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- PDB-7oeu: Model of open pentamer of the Haliangium ochraceum encapsulin fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oeu
タイトルModel of open pentamer of the Haliangium ochraceum encapsulin from symmetry expansion of icosahedral single particle reconstruction
要素
  • Haliangium ochraceum encapsulated ferritin
  • Linocin_M18 bacteriocin protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Encapsulin / encapsulated ferritin / haliangium ochraceum
機能・相同性
機能・相同性情報


encapsulin nanocompartment / ferroxidase / ferroxidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferritin-like protein / EncFtn-like / Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Encapsulated ferritin-like protein / Type 1 encapsulin shell protein
類似検索 - 構成要素
生物種Haliangium ochraceum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Marles-Wright, J. / Basle, A. / Clarke, D.J. / Ross, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N005570/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Pore dynamics and asymmetric cargo loading in an encapsulin nanocompartment.
著者: Jennifer Ross / Zak McIver / Thomas Lambert / Cecilia Piergentili / Jasmine Emma Bird / Kelly J Gallagher / Faye L Cruickshank / Patrick James / Efrain Zarazúa-Arvizu / Louise E Horsfall / ...著者: Jennifer Ross / Zak McIver / Thomas Lambert / Cecilia Piergentili / Jasmine Emma Bird / Kelly J Gallagher / Faye L Cruickshank / Patrick James / Efrain Zarazúa-Arvizu / Louise E Horsfall / Kevin J Waldron / Marcus D Wilson / C Logan Mackay / Arnaud Baslé / David J Clarke / Jon Marles-Wright /
要旨: Encapsulins are protein nanocompartments that house various cargo enzymes, including a family of decameric ferritin-like proteins. Here, we study a recombinant encapsulin:encapsulated ferritin ...Encapsulins are protein nanocompartments that house various cargo enzymes, including a family of decameric ferritin-like proteins. Here, we study a recombinant encapsulin:encapsulated ferritin complex using cryo-electron microscopy and hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry to gain insight into the structural relationship between the encapsulin shell and its protein cargo. An asymmetric single-particle reconstruction reveals four encapsulated ferritin decamers in a tetrahedral arrangement within the encapsulin nanocompartment. This leads to a symmetry mismatch between the protein cargo and the icosahedral encapsulin shell. The encapsulated ferritin decamers are offset from the interior face of the encapsulin shell. Using hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry, we observed the dynamic behavior of the major fivefold pore in the encapsulin shell and show the pore opening via the movement of the encapsulin A-domain. These data will accelerate efforts to engineer the encapsulation of heterologous cargo proteins and to alter the permeability of the encapsulin shell via pore modifications.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12864
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12864
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Linocin_M18 bacteriocin protein
1: Haliangium ochraceum encapsulated ferritin
2: Haliangium ochraceum encapsulated ferritin
3: Haliangium ochraceum encapsulated ferritin
4: Haliangium ochraceum encapsulated ferritin
5: Haliangium ochraceum encapsulated ferritin
B: Linocin_M18 bacteriocin protein
C: Linocin_M18 bacteriocin protein
D: Linocin_M18 bacteriocin protein
E: Linocin_M18 bacteriocin protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,31010
ポリマ－218,31010
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10270 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area64090 Å2
手法PISA
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "5"
d_2ens_1chain "2"
d_3ens_1chain "3"
d_4ens_1chain "4"
d_5ens_1chain "1"
d_1ens_2chain "A"
d_2ens_2chain "B"
d_3ens_2chain "C"
d_4ens_2chain "D"
d_5ens_2chain "E"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYARGF1 - 9
d_21ens_1GLYARGC1 - 9
d_31ens_1GLYARGD1 - 9
d_41ens_1GLYARGE1 - 9
d_51ens_1GLYARGB1 - 9
d_11ens_2METALAA1 - 266
d_21ens_2METALAG1 - 266
d_31ens_2METALAH1 - 266
d_41ens_2METALAI1 - 266
d_51ens_2METALAJ1 - 266

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質
Linocin_M18 bacteriocin protein


分子量: 28844.598 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (strain DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2) (バクテリア)
株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2 / 遺伝子: Hoch_3837 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0LZ74
#2: タンパク質
Haliangium ochraceum encapsulated ferritin


分子量: 14817.368 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (strain DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2) (バクテリア)
株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2 / 遺伝子: Hoch_3836 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0LZ73

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of Haliangium ochraceum encapsulin and encapsulated ferritin proteins
タイプ: COMPLEX / 詳細: Complex produced by co-expression in E. coli / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Haliangium ochraceum (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
詳細: Solutions were prepared with MilliQ water and filtered using a 0.22 um filter.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium ChlorideNaCl1
220 mMHEPES1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample mono disperse as determined by SEC
試料支持詳細: grids were glow discharged for 30 seconds / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K
詳細: blot force -5, wait time 10 seconds and blot time of 3 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40.509 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8109
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
5RELION3.1CTF補正CTFrefine
8UCSF Chimera1.1.1モデルフィッティング
10RELION3.1初期オイラー角割当Initial model
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
14PHENIX1.18モデル精密化
CTF補正詳細: CTF correction after motion correction followed by CFT refinement after 3D Refinement.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 340403
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4987966 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 11.34 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC
詳細: Initial fitting performed using chimera with real space refinement in Phenix.
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 10.66 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003710680
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.625614525
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04811640
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00381925
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.9681495
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_25ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000693409968616
ens_1d_35ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000656130568563
ens_1d_45ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000727037307503
ens_1d_55ELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00073338240873
ens_2d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000713383213481
ens_2d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000702570550283
ens_2d_4AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000714544971527
ens_2d_5AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000695351895381

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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