PDB-7olw: Structure of the N-terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7olw

タイトル

Structure of the N-terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in complex with a synthetic beta-N-fucoside ligand

要素

Lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Bacterial lectin / Fucosides / Glycomimetic / Inhibitor / Anti-microbial

機能・相同性

Lectin Bc2l-C, N-terminal / : / Bc2l-C, N-terminal domain / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / identical protein binding / Chem-VJW / Lectin

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.32 Å

データ登録者

Bermeo, R. / Varrot, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Targeting a Multidrug-Resistant Pathogen: First Generation Antagonists of Burkholderia cenocepacia 's BC2L-C Lectin.
著者: Bermeo, R. / Lal, K. / Ruggeri, D. / Lanaro, D. / Mazzotta, S. / Vasile, F. / Imberty, A. / Belvisi, L. / Varrot, A. / Bernardi, A.

履歴

登録	2021年5月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7olw.cif.gz	71 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7olw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7olw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7olw_validation.pdf.gz	752.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7olw_full_validation.pdf.gz	752.8 KB	表示
XML形式データ	7olw_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	7olw_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7olw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7olw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oluC 2wq4S 6tid 6tig 7bfy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Lectin

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
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1

AAA: Lectin

ヘテロ分子

AAA: Lectin

ヘテロ分子

AAA: Lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.931, 42.931, 94.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-303- HOH
2	1	AAA-340- HOH
3	1	AAA-402- HOH
4	1	AAA-415- HOH
5	1	AAA-430- HOH

#1: タンパク質	Lectin 分子量: 14010.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAM0185 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EH86
#2: 化合物	ChemComp-VJW / 5-(3-aminophenyl)furan-2-carboxamido-(beta-L-fucopyranose) / 5-(3-aminophenyl)-~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]furan-2-carboxamide 分子量: 348.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.72 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: sodium citrate 1.2M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→47.44 Å / Num. obs: 23283 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / B_iso Wilson estimate: 11.2 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 30.6
反射シェル	解像度: 1.32→1.34 Å / 冗長度: 20.1 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 1150 / CC_1/2: 0.959 / R_pim(I) all: 0.158 / R_rim(I) all: 0.505 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2wq4

2wq4

解像度: 1.32→37.179 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.986 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.01 / ESU R Free: 0.009 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1293	1163	5.003 %
R_work	0.1032	22083	-
all	0.105	-	-
obs	-	23246	99.996 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.674 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.987 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.987 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.974 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.32→37.179 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	987	0	25	138	1150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.633	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.544	1.572	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.561	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.07	22.051	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.256	15	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.751	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	899
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.206	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.47	1.331	579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.463	1.328	578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.876	2.006	736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.878	2.009	737
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.09	1.555	535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.088	1.555	536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.526	2.24	801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.525	2.24	802
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.986	17.228	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.882	16.601	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.423	3	2161

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.32-1.354	0.191	72	0.12	1641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.354-1.391	0.134	90	0.105	1588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.391-1.432	0.158	65	0.089	1566	X-RAY DIFFRACTION	100
1.432-1.476	0.101	74	0.088	1496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.476-1.524	0.128	54	0.079	1476	X-RAY DIFFRACTION	100
1.524-1.578	0.117	72	0.076	1411	X-RAY DIFFRACTION	100
1.578-1.637	0.109	89	0.079	1318	X-RAY DIFFRACTION	100
1.637-1.704	0.118	71	0.073	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.704-1.779	0.125	62	0.079	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
1.779-1.866	0.107	79	0.091	1196	X-RAY DIFFRACTION	100
1.866-1.967	0.128	53	0.093	1133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.967-2.086	0.117	51	0.093	1078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.086-2.23	0.111	70	0.097	998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.408	0.131	57	0.102	942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.408-2.637	0.136	36	0.111	884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.637-2.947	0.145	51	0.11	770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.947-3.401	0.099	38	0.107	698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.401-4.16	0.131	40	0.099	587	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-5.861	0.132	23	0.126	466	X-RAY DIFFRACTION	100
5.861-37.179	0.288	16	0.242	263	X-RAY DIFFRACTION	99.6429

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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