PDB-7ogy: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-benzyl-N5-cyclopropyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ogy

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1-benzyl-N5-cyclopropyl-N3-methyl-1H-pyrazole-3,5-dicarboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Inhibitor / bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Fragment-based Scaffold Hopping: Identification of Potent, Selective, and Highly Soluble Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Second Bromodomain (BD2) Inhibitors.
著者: Seal, J.T. / Atkinson, S.J. / Bamborough, P. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Foley, J. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Kruger, R.G. / Matteo, J.J. / McCabe, M.T. / ...

履歴

登録	2021年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ogy.cif.gz	45.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ogy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ogy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ogy_validation.pdf.gz	760.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ogy_full_validation.pdf.gz	760.5 KB	表示
XML形式データ	7ogy_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	7ogy_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7ogy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7ogy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oe4C 7oe5C 7oe6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uev-d 7nq9-d 5mlj-1 7npz-d 2pmj-d 7oe8-d 5a7c-4 5uex-d 6e6j-3 7jx7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.851, 52.411, 32.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-753- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-VE5 / N5-cyclopropyl-N3-methyl-1-(phenylmethyl)pyrazole-3,5-dicarboxamide / 1-benzyl-N5-cyclopropyl-N3-methyl-1H-pyrazole-3,5-dicarboxamide 分子量: 298.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→71.85 Å / Num. obs: 15652 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.013 / Net I/σ(I): 51.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Mean I/σ(I) obs: 20 / Num. unique obs: 1821 / CC_1/2: 0.959 / % possible all: 77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: in house structure

解像度: 1.602→14.114 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 1.291 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1921	775	4.985 %
R_work	0.1574	14771	-
all	0.159	-	-
obs	-	15546	93.962 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.576 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.195 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.207 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.401 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→14.114 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	919	0	45	175	1139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.152	1.641	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.243	1.621	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.831	5	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.639	22.182	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.03	15	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.839	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.163	0.2	781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.14	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.955	1.574	454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.954	1.574	455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.674	3.52	569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.672	3.519	570
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.344	1.934	548
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.343	1.941	549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.277	4.087	770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.276	4.097	771
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.53	16.093	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.529	16.124	1206

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.602-1.643	0.242	41	0.183	784	0.185	1175	0.931	0.951	70.2128	0.155
1.643-1.687	0.184	49	0.175	907	0.175	1166	0.962	0.957	81.9897	0.151
1.687-1.735	0.172	65	0.166	937	0.166	1102	0.963	0.963	90.9256	0.147
1.735-1.788	0.206	58	0.167	1037	0.169	1123	0.952	0.961	97.5067	0.148
1.788-1.846	0.195	39	0.167	992	0.168	1042	0.944	0.961	98.9443	0.15
1.846-1.909	0.218	62	0.161	941	0.165	1017	0.95	0.958	98.6234	0.146
1.909-1.98	0.184	28	0.164	959	0.165	1007	0.951	0.959	98.0139	0.152
1.98-2.059	0.222	50	0.151	894	0.154	961	0.946	0.963	98.231	0.146
2.059-2.149	0.189	46	0.146	882	0.149	941	0.959	0.969	98.6185	0.143
2.149-2.251	0.169	42	0.138	809	0.139	869	0.968	0.973	97.9287	0.136
2.251-2.369	0.155	49	0.141	799	0.142	857	0.968	0.97	98.9498	0.145
2.369-2.509	0.194	32	0.141	761	0.143	810	0.96	0.971	97.9012	0.146
2.509-2.676	0.155	40	0.14	717	0.141	775	0.969	0.974	97.6774	0.149
2.676-2.882	0.175	40	0.152	658	0.154	707	0.964	0.97	98.727	0.161
2.882-3.143	0.162	38	0.147	606	0.148	655	0.969	0.973	98.3206	0.166
3.143-3.493	0.163	24	0.144	570	0.144	605	0.978	0.976	98.1818	0.164
3.493-3.993	0.209	28	0.148	508	0.151	558	0.955	0.973	96.0574	0.177
3.993-4.795	0.215	20	0.177	437	0.178	474	0.954	0.961	96.4135	0.222
4.795-6.421	0.317	15	0.206	367	0.211	399	0.939	0.937	95.7393	0.251
6.421-14.114	0.237	9	0.244	206	0.244	268	0.91	0.918	80.2239	0.294

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関連情報:EMDBヘッダ

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