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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ojf | ||||||
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タイトル | CRYO-EM STRUCTURE OF SLYB13-BAMA FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
![]() | (Outer membrane ...) x 2 | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nguyen, V.S. / Remaut, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: SlyB encapsulates outer membrane proteins in stress-induced lipid nanodomains 著者: Janssens, A. / Nguyen, V.S. / Cecil, A.J. / Van der Verren, S.E. / Timmerman, E. / Deghelt, M. / Pak, A.J. / Collet, J.F. / Impens, F. / Remaut, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 433.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 12949 ![]() 7ojgC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Outer membrane ... , 2種, 14分子 ABCDEFGHIJKLMN
#1: タンパク質 | 分子量: 15613.606 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 90643.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 51分子 ![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/L8Z.gif)
![](data/chem/img/LPP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/L8Z.gif)
![](data/chem/img/LPP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-PLM / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-L8Z / ( #5: 化合物 | ChemComp-LPP / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of SlyB13-BamA from Escherichia coli タイプ: COMPLEX 詳細: SlyB13-BamA was purified from overexpression of SlyB-TEV-HIS/BamA in E. coli using using 2-step Ni-IMAC purification. Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.27 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() ![]() |
試料 | 濃度: 0.04 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結![]() | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 詳細: Back-blotting for 4 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 61 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7352 |
画像スキャン | デジタル画像の数: 7352 |
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解析
EMソフトウェア |
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3次元再構成![]() | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73756 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 56 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.14 Å2 |