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- PDB-7oi6: Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly interme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oi6
タイトルCryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 1
要素
  • (39S ribosomal protein ...) x 40
  • 16S rRNA
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • GTP-binding protein 10
  • Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
  • MIEF1 upstream open reading frame protein
  • Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
  • Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28
  • Ribosomal protein 63, mitochondrial
  • mitochondrial Val tRNA
  • rRNA methyltransferase 3, mitochondrial
キーワードRIBOSOME / 39S mitoribosome / ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / ribonucleoprotein granule / rRNA modification in the mitochondrion / rRNA 2'-O-methylation / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / protein lipoylation / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation ...rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / ribonucleoprotein granule / rRNA modification in the mitochondrion / rRNA 2'-O-methylation / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / protein lipoylation / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / Respiratory electron transport / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / positive regulation of mitochondrial translation / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial fission / mitochondrial large ribosomal subunit binding / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial ribosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial nucleoid / ribosomal large subunit binding / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / acyl binding / acyl carrier activity / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / cellular response to leukemia inhibitory factor / fatty acid binding / mitochondrial membrane / fibrillar center / fatty acid biosynthetic process / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / chromosome / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / endonuclease activity / mitochondrial inner membrane / RNA helicase activity / negative regulation of translation / nuclear body / rRNA binding / ribosome / RNA helicase / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / GTPase activity / mRNA binding / nucleotide binding / calcium ion binding / nucleolus / GTP binding / apoptotic process / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / : / MRM3-like substrate binding domain / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / : / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / OBG-type GTPase / GTP1/OBG ...RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / : / MRM3-like substrate binding domain / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / : / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / OBG-type GTPase / GTP1/OBG / Obg domain profile. / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / MIEF1-MP, LYR domain / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal silencing factor during starvation / : / : / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / : / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / : / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / : / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / 50S ribosome-binding GTPase / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / GTP binding domain / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Complex 1 LYR protein domain / Complex 1 protein (LYR family) / : / Beta-grasp domain superfamily / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Acyl carrier protein (ACP) / NTF2-like domain superfamily / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Phosphopantetheine attachment site / Nucleotidyltransferase superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Phosphopantetheine attachment site. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Phosphopantetheine attachment site / Ribosomal protein L11, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / GTP-binding protein 10 / Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 / Acyl carrier protein, mitochondrial ...4'-PHOSPHOPANTETHEINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / GTP-binding protein 10 / Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 / Acyl carrier protein, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein mL52 / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL64 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1 / Large ribosomal subunit protein mL53 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL63 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein uL18m / Large ribosomal subunit protein mL44 / rRNA methyltransferase 3, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL65 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28 / Large ribosomal subunit protein mL66 / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein mL39 / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Large ribosomal subunit protein uL11m / Large ribosomal subunit protein mL42
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å
データ登録者Cheng, J. / Berninghausen, O. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A distinct assembly pathway of the human 39S late pre-mitoribosome.
著者: Jingdong Cheng / Otto Berninghausen / Roland Beckmann /
要旨: Assembly of the mitoribosome is largely enigmatic and involves numerous assembly factors. Little is known about their function and the architectural transitions of the pre-ribosomal intermediates. ...Assembly of the mitoribosome is largely enigmatic and involves numerous assembly factors. Little is known about their function and the architectural transitions of the pre-ribosomal intermediates. Here, we solve cryo-EM structures of the human 39S large subunit pre-ribosomes, representing five distinct late states. Besides the MALSU1 complex used as bait for affinity purification, we identify several assembly factors, including the DDX28 helicase, MRM3, GTPBP10 and the NSUN4-mTERF4 complex, all of which keep the 16S rRNA in immature conformations. The late transitions mainly involve rRNA domains IV and V, which form the central protuberance, the intersubunit side and the peptidyltransferase center of the 39S subunit. Unexpectedly, we find deacylated tRNA in the ribosomal E-site, suggesting a role in 39S assembly. Taken together, our study provides an architectural inventory of the distinct late assembly phase of the human 39S mitoribosome.
履歴
登録2021年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年4月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12919
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
E: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
F: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
H: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
K: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
L: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
M: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
N: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
O: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
Q: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
R: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
S: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
T: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
U: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
V: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
X: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
Y: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
Z: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
0: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
2: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
5: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
7: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
9: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
a: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
b: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial
c: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
d: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
g: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
h: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
i: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
j: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
o: Ribosomal protein 63, mitochondrial
p: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
q: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
r: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
s: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
u: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
v: MIEF1 upstream open reading frame protein
w: Acyl carrier protein, mitochondrial
A: 16S rRNA
x: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28
y: GTP-binding protein 10
z: rRNA methyltransferase 3, mitochondrial
B: mitochondrial Val tRNA
P: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial
W: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
6: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
I: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
J: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial
k: 39S ribosomal protein L53, mitochondrial
l: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial
1: rRNA methyltransferase 3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,854,200102
ポリマ－1,852,60952
非ポリマー1,59050
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
39S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 DEFHKLMNOQRSTUVXYZ02579abcdghi...

#1: タンパク質 39S ribosomal protein L2, mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL2m


分子量: 33355.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T653
#2: タンパク質 39S ribosomal protein L3, mitochondrial / MRP-L3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL3m


分子量: 38689.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09001
#3: タンパク質 39S ribosomal protein L4, mitochondrial / MRP-L4 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL4m


分子量: 34970.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD3
#4: タンパク質 39S ribosomal protein L9, mitochondrial / MRP-L9 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL9m


分子量: 30296.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD2
#5: タンパク質 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / MRP-L13 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL13m


分子量: 20722.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD1
#6: タンパク質 39S ribosomal protein L14, mitochondrial / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL14m


分子量: 15973.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1L8
#7: タンパク質 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL15m


分子量: 33473.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P015
#8: タンパク質 39S ribosomal protein L16, mitochondrial / MRP-L16 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL16m


分子量: 28496.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX20
#9: タンパク質 39S ribosomal protein L17, mitochondrial / MRP-L17 / LYST-interacting protein 2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL17m


分子量: 20083.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRX2
#10: タンパク質 39S ribosomal protein L19, mitochondrial / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL19m


分子量: 33584.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49406
#11: タンパク質 39S ribosomal protein L20, mitochondrial / MRP-L20 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL20m


分子量: 17479.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC9
#12: タンパク質 39S ribosomal protein L21, mitochondrial / MRP-L21 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL21m


分子量: 22847.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z2W9
#13: タンパク質 39S ribosomal protein L22, mitochondrial / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / MRP-L25 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / MRP-L25 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL22m


分子量: 23683.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWU5
#14: タンパク質 39S ribosomal protein L23, mitochondrial / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL23m / ...MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL23m / Ribosomal protein L23-like


分子量: 17807.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16540
#15: タンパク質 39S ribosomal protein L24, mitochondrial / MRP-L24 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL24m


分子量: 24953.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96A35
#16: タンパク質 39S ribosomal protein L28, mitochondrial / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / ...MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL28m


分子量: 30202.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13084
#17: タンパク質 39S ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis- ...MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis-related protein 1


分子量: 29508.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HD33
#18: タンパク質 39S ribosomal protein L30, mitochondrial / MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL30m


分子量: 18582.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCC3
#19: タンパク質 39S ribosomal protein L32, mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL32m


分子量: 21437.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC8
#20: タンパク質 39S ribosomal protein L34, mitochondrial / MRP-L34 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL34m


分子量: 10183.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQ48
#21: タンパク質 39S ribosomal protein L37, mitochondrial / MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL37


分子量: 48183.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZE1
#22: タンパク質 39S ribosomal protein L39, mitochondrial / MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / MRP-L5 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / MRP-L5 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL39


分子量: 38764.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYK5
#23: タンパク質 39S ribosomal protein L41, mitochondrial / MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 ...MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 / Cell proliferation-inducing gene 3 protein / MRP-L27 homolog / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL41


分子量: 15404.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IXM3
#24: タンパク質 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / MRP-L42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / MRP-L31 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / MRP-L31 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL42


分子量: 16691.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6G3
#25: タンパク質 39S ribosomal protein L43, mitochondrial / MRP-L43 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL43 / Mitochondrial ribosomal protein bMRP36a


分子量: 23457.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N983
#26: タンパク質 39S ribosomal protein L44, mitochondrial / MRP-L44 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL44


分子量: 37583.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H9J2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#27: タンパク質 39S ribosomal protein L45, mitochondrial / MRP-L45 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL45


分子量: 35402.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BRJ2
#28: タンパク質 39S ribosomal protein L49, mitochondrial / MRP-L49 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL49 / Neighbor of FAU / NOF / Protein NOF1


分子量: 19225.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13405
#29: タンパク質 39S ribosomal protein L50, mitochondrial / MRP-L50 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL50


分子量: 18349.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5N7
#30: タンパク質 39S ribosomal protein L51, mitochondrial / MRP-L51 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL51 / bMRP-64 / bMRP64


分子量: 15125.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4U2R6
#31: タンパク質 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / MRP-L52 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL52


分子量: 13682.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86TS9
#35: タンパク質 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial / S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / Mitochondrial large ribosomal ...S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bS18a / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL66


分子量: 22224.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVS2
#36: タンパク質 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mS30 / Programmed cell death protein 9


分子量: 50429.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NP92
#45: タンパク質 39S ribosomal protein L18, mitochondrial / MRP-L18 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL18m


分子量: 20607.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H0U6
#46: タンパク質 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / MRP-L27 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL27m


分子量: 16102.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0M9
#47: タンパク質 39S ribosomal protein L38, mitochondrial / MRP-L38 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL38


分子量: 44659.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DV4
#48: タンパク質 39S ribosomal protein L10, mitochondrial / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL10m


分子量: 29322.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7H8
#49: タンパク質 39S ribosomal protein L11, mitochondrial / MRP-L11 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL11m


分子量: 20716.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3B7
#50: タンパク質 39S ribosomal protein L53, mitochondrial / MRP-L53 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL53


分子量: 12125.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EL3
#51: タンパク質 39S ribosomal protein L54, mitochondrial / MRP-L54 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL54


分子量: 15844.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P161

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タンパク質 , 9種, 10分子 opquvwxyz1

#32: タンパク質 Ribosomal protein 63, mitochondrial / hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / ...hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6
#33: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial / 39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature ...39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature colon carcinoma transcript 1 protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL62


分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase
#34: タンパク質 Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 / 39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6- ...39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6-interacting factor 1 / CRIF1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL64 / Papillomavirus L2-interacting nuclear protein 1 / PLINP-1 / p53-responsive gene 6 protein


分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8
#37: タンパク質 Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1


分子量: 26203.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EH3
#38: タンパク質 MIEF1 upstream open reading frame protein


分子量: 8460.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: L0R8F8
#39: タンパク質 Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 17434.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14561
#41: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28 / Mitochondrial DEAD box protein 28


分子量: 59666.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NUL7, RNA helicase
#42: タンパク質 GTP-binding protein 10 / Protein obg homolog 2 / ObgH2


分子量: 42996.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A4D1E9
#43: タンパク質 rRNA methyltransferase 3, mitochondrial / 16S rRNA (guanosine(1370)-2'-O)-methyltransferase / 16S rRNA [Gm1370] 2'-O-methyltransferase / RNA ...16S rRNA (guanosine(1370)-2'-O)-methyltransferase / 16S rRNA [Gm1370] 2'-O-methyltransferase / RNA methyltransferase-like protein 1


分子量: 47086.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9HC36, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#40: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 500019.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1025814679
#44: RNA鎖 mitochondrial Val tRNA


分子量: 22022.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1485738021

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非ポリマー , 3種, 50分子

#52: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#53: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#54: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 1
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFINDCTF補正
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18134 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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