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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7om0 | ||||||
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タイトル | Structure of Primase-Helicase in SaPI5 | ||||||
要素 | DNA primase | ||||||
キーワード | REPLICATION / Helicase / DNA binding / AMPPNP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Qiao, C.C. / Mir-Sanchis, I. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Staphylococcal self-loading helicases couple the staircase mechanism with inter domain high flexibility. 著者: Cuncun Qiao / Gianluca Debiasi-Anders / Ignacio Mir-Sanchis / 要旨: Replication is a crucial cellular process. Replicative helicases unwind DNA providing the template strand to the polymerase and promoting replication fork progression. Helicases are multi-domain ...Replication is a crucial cellular process. Replicative helicases unwind DNA providing the template strand to the polymerase and promoting replication fork progression. Helicases are multi-domain proteins which use an ATPase domain to couple ATP hydrolysis with translocation, however the role that the other domains might have during translocation remains elusive. Here, we studied the unexplored self-loading helicases called Reps, present in Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs). Our cryoEM structures of the PriRep5 from SaPI5 (3.3 Å), the Rep1 from SaPI1 (3.9 Å) and Rep1-DNA complex (3.1Å) showed that in both Reps, the C-terminal domain (CTD) undergoes two distinct movements respect the ATPase domain. We experimentally demonstrate both in vitro and in vivo that SaPI-encoded Reps need key amino acids involved in the staircase mechanism of translocation. Additionally, we demonstrate that the CTD's presence is necessary for the maintenance of full ATPase and helicase activities. We speculate that this high interdomain flexibility couples Rep's activities as initiators and as helicases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7om0.cif.gz | 502.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7om0.ent.gz | 403 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7om0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7om0_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7om0_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7om0_validation.xml.gz | 79.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7om0_validation.cif.gz | 116.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7om0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7om0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 12982MC 7olaC 7pdsC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10881 (タイトル: Staphylococcal self-loading helicases couple the staircase mechanism with inter domain high flexibility Data size: 467.6 / Data #1: PriRep5-dsDNA [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 93007.031 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: DQV53_04810, EQ90_04155, G6Y10_11370, HMPREF2819_07670 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A1S5ZIL8 #2: 化合物 | ChemComp-ANP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Primase-Helicase in SaPI5 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.669 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
緩衝液成分 | 濃度: 200 mM / 名称: Sodium Chloride / 式: NaCl |
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 1.16 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 4760 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF correction was performed by Gctf after motion correction. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 724786 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 185358 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |