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Yorodumi- PDB-7og0: Nontypeable Haemophillus influenzae SapA in open and closed confo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7og0 | ||||||
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Title | Nontypeable Haemophillus influenzae SapA in open and closed conformations, in complex with double stranded RNA | ||||||
Components |
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Keywords | PEPTIDE BINDING PROTEIN / NTHi / RNA binding / peptide binding / substrate binding protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.61 Å | ||||||
Authors | Lukacik, P. / Owen, C.D. / Nettleship, J.E. / Bird, L.E. / Owens, R.J. / Walsh, M.A. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Plos One / Year: 2021 Title: The structure of nontypeable Haemophilus influenzae SapA in a closed conformation reveals a constricted ligand-binding cavity and a novel RNA binding motif. Authors: Lukacik, P. / Owen, C.D. / Harris, G. / Bolla, J.R. / Picaud, S. / Alibay, I. / Nettleship, J.E. / Bird, L.E. / Owens, R.J. / Biggin, P.C. / Filippakopoulos, P. / Robinson, C.V. / Walsh, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7og0.cif.gz | 451.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7og0.ent.gz | 371.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7og0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7og0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7og0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7ofwC 7ofzC 3m8uS 6hhl S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 60217.090 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (strain 86-028NP) (bacteria) Strain: 86-028NP / Gene: sapA, NTHI1401 / Plasmid: pOPINF / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q4QL73 #2: RNA chain | Mass: 5463.326 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 22% (w/v) PEG 3350, 0.25 M NaBr, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 8, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.61→65.74 Å / Num. obs: 38239 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 52.506 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 8.27 / Num. measured all: 144976 / Scaling rejects: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3M8U Resolution: 2.61→65.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 25.301 / SU ML: 0.276 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.022 / ESU R Free: 0.331 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 253.71 Å2 / Biso mean: 57.766 Å2 / Biso min: 14.62 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.61→65.74 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.61→2.678 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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