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万見
- PDB-7ofy: Crystal structure of SQ binding protein from Agrobacterium tumefa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ofy
タイトルCrystal structure of SQ binding protein from Agrobacterium tumefaciens in complex with sulfoquinovosyl glycerol (SQGro)
要素Sulfoquinovosyl binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / sulfoquinovosyl diglyceride / SQDG / sulfoquinovose glycerol / SQGro / sulfoglycolysis
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / Chem-VCW / Maltose-binding periplasmic protein
機能・相同性情報
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Jarva, M.A. / Sharma, M. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2017-190 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Oxidative desulfurization pathway for complete catabolism of sulfoquinovose by bacteria.
著者: Sharma, M. / Lingford, J.P. / Petricevic, M. / Snow, A.J.D. / Zhang, Y. / Jarva, M.A. / Mui, J.W. / Scott, N.E. / Saunders, E.C. / Mao, R. / Epa, R. / da Silva, B.M. / Pires, D.E.V. / Ascher, ...著者: Sharma, M. / Lingford, J.P. / Petricevic, M. / Snow, A.J.D. / Zhang, Y. / Jarva, M.A. / Mui, J.W. / Scott, N.E. / Saunders, E.C. / Mao, R. / Epa, R. / da Silva, B.M. / Pires, D.E.V. / Ascher, D.B. / McConville, M.J. / Davies, G.J. / Williams, S.J. / Goddard-Borger, E.D.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfoquinovosyl binding protein
B: Sulfoquinovosyl binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,40714
ポリマ－88,1502
非ポリマー1,25712
水10,305572
1
A: Sulfoquinovosyl binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7037
ポリマ－44,0751
非ポリマー6296
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sulfoquinovosyl binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7037
ポリマ－44,0751
非ポリマー6296
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.795, 137.802, 54.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sulfoquinovosyl binding protein / Maltose-binding periplasmic protein


分子量: 44074.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: SY94_3278 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A083ZKV5
#2: 化合物 ChemComp-VCW / [(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[(2R)-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methanesulfonic acid / sulfoquinovosyl glycerol / SQGro


分子量: 318.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18O10S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 32% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris chloride, pH9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953664 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953664 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.19 Å / Num. obs: 74322 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.39 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 254947 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.730.8431331939120.5610.53211.496.8
9-47.190.0217435180.9990.0120.02335.998

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å45.61 Å
Translation1.9 Å45.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.13精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DTQ

6dtq


解像度: 1.7→47.181 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1832 3626 4.88 %
Rwork0.1494 70646 -
obs0.1511 74272 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.39 Å2 / Biso mean: 25.6471 Å2 / Biso min: 10.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→47.181 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6060 0 162 572 6794
Biso mean--31.79 37.57 -
残基数----777
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.72230.33541320.2688271596
1.7223-1.74590.33021470.2495267497
1.7459-1.77080.26311440.2297264397
1.7708-1.79730.28441690.2207269597
1.7973-1.82530.24111400.2136266398
1.8253-1.85530.26471530.204269797
1.8553-1.88730.21931290.1943268498
1.8873-1.92160.25061490.1823269797
1.9216-1.95850.23581430.1745266498
1.9585-1.99850.23311240.1579274097
1.9985-2.0420.17681210.1531268498
2.042-2.08950.18251520.1486271198
2.0895-2.14170.1981790.1421267998
2.1417-2.19960.17541660.1426268698
2.1996-2.26440.18621410.1346272398
2.2644-2.33740.19891100.139276199
2.3374-2.4210.17091150.1364275699
2.421-2.51790.1806980.14275499
2.5179-2.63250.2231270.1431277099
2.6325-2.77130.1681470.1432271199
2.7713-2.94490.17931090.1463277399
2.9449-3.17220.1861260.1488277399
3.1722-3.49130.18261310.1369274499
3.4913-3.99630.14921480.1278275099
3.9963-5.0340.14161680.1228274199
5.034-47.180.14481580.1508275898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60590.21490.14050.42170.15790.5838-0.0215-0.0089-0.02260.01280.0132-0.01920.00840.03640.00620.15560.00330.00090.1611-0.00390.17459.954-18.16912.467
20.8443-0.2529-0.18050.66160.18750.5958-0.0036-0.04550.01130.04510.0083-0.0137-0.05060.0312-0.00980.204-0.0146-0.0060.160.01420.17532.4714.5629.761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:389 )A1 - 389
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 2:389 )B2 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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