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- PDB-7ogu: Plant peptide hormone receptor complex H1C9S1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ogu
タイトルPlant peptide hormone receptor complex H1C9S1
要素
  • CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9
  • Receptor-like protein kinase HSL1
  • Somatic embryogenesis receptor kinase 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Plant receptor LRR pepide hormone / PEPTIDE BINDING PROTEIN Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phloem development / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / maintenance of root meristem identity / microsporogenesis / floral organ abscission / pollen maturation / brassinosteroid mediated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / apoplast / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity ...phloem development / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / maintenance of root meristem identity / microsporogenesis / floral organ abscission / pollen maturation / brassinosteroid mediated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / apoplast / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / receptor serine/threonine kinase binding / Golgi organization / regulation of cell differentiation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9/10/11/12/13 / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase ...CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9/10/11/12/13 / : / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Somatic embryogenesis receptor kinase 1 / CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9 / Receptor-like protein kinase HSL1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.872 Å
データ登録者Roman, A.O. / Jimenez-Sandoval, P. / Santiago, J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_173101 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: HSL1 and BAM1/2 impact epidermal cell development by sensing distinct signaling peptides.
著者: Roman, A.O. / Jimenez-Sandoval, P. / Augustin, S. / Broyart, C. / Hothorn, L.A. / Santiago, J.
履歴
登録2021年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Receptor-like protein kinase HSL1
BBB: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
CCC: CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9
DDD: Receptor-like protein kinase HSL1
EEE: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
FFF: CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9
GGG: Receptor-like protein kinase HSL1
HHH: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
III: CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9
JJJ: Receptor-like protein kinase HSL1
KKK: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
LLL: CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,03962
ポリマ－359,53212
非ポリマー17,50750
水84747
1
AAA: Receptor-like protein kinase HSL1
BBB: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
CCC: CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,14818
ポリマ－89,8833
非ポリマー5,26515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
DDD: Receptor-like protein kinase HSL1
EEE: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
FFF: CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,94516
ポリマ－89,8833
非ポリマー5,06213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
GGG: Receptor-like protein kinase HSL1
HHH: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
III: CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,60914
ポリマ－89,8833
非ポリマー3,72611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
JJJ: Receptor-like protein kinase HSL1
KKK: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
LLL: CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,33714
ポリマ－89,8833
非ポリマー3,45411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.962, 169.894, 143.547
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.744, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21DDD
32AAA
42GGG
53AAA
63JJJ
74BBB
84EEE
95BBB
105HHH
116BBB
126KKK
137CCC
147FFF
158DDD
168GGG
179DDD
189JJJ
1910EEE
2010HHH
2111EEE
2211KKK
2312GGG
2412JJJ
2513HHH
2613KKK
2714III
2814LLL

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERCYSCYSAAAA13 - 6062 - 595
211SERSERCYSCYSDDDD13 - 6062 - 595
322SERSERCYSCYSAAAA13 - 6062 - 595
422SERSERCYSCYSGGGG13 - 6062 - 595
533SERSERGLYGLYAAAA13 - 6042 - 593
633SERSERGLYGLYJJJJ13 - 6042 - 593
744ASNASNPROPROBBBB27 - 2118 - 192
844ASNASNPROPROEEEE27 - 2118 - 192
955ASNASNPROPROBBBB27 - 2118 - 192
1055ASNASNPROPROHHHH27 - 2118 - 192
1166ASNASNPROPROBBBB27 - 2118 - 192
1266ASNASNPROPROKKKK27 - 2118 - 192
1377ARGARGASNASNCCCC109 - 1201 - 12
1477ARGARGASNASNFFFF109 - 1201 - 12
1588SERSERCYSCYSDDDD13 - 6062 - 595
1688SERSERCYSCYSGGGG13 - 6062 - 595
1799SERSERGLYGLYDDDD13 - 6042 - 593
1899SERSERGLYGLYJJJJ13 - 6042 - 593
191010ASNASNPROPROEEEE27 - 2118 - 192
201010ASNASNPROPROHHHH27 - 2118 - 192
211111ASNASNPROPROEEEE27 - 2118 - 192
221111ASNASNPROPROKKKK27 - 2118 - 192
231212SERSERGLYGLYGGGG13 - 6042 - 593
241212SERSERGLYGLYJJJJ13 - 6042 - 593
251313ASNASNPROPROHHHH27 - 2118 - 192
261313ASNASNPROPROKKKK27 - 2118 - 192
271414LEULEUASNASNIIII110 - 1202 - 12
281414LEULEUASNASNLLLL110 - 1202 - 12

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12
7Local NCS retraints between domains: 13 14
8Local NCS retraints between domains: 15 16
9Local NCS retraints between domains: 17 18
10Local NCS retraints between domains: 19 20
11Local NCS retraints between domains: 21 22
12Local NCS retraints between domains: 23 24
13Local NCS retraints between domains: 25 26
14Local NCS retraints between domains: 27 28

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 AAADDDGGGJJJBBBEEEHHHKKK

#1: タンパク質
Receptor-like protein kinase HSL1 / Protein HAESA-LIKE1


分子量: 66569.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HSL1, At1g28440, F3M18.12 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9SGP2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質
Somatic embryogenesis receptor kinase 1 / AtSERK1 / Somatic embryogenesis receptor-like kinase 1


分子量: 21978.709 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SERK1, At1g71830, F14O23.21, F14O23_24 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q94AG2, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 CCCFFFIIILLL

#3: タンパク質・ペプチド
CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9


分子量: 1334.482 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CLE9, At1g26600, T1K7.3 / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q9FZE4

-
糖 , 8種, 42分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#11: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 55分子

#12: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M K/Na tartrate 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000029 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月21日
放射モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000029 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→49.095 Å / Num. obs: 101500 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.132 / Rrim(I) all: 0.25 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
15.73-49.096.50.02862810.0170.033
2.87-2.926.71.68446490.541.0611.995

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IXO

5ixo


解像度: 2.872→49.095 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 22.531 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.387 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 5185 5.11 %
Rwork0.2382 96287 -
all0.239 --
obs-101472 99.621 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 52.948 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.384 Å20 Å2-0.06 Å2
2---3.518 Å2-0 Å2
3----4.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.872→49.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23182 0 1147 47 24376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
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X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01722643
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2250.225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.287
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X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0640.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3335.70812660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3335.70812659
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7888.55915813
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7056.06412300
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1399.00918407
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X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0430.055743
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X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_130.0520.055768
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_140.0660.05205
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.052850.05011
12DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.052850.05011
23AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.05880.05011
24GGGX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.05880.05011
35AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.051690.05011
36JJJX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.051690.05011
47BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.043330.05012
48EEEX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.043330.05012
59BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.050970.05011
510HHHX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.050970.05011
611BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.044540.05011
612KKKX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.044540.05011
713CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.075550.05005
714FFFX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.075550.05005
815DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.045840.05011
816GGGX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.045840.05011
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1019EEEX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.046720.05011
1020HHHX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.046720.05011
1121EEEX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.04880.05011
1122KKKX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.04880.05011
1223GGGX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.056490.05011
1224JJJX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.056490.05011
1325HHHX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.052030.05011
1326KKKX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.052030.05011
1427IIIX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.066370.05007
1428LLLX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.066370.05007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.872-2.9470.3953770.39468500.39475290.5330.51795.98880.383
2.947-3.0270.3873460.38269160.38272640.4990.51699.97250.37
3.027-3.1150.3583510.36367540.36271080.4710.48199.95780.348
3.115-3.210.3373610.33265160.33368790.6550.66399.97090.313
3.21-3.3150.3263750.30563130.30666880.7720.7681000.286
3.315-3.4310.3023420.29361070.29364500.8160.81699.98450.272
3.431-3.5590.3023060.2659210.26262300.8570.86399.95180.234
3.559-3.7040.2543230.23757110.23860350.8910.89999.98340.213
3.704-3.8680.2392860.2254870.22157740.9140.91799.98270.196
3.868-4.0550.2142850.19852660.19955560.9340.93799.910.176
4.055-4.2730.2352730.17449660.17752440.9290.94799.90460.153
4.273-4.530.1872490.16347060.16549630.950.95599.83880.145
4.53-4.840.1922160.15744360.15946540.9520.9699.9570.137
4.84-5.2230.2032500.16941270.17143870.9490.95799.77210.148
5.223-5.7150.2331900.20438150.20540080.9330.93999.92510.18
5.715-6.3790.2681700.22334650.22536380.9090.92399.91750.2
6.379-7.3450.2511470.19430930.19632440.9310.94199.87670.174
7.345-8.9460.2531650.23425810.23527490.9140.91699.89090.214
8.946-12.4470.221240.22220260.22221530.9510.94999.86070.213
12.447-49.0950.258490.24512320.24612840.940.95999.76640.246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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