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万見
- PDB-7og5: RNA-free Ribonuclease P from Halorhodospira halophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7og5
タイトルRNA-free Ribonuclease P from Halorhodospira halophila
要素RNA-free ribonuclease P
キーワードHYDROLASE / RNAseP / metallonuclease / HARP
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal
類似検索 - 分子機能
RNA-free ribonuclease P / PINc domain ribonuclease / 5'-nuclease / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-free ribonuclease P
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Altegoer, F. / Bange, G.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structure and mechanistic features of the prokaryotic minimal RNase P.
著者: Rebecca Feyh / Nadine B Waeber / Simone Prinz / Pietro Ivan Giammarinaro / Gert Bange / Georg Hochberg / Roland K Hartmann / Florian Altegoer /
要旨: Endonucleolytic removal of 5'-leader sequences from tRNA precursor transcripts (pre-tRNAs) by ribonuclease P (RNase P) is essential for protein synthesis. Beyond RNA-based RNase P enzymes, protein- ...Endonucleolytic removal of 5'-leader sequences from tRNA precursor transcripts (pre-tRNAs) by ribonuclease P (RNase P) is essential for protein synthesis. Beyond RNA-based RNase P enzymes, protein-only versions of the enzyme exert this function in various eukarya (there termed PRORPs) and in some bacteria ( and close relatives); both enzyme types belong to distinct subgroups of the PIN domain metallonuclease superfamily. Homologs of RNase P (HARPs) are also expressed in some other bacteria and many archaea, where they coexist with RNA-based RNase P and do not represent the main RNase P activity. Here, we solved the structure of the bacterial HARP from by cryo-electron microscopy, revealing a novel screw-like dodecameric assembly. Biochemical experiments demonstrate that oligomerization is required for RNase P activity of HARPs. We propose that the tRNA substrate binds to an extended spike-helix (SH) domain that protrudes from the screw-like assembly to position the 5'-end in close proximity to the active site of the neighboring dimer. The structure suggests that eukaryotic PRORPs and prokaryotic HARPs recognize the same structural elements of pre-tRNAs (tRNA elbow region and cleavage site). Our analysis thus delivers the structural and mechanistic basis for pre-tRNA processing by the prokaryotic HARP system.
履歴
登録2021年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12878
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: RNA-free ribonuclease P
J: RNA-free ribonuclease P
F: RNA-free ribonuclease P
B: RNA-free ribonuclease P
D: RNA-free ribonuclease P
L: RNA-free ribonuclease P
E: RNA-free ribonuclease P
C: RNA-free ribonuclease P
G: RNA-free ribonuclease P
K: RNA-free ribonuclease P
I: RNA-free ribonuclease P
A: RNA-free ribonuclease P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,61612
ポリマ－288,61612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Mass photometry was performed to determine the dynamic oligomeric assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area34590 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area73650 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
RNA-free ribonuclease P / RNA-free RNase P / Protein-only RNase P


分子量: 24051.338 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (strain DSM 244 / SL1) (紅色硫黄細菌)
株: DSM 244 / SL1 / 遺伝子: Hhal_2243 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1WZ95, ribonuclease P

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dodecameric assembly of minimal RNAseP system from Halorhodospira halophila
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.39 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila SL1 (紅色硫黄細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
詳細: Solutions were prepared freshly and filtered through a 0.2 um filter
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMpotassium chlorideKCl1
220 mMTris(hydroxymethyl)aminomethanTris1
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Blot for 11s with blot force -1 before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8393

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Coot0.9.3モデルフィッティング
9PHENIX1.18モデル精密化
13cryoSPARC3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1736597 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 181 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 106.7 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010315697
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.892721159
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05072349
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00622775
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d28.21962174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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