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- PDB-7of6: Structure of mature human mitochondrial ribosome large subunit in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7of6
タイトルStructure of mature human mitochondrial ribosome large subunit in complex with GTPBP6 (PTC conformation 2).
要素
  • (39S ribosomal protein ...) x 47
  • 16S ribosomal RNA
  • Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
  • Mitochondrial tRNAVal
  • Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
  • Putative GTP-binding protein 6
  • Ribosomal protein 63, mitochondrial
キーワードRIBOSOME / Mitochondria / Biogenesis / GTPase / NSUN4 / MTERF4
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation initiation / translation release factor activity / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase ...rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation initiation / translation release factor activity / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial ribosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mitochondrial small ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial translation / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / rescue of stalled ribosome / Mitochondrial protein degradation / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / cell junction / double-stranded RNA binding / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / rRNA binding / nuclear body / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / translation / ribonucleoprotein complex / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GTPase HflX / GTPase HflX, N-terminal / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTP-binding protein, middle domain / GTPase HflX, N-terminal domain superfamily / GTP-binding GTPase N-terminal / GTP-binding GTPase Middle Region / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / : / Ribosomal protein L55, mitochondrial ...GTPase HflX / GTPase HflX, N-terminal / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTP-binding protein, middle domain / GTPase HflX, N-terminal domain superfamily / GTP-binding GTPase N-terminal / GTP-binding GTPase Middle Region / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / : / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / : / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / : / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / : / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / : / : / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal subunit 39S / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosomal protein L27 / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / PEBP-like superfamily / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / : / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Beta-grasp domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L28/L24 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Putative GTP-binding protein 6 / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Putative GTP-binding protein 6 / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein mL55 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein mL52 / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL64 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein mL53 / Large ribosomal subunit protein mL48 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL63 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein uL18m / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL65 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL66 / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein mL39 / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Large ribosomal subunit protein uL11m / Large ribosomal subunit protein mL42
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hillen, H.S. / Lavdovskaia, E. / Nadler, F. / Hanitsch, E. / Linden, A. / Bohnsack, K.E. / Urlaub, H. / Richter-Dennerlein, R.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)RI 2715/1-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
German Research Foundation (DFG)FOR2848 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1160 ドイツ
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of GTPase-mediated mitochondrial ribosome biogenesis and recycling.
著者: Hauke S Hillen / Elena Lavdovskaia / Franziska Nadler / Elisa Hanitsch / Andreas Linden / Katherine E Bohnsack / Henning Urlaub / Ricarda Richter-Dennerlein /
要旨: Ribosome biogenesis requires auxiliary factors to promote folding and assembly of ribosomal proteins and RNA. Particularly, maturation of the peptidyl transferase center (PTC) is mediated by ...Ribosome biogenesis requires auxiliary factors to promote folding and assembly of ribosomal proteins and RNA. Particularly, maturation of the peptidyl transferase center (PTC) is mediated by conserved GTPases, but the molecular basis is poorly understood. Here, we define the mechanism of GTPase-driven maturation of the human mitochondrial large ribosomal subunit (mtLSU) using endogenous complex purification, in vitro reconstitution and cryo-EM. Structures of transient native mtLSU assembly intermediates that accumulate in GTPBP6-deficient cells reveal how the biogenesis factors GTPBP5, MTERF4 and NSUN4 facilitate PTC folding. Addition of recombinant GTPBP6 reconstitutes late mtLSU biogenesis in vitro and shows that GTPBP6 triggers a molecular switch and progression to a near-mature PTC state. Additionally, cryo-EM analysis of GTPBP6-treated mature mitochondrial ribosomes reveals the structural basis for the dual-role of GTPBP6 in ribosome biogenesis and recycling. Together, these results provide a framework for understanding step-wise PTC folding as a critical conserved quality control checkpoint.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structural basis of GTPase-mediated mitochondrial ribosome biogenesis and recycling
著者: Hillen, H.S. / Lavdovskaia, E. / Nadler, F. / Hanitsch, E. / Linden, A. / Bohnsack, K.E. / Urlaub, H. / Richter-Dennerlein, R.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年7月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12871
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
1: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
2: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
3: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
4: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial
5: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
6: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
7: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
8: 39S ribosomal protein L40, mitochondrial
9: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
A: 16S ribosomal RNA
B: Mitochondrial tRNAVal
C: Putative GTP-binding protein 6
D: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
E: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
F: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
H: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
I: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
J: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial
K: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
L: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
M: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
N: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
O: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
P: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial
Q: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
R: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
S: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
T: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
U: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
V: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
W: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
X: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
Y: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
Z: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
a: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
b: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial
c: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
d: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
e: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial
f: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
g: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
h: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
i: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
j: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
k: 39S ribosomal protein L53, mitochondrial
l: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial
m: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial
o: Ribosomal protein 63, mitochondrial
p: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
q: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
r: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
s: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,801,022147
ポリマ－1,797,11753
非ポリマー3,90594
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area349940 Å2
ΔGint-3100 kcal/mol
Surface area471920 Å2
手法PISA

-
要素

+
39S ribosomal protein ... , 47種, 47分子 0123456789DEFHIJKLMNOPQRSTUVWX...

#1: タンパク質 39S ribosomal protein L32, mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL32m


分子量: 21437.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC8
#2: タンパク質 39S ribosomal protein L33, mitochondrial / MRP-L33 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL33m


分子量: 7635.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75394
#3: タンパク質 39S ribosomal protein L34, mitochondrial / MRP-L34 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL34m


分子量: 10183.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQ48
#4: タンパク質 39S ribosomal protein L35, mitochondrial / MRP-L35 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL35m


分子量: 21558.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZE8
#5: タンパク質 39S ribosomal protein L36, mitochondrial / MRP-L36 / BRCA1-interacting protein 1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL36m


分子量: 11809.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0J6
#6: タンパク質 39S ribosomal protein L37, mitochondrial / MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL37


分子量: 48183.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZE1
#7: タンパク質 39S ribosomal protein L38, mitochondrial / MRP-L38 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL38


分子量: 44659.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DV4
#8: タンパク質 39S ribosomal protein L39, mitochondrial / MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / MRP-L5 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / MRP-L5 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL39


分子量: 38764.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYK5
#9: タンパク質 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / MRP-L40 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL40 / Nuclear localization signal- ...MRP-L40 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL40 / Nuclear localization signal-containing protein deleted in velocardiofacial syndrome / Up-regulated in metastasis


分子量: 24534.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NQ50
#10: タンパク質 39S ribosomal protein L41, mitochondrial / MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 ...MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 / Cell proliferation-inducing gene 3 protein / MRP-L27 homolog / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL41


分子量: 15404.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IXM3
#14: タンパク質 39S ribosomal protein L2, mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL2m


分子量: 33355.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T653
#15: タンパク質 39S ribosomal protein L3, mitochondrial / MRP-L3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL3m


分子量: 38689.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09001
#16: タンパク質 39S ribosomal protein L4, mitochondrial / MRP-L4 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL4m


分子量: 34970.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD3
#17: タンパク質 39S ribosomal protein L9, mitochondrial / MRP-L9 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL9m


分子量: 30296.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD2
#18: タンパク質 39S ribosomal protein L10, mitochondrial / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL10m


分子量: 29322.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7H8
#19: タンパク質 39S ribosomal protein L11, mitochondrial / MRP-L11 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL11m


分子量: 20716.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3B7
#20: タンパク質 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / MRP-L13 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL13m


分子量: 20722.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD1
#21: タンパク質 39S ribosomal protein L14, mitochondrial / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL14m


分子量: 15973.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1L8
#22: タンパク質 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL15m


分子量: 33473.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P015
#23: タンパク質 39S ribosomal protein L16, mitochondrial / MRP-L16 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL16m


分子量: 28496.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX20
#24: タンパク質 39S ribosomal protein L17, mitochondrial / MRP-L17 / LYST-interacting protein 2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL17m


分子量: 20083.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRX2
#25: タンパク質 39S ribosomal protein L18, mitochondrial / MRP-L18 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL18m


分子量: 20607.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H0U6
#26: タンパク質 39S ribosomal protein L19, mitochondrial / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL19m


分子量: 33584.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49406
#27: タンパク質 39S ribosomal protein L20, mitochondrial / MRP-L20 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL20m


分子量: 17479.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC9
#28: タンパク質 39S ribosomal protein L21, mitochondrial / MRP-L21 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL21m


分子量: 22847.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z2W9
#29: タンパク質 39S ribosomal protein L22, mitochondrial / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / MRP-L25 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / MRP-L25 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL22m


分子量: 23683.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWU5
#30: タンパク質 39S ribosomal protein L23, mitochondrial / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL23m / ...MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL23m / Ribosomal protein L23-like


分子量: 17807.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16540
#31: タンパク質 39S ribosomal protein L24, mitochondrial / MRP-L24 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL24m


分子量: 24953.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96A35
#32: タンパク質 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / MRP-L27 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL27m


分子量: 16102.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0M9
#33: タンパク質 39S ribosomal protein L28, mitochondrial / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / ...MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL28m


分子量: 30202.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13084
#34: タンパク質 39S ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis- ...MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis-related protein 1


分子量: 29508.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HD33
#35: タンパク質 39S ribosomal protein L30, mitochondrial / MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL30m


分子量: 18582.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCC3
#36: タンパク質 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / MRP-L42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / MRP-L31 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / MRP-L31 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL42


分子量: 16691.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6G3
#37: タンパク質 39S ribosomal protein L43, mitochondrial / MRP-L43 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL43 / Mitochondrial ribosomal protein bMRP36a


分子量: 23457.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N983
#38: タンパク質 39S ribosomal protein L44, mitochondrial / MRP-L44 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL44


分子量: 37583.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H9J2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#39: タンパク質 39S ribosomal protein L45, mitochondrial / MRP-L45 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL45


分子量: 35402.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BRJ2
#40: タンパク質 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / MRP-L46 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL46 / P2ECSL


分子量: 31748.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H2W6
#41: タンパク質 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / MRP-L48 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL48


分子量: 23970.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96GC5
#42: タンパク質 39S ribosomal protein L49, mitochondrial / MRP-L49 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL49 / Neighbor of FAU / NOF / Protein NOF1


分子量: 19225.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13405
#43: タンパク質 39S ribosomal protein L50, mitochondrial / MRP-L50 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL50


分子量: 18349.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5N7
#44: タンパク質 39S ribosomal protein L51, mitochondrial / MRP-L51 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL51 / bMRP-64 / bMRP64


分子量: 15125.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4U2R6
#45: タンパク質 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / MRP-L52 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL52


分子量: 13682.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86TS9
#46: タンパク質 39S ribosomal protein L53, mitochondrial / MRP-L53 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL53


分子量: 12125.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EL3
#47: タンパク質 39S ribosomal protein L54, mitochondrial / MRP-L54 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL54


分子量: 15844.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P161
#48: タンパク質 39S ribosomal protein L55, mitochondrial / MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL55


分子量: 15160.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7F7
#52: タンパク質 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial / S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / Mitochondrial large ribosomal ...S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bS18a / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL66


分子量: 22224.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVS2
#53: タンパク質 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mS30 / Programmed cell death protein 9


分子量: 50429.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NP92

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#11: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 500061.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1025814679
#12: RNA鎖 Mitochondrial tRNAVal


分子量: 22022.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1485738021

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タンパク質 , 4種, 4分子 Copq

#13: タンパク質 Putative GTP-binding protein 6 / Pseudoautosomal GTP-binding protein-like


分子量: 56984.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43824
#49: タンパク質 Ribosomal protein 63, mitochondrial / hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / ...hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6
#50: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial / 39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature ...39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature colon carcinoma transcript 1 protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL62


分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase
#51: タンパク質 Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 / 39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6- ...39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6-interacting factor 1 / CRIF1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL64 / Papillomavirus L2-interacting nuclear protein 1 / PLINP-1 / p53-responsive gene 6 protein


分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8

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非ポリマー , 3種, 94分子

#54: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#55: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#56: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mature human mitochondrial ribosome large subunit in complex with GTPBP6 (PTC conformation 2).
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293-Flp-In T-Rex / Organelle: Mitochondria
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / Calibrated defocus min: 200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2700 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4WarpCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2540514
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250244 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5OOL

5ool


Accession code: 5OOL / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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