PDB-7olu: Structure of the N-terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7olu

タイトル

Structure of the N-terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in complex with a synthetic beta-C-fucoside ligand

要素

Lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Bacterial lectin / Fucosides / Glycomimetic / Inhibitor / Anti-microbial

機能・相同性

Lectin Bc2l-C, N-terminal / : / Bc2l-C, N-terminal domain / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / identical protein binding / Chem-VJT / Lectin

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.793 Å

データ登録者

Bermeo, R. / Varrot, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Targeting a Multidrug-Resistant Pathogen: First Generation Antagonists of Burkholderia cenocepacia 's BC2L-C Lectin.
著者: Bermeo, R. / Lal, K. / Ruggeri, D. / Lanaro, D. / Mazzotta, S. / Vasile, F. / Imberty, A. / Belvisi, L. / Varrot, A. / Bernardi, A.

履歴

登録	2021年5月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7olu.cif.gz	44.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7olu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7olu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7olu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7olu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7olwC 2wq4S 6tid 6tig 7bfy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Lectin

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
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1

AAA: Lectin

ヘテロ分子

AAA: Lectin

ヘテロ分子

AAA: Lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.954, 43.954, 94.138
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-302- HOH
2	1	AAA-340- HOH
3	1	AAA-387- HOH
4	1	AAA-399- HOH

#1: タンパク質	Lectin 分子量: 14010.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAM0185 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EH86
#2: 化合物	ChemComp-VJT / (2-(4-(beta-L-fucopyranosylethynyl)phenyl)-2-methylpropan-1-amine / (2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-2-[2-[4-(1-azanyl-2-methyl-propan-2-yl)phenyl]ethynyl]-6-methyl-oxane-3,4,5-triol 分子量: 319.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₅NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.35 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: sodium citrate 1.2M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→47.07 Å / Num. obs: 9696 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.9 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 49.1
反射シェル	解像度: 1.79→1.83 Å / 冗長度: 17.2 % / R_merge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 11.1 / Num. unique obs: 563 / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.241 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2wq4

2wq4

解像度: 1.793→38.065 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 2.736 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1942	454	4.695 %
R_work	0.1396	9216	-
all	0.142	-	-
obs	-	9670	99.66 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.797 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.611 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.611 Å²	-0 Å²
3-	-	-	11.222 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.793→38.065 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	978	0	23	99	1100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.825	1.64	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.53	1.57	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.145	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.58	22.571	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.879	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.337	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	828
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.983	2.568	531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.972	2.566	530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.023	3.844	662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.021	3.847	663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.64	2.819	494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.638	2.823	495
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.156	4.118	743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.152	4.122	744
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.578	31.345	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.564	31.036	1060

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.793-1.84	0.286	26	0.207	685	X-RAY DIFFRACTION	96.2111
1.84-1.89	0.269	29	0.172	647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.945	0.251	37	0.145	641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.945-2.004	0.235	41	0.147	626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.004-2.07	0.195	38	0.155	589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.143	0.223	22	0.149	582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.143-2.223	0.277	22	0.148	586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.223-2.314	0.227	36	0.136	538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.314-2.416	0.206	27	0.141	523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.416-2.534	0.168	24	0.144	497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.671	0.215	18	0.152	481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.671-2.832	0.207	18	0.163	451	X-RAY DIFFRACTION	99.7872
2.832-3.027	0.191	18	0.146	431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.027-3.268	0.21	17	0.136	386	X-RAY DIFFRACTION	100
3.268-3.579	0.178	23	0.131	374	X-RAY DIFFRACTION	100
3.579-3.998	0.159	15	0.116	338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.998-4.611	0.125	12	0.102	285	X-RAY DIFFRACTION	100
4.611-5.634	0.24	14	0.11	248	X-RAY DIFFRACTION	100
5.634-7.911	0.141	13	0.165	194	X-RAY DIFFRACTION	100
7.911-38.065	0.166	4	0.176	114	X-RAY DIFFRACTION	96.7213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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