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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7om2 | |||||||||
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Title | Thosea asigna virus RdRP domain in complex with Mg+2 | |||||||||
![]() | RNA-dependent RNA polymerase | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / RdRP / polymerase | |||||||||
Function / homology | RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / ATP binding / metal ion binding / RNA-dependent RNA polymerase![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Snapshots of a Non-Canonical RdRP in Action. Authors: Ferrero, D.S. / Falqui, M. / Verdaguer, N. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 668.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 458.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 335.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 344.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 56.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 85.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7om6C ![]() 7om7C ![]() 7om9C ![]() 7omaC ![]() 4xhiS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 77110.609 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 64.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 19% PEG 3350, 0.18M MgSO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 10, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.07→80.51 Å / Num. obs: 116849 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.04 |
Reflection shell | Resolution: 2.07→2.14 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.342 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 12183 / CC1/2: 0.601 / % possible all: 99.86 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4XHI Resolution: 2.07→80.51 Å / SU ML: 0.2086 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.1711 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.07→80.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 25.2522816818 Å / Origin y: -31.2313208633 Å / Origin z: -73.4543215453 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |