PDB-7og2: Crystal structure of Pseudoalteromonas luteoviolacea L-amino acid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7og2

タイトル

Crystal structure of Pseudoalteromonas luteoviolacea L-amino acid oxidase

要素

Amine oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / L-amino acid

機能・相同性

: / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / Amine oxidoreductase

機能・相同性情報

生物種

Pseudoalteromonas luteoviolacea DSM 6061 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Rozeboom, H.J. / Savino, S. / Fraaije, M.W.

引用

ジャーナル: Catalysts / 年: 2021
タイトル: Kinetic and Structural Properties of a Robust Bacterial L-Amino Acid Oxidase
著者: Savino, S. / Meijer, J.D. / Rozeboom, H.J. / van Beek, H.L. / Fraaije, M.W.

履歴

登録	2021年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7og2.cif.gz	598.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7og2.ent.gz	412.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7og2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7og2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7og2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c4kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7c4n-1 7c4k-1 7c4l-1 5uis-d 7bwm-d 2nre-1 7c4m-1 5oob-2 7r7i-d 0683 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Amine oxidoreductase

B: Amine oxidoreductase

ヘテロ分子

151 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.045, 134.159, 251.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Amine oxidoreductase 分子量: 74061.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas luteoviolacea DSM 6061 (バクテリア) 遺伝子: N475_02295 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A166WMK8

-
非ポリマー , 5種, 113分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: cubes
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→48.49 Å / Num. obs: 38863 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 55.24 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4684 / CC_1/2: 0.824 / R_pim(I) all: 0.387

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C4K

7c4k

解像度: 2.8→47.17 Å / SU ML: 0.375 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.5101
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2699	1959	5.05 %
R_work	0.2025	36811	-
obs	0.2059	38770	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9872	0	138	99	10109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	10255
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0032	13940
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0547	1474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0087	1816
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0308	1350

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.87	0.4047	134	0.2988	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.87-2.95	0.3575	132	0.2614	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.95-3.03	0.2927	145	0.2441	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.03-3.13	0.2741	138	0.2224	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.13-3.24	0.3276	140	0.2136	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.24-3.37	0.3062	130	0.214	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.37-3.53	0.252	131	0.1918	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.53-3.71	0.2559	138	0.1808	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.71-3.95	0.2584	146	0.1828	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.95-4.25	0.2822	142	0.1801	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.25-4.68	0.2363	141	0.1676	2610	X-RAY DIFFRACTION	98.81
4.68-5.35	0.2463	144	0.1798	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-6.74	0.2808	153	0.2251	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.74-47.17	0.2412	145	0.2177	2804	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1093914955	0.160975713351	0.111920449122	0.992865809728	-0.0220354067132	0.498630456921	0.0354176152537	-0.336635823951	0.145364076753	0.205061939415	-0.0425127849212	-0.132993937187	-0.0464883018642	0.110278429541	0.00683809336425	0.387639030225	-0.0221817611014	0.00754654092531	0.488026685232	-0.0586593673401	0.375927792865	65.4037639574	27.0621707192	35.0213286618
2	0.921393101791	-0.269581426041	-0.0539866533702	0.58562443555	0.0103007074663	0.854160297727	-0.0275937383903	-0.11556468756	0.163890177327	0.0330093397738	-0.020673816478	0.0809810031609	-0.13700168898	-0.199795221972	0.0470943718667	0.42340352756	-0.00921191184234	0.00273329327846	0.517672540079	-0.0643157017147	0.455225120146	26.1867736848	35.3257577886	27.1294106652

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 10 through 631)	A	A	10 - 631	1 - 622
2	2	(chain 'B' and resid 15 through 624)	B	E	15 - 624	1 - 610

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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