5	0.2391	179	0.1917	3896	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.5-2.55	0.2416	200	0.1844	3895	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.55-2.61	0.2593	191	0.1814	3892	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.61-2.67	0.2328	200	0.1795	3880	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.67-2.73	0.2142	203	0.1871	3895	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.73-2.81	0.2352	209	0.196	3927	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.81-2.89	0.222	195	0.1857	3861	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.89-2.98	0.2065	192	0.1716	3911	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.98-3.09	0.2227	204	0.1722	3921	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.09-3.21	0.2084	187	0.1746	3915	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.21-3.36	0.1969	214	0.1679	3905	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.36-3.54	0.1928	191	0.1662	3919	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.54-3.76	0.1824	189	0.1469	3917	X-RAY DIFFRACTION	98.87
3.76-4.05	0.1648	206	0.138	3924	X-RAY DIFFRACTION	99.18
4.05-4.46	0.1534	210	0.1337	3929	X-RAY DIFFRACTION	99.04
4.46-5.1	0.1615	189	0.1362	3973	X-RAY DIFFRACTION	98.88
5.1-6.43	0.1795	192	0.1709	4028	X-RAY DIFFRACTION	99.06
6.43-80.51	0.1694	223	0.1728	4136	X-RAY DIFFRACTION	98.6

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.2522816818 Å / Origin y: -31.2313208633 Å / Origin z: -73.4543215453 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.185686311054 Å²	0.0184213203439 Å²	0.00340741541255 Å²	-	0.174787481915 Å²	-0.0121275493303 Å²	-	-	0.205989819039 Å²
L	0.06706154574 °²	0.0543894827677 °²	-0.0245860017376 °²	-	0.0310176234703 °²	-0.0382548717801 °²	-	-	0.233994376221 °²
S	0.0101599298941 Å °	0.00215097503375 Å °	-0.0114721978299 Å °	-0.00157691030151 Å °	0.00348061971206 Å °	-0.00149871923297 Å °	-0.022769076465 Å °	-0.00480728125612 Å °	-2.79745568522E-12 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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