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- PDB-7oig: CspA-27 cotranslational folding intermediate 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oig
タイトルCspA-27 cotranslational folding intermediate 3
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • CspA transcriptional activator
  • mRNA
  • tRNA-Ser
キーワードRIBOSOME / cotranslational folding / CspA27-3
機能・相同性
機能・相同性情報


transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly ...transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
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類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S10 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L30 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S10 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L30 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S2 / Large ribosomal subunit protein bL31 / 50S ribosomal protein L28 / Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S9 / : / 30S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS21 / 30S ribosomal protein S15 / 50S ribosomal protein L18 / 50S ribosomal protein L24 / Small ribosomal subunit protein uS19 / : / 50S ribosomal protein L5 / 50S ribosomal protein L32 / 30S ribosomal protein S8 / 30S ribosomal protein S18 / 50S ribosomal protein L27 / 50S ribosomal protein L29 / 30S ribosomal protein S13 / 50S ribosomal protein L19 / 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL23 / 30S ribosomal protein S17 / 30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS4 / : / 30S ribosomal protein S12 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Agirrezabala, X. / Samatova, E. / Macher, M. / Liutkute, M. / Gil-Carton, D. / Novacek, J. / Valle, M. / Rodnina, M.V.
資金援助 スペイン, European Union, 3件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)CTQ2015-73560-JIN スペイン
European Research Council (ERC)787926European Union
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)PGC2018-098996-B-I00 スペイン
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: A switch from α-helical to β-strand conformation during co-translational protein folding.
著者: Xabier Agirrezabala / Ekaterina Samatova / Meline Macher / Marija Liutkute / Manisankar Maiti / David Gil-Carton / Jiri Novacek / Mikel Valle / Marina V Rodnina /
要旨: Cellular proteins begin to fold as they emerge from the ribosome. The folding landscape of nascent chains is not only shaped by their amino acid sequence but also by the interactions with the ...Cellular proteins begin to fold as they emerge from the ribosome. The folding landscape of nascent chains is not only shaped by their amino acid sequence but also by the interactions with the ribosome. Here, we combine biophysical methods with cryo-EM structure determination to show that folding of a β-barrel protein begins with formation of a dynamic α-helix inside the ribosome. As the growing peptide reaches the end of the tunnel, the N-terminal part of the nascent chain refolds to a β-hairpin structure that remains dynamic until its release from the ribosome. Contacts with the ribosome and structure of the peptidyl transferase center depend on nascent chain conformation. These results indicate that proteins may start out as α-helices inside the tunnel and switch into their native folds only as they emerge from the ribosome. Moreover, the correlation of nascent chain conformations with reorientation of key residues of the ribosomal peptidyl-transferase center suggest that protein folding could modulate ribosome activity.
履歴
登録2021年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年3月1日Group: Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42024年4月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12929
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 23S rRNA
2: 16S rRNA
3: 5S rRNA
4: mRNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
I: 50S ribosomal protein L13
J: 50S ribosomal protein L14
K: 50S ribosomal protein L15
L: 50S ribosomal protein L16
M: 50S ribosomal protein L17
N: 50S ribosomal protein L18
O: 50S ribosomal protein L19
P: 50S ribosomal protein L20
Q: 50S ribosomal protein L21
R: 50S ribosomal protein L22
S: 50S ribosomal protein L23
T: 50S ribosomal protein L24
U: 50S ribosomal protein L25
V: 50S ribosomal protein L27
W: 50S ribosomal protein L28
X: 50S ribosomal protein L29
Y: 50S ribosomal protein L30
Z: 50S ribosomal protein L31
a: 50S ribosomal protein L32
b: 50S ribosomal protein L33
c: 50S ribosomal protein L34
d: 50S ribosomal protein L35
e: 50S ribosomal protein L36
f: 30S ribosomal protein S2
g: 30S ribosomal protein S3
h: 30S ribosomal protein S4
i: 30S ribosomal protein S5
j: 30S ribosomal protein S6
k: 30S ribosomal protein S7
l: 30S ribosomal protein S8
m: 30S ribosomal protein S9
n: 30S ribosomal protein S10
o: 30S ribosomal protein S11
p: 30S ribosomal protein S12
q: 30S ribosomal protein S13
r: 30S ribosomal protein S14
s: 30S ribosomal protein S15
t: 30S ribosomal protein S16
u: 30S ribosomal protein S17
v: 30S ribosomal protein S18
w: 30S ribosomal protein S19
x: 30S ribosomal protein S20
y: 30S ribosomal protein S21
z: tRNA-Ser
B: CspA transcriptional activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,157,632457
ポリマ－2,147,77955
非ポリマー9,853402
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 1234z

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 941526.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 497404.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1108570162
#3: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: CP035706.1
#4: RNA鎖 mRNA


分子量: 1868.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#54: RNA鎖 tRNA-Ser


分子量: 28464.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcde

#5: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / ribosomal protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / ribosomal protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H4IXW7
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18672.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplF, V415_19070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V8K235
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / ribosomal protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / ribosomal protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / ribosomal protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / ribosomal protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / ribosomal protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13592.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplQ, ERYG_01882 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K9TEC5
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4SQ31
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2XAW2
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7B6WTL0
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / ribosomal protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / ribosomal protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10661.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplW, A1UI_03591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1EUY1
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11208.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rplX, ECHG_03175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4SQ36
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / ribosomal protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8547.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmA, EC23916_1043 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2X5R7
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B7P765
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7155.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmC, EC23916_1173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2X6R6
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3K2S4
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 7516.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmE, CCU01_028900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P8CB21
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmF, ECDEC1D_1598 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H4J6G2
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6057.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmG, ECXG_02476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3IVN5
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / ribosomal protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpmI, EC970259_2017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V6FQE4
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B / ribosomal protein bL36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 fghijklmnopqrstuvwxy

#34: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 25072.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsB, D9J46_02895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3K3SDJ5
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 23248.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsC, G4V09_06545, NCTC9094_00425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376HTV6
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0YKB3
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16475.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsE, G994_03521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T9SGC3
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 12125.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: D9J60_11985 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7J9U446
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H4JDM0
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L7FQ03
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11254.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsJ, AD31_3986 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073G203
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5I5F5V9
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13683.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsL, EC970259_3994 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V6FZ95
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12868.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsM, EC23916_1158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2X719
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3K3H0
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9YUR8
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SYP2
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T6LV72
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 7734.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2SQR9
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9421.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsS, ECPG_02636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4VJV7
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I4T5W9
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8392.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9TH65

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 B

#55: タンパク質・ペプチド CspA transcriptional activator


分子量: 2938.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cspA, ECDEC1B_4216 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H4IHP6

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非ポリマー , 2種, 402分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S-CspA27-3 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#55 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 8 mM putrescine, 0.5 mM spermidine, 1 mM DTT, 1 mM GTP, pH 7.5
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 2.2 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.53粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
5RELION3.07CTF補正
8UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9Coot0.9モデルフィッティング
11RELION3.07初期オイラー角割当
12RELION3.07最終オイラー角割当
13RELION3.07分類
14RELION3.07３次元再構成
15PHENIX1.18モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15459 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: The software LocScale for model-based local density sharpening was used as implemented in the CCP-EM suite, version 1.3.0
原子モデル構築PDB-ID: 6ORE

6ore


Accession code: 6ORE / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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