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- PDB-7ol9: Crystal structure of C-terminally truncated Bacillus subtilis nuc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ol9
タイトルCrystal structure of C-terminally truncated Bacillus subtilis nucleoid occlusion protein (Noc) complexed to the Noc-binding site (NBS)
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*A)-3')
  • Nucleoid occlusion protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / chromosome segregation / chromosome maintenance / protein-DNA recognition / DNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / nucleoid / division septum assembly / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoid occlusion protein / ParB/Spo0J, HTH domain / HTH domain found in ParB protein / : / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nucleoid occlusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jalal, A.S.B. / Lawson, D.M. / Le, T.B.K.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Royal SocietyURF-R-201020 英国
Wellcome Trust209500 英国
Royal SocietyRG150448 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS-E-J-000C0683 英国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: The CTP-binding domain is disengaged from the DNA-binding domain in a cocrystal structure of Bacillus subtilis Noc-DNA complex.
著者: Sukhoverkov, K.V. / Jalal, A.S.B. / Ault, J.R. / Sobott, F. / Lawson, D.M. / Le, T.B.K.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: The CTP-binding domain is disengaged from the DNA-binding domain in a co-crystal structure of Bacillus subtilis Noc-DNA complex
著者: Sukhoverkov, K.V. / Jalal, A.S.B. / Lawson, D.M. / Le, T.B.K.
履歴
登録2021年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoid occlusion protein
B: Nucleoid occlusion protein
C: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9364
ポリマ－68,9364
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area27090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.501, 99.326, 99.416
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEGLNGLNAA30 - 22930 - 229
21ILEILEGLNGLNBB30 - 22930 - 229
12DTDTDADACC1 - 161 - 16
22DTDTDADADD1 - 161 - 16

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Nucleoid occlusion protein / Noc


分子量: 29570.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The expressed protein corresponds to residues 1-242 of UniProtKB - P37524. The C-terminal sequence KLAAALEHHHHHH is a nickel affinity tag from the pET21b expression plasmid.
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: noc, yyaA, BSU40990 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37524
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*A)-3')


分子量: 4897.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Null

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→70.36 Å / Num. obs: 16242 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
2.89-3.0713.72.69325780.6840.7522.797
8.67-70.3611.10.03768610.0120.039

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y93

6y93


解像度: 2.9→70.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 20.896 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.412 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2775 829 5.2 %RANDOM
Rwork0.2296 ---
obs0.2322 15216 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 201.63 Å2 / Biso mean: 109.446 Å2 / Biso min: 65.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.73 Å2-0 Å20 Å2
2---1.09 Å2-0 Å2
3----5.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→70.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3193 650 0 0 3843
残基数----436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0123965
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0183579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1831.555509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1391.7218251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2055402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.99422.686175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.77515613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0651526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02833
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A56600.14
12B56600.14
21C13610.06
22D13610.06
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 66 -
Rwork0.407 1101 -
all-1167 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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