PDB-7oeo: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 N-(2,2-diphenylethyl)-4-meth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oeo

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 N-(2,2-diphenylethyl)-4-methoxy-3,5-dimethyl-N-(2-(methylamino)-2-oxoethyl)benzamide

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of a Highly Selective BET BD2 Inhibitor from a DNA-Encoded Library Technology Screening Hit.
著者: Rianjongdee, F. / Atkinson, S.J. / Chung, C.W. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Kaushansky, L.J. / Medeiros, P. / Messenger, C. / Phillipou, A. / Preston, A. / Prinjha, R.K. / Rioja, I. / Satz, ...

履歴

登録	2021年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oeo.cif.gz	44.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oeo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oeo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oeo_validation.pdf.gz	812.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oeo_full_validation.pdf.gz	812.2 KB	表示
XML形式データ	7oeo_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	7oeo_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oeo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oeo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oepC 7oerC 7oesC 7oetC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nqi-d 4mr6-d 5uex-d 5ueo-2 6ffe-d 7jx7-d 5uvs-d 6vix-3 5xhe-d 6e6j-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.240, 70.020, 33.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-699- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 13636.714 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 347-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-V9Z / N-(2,2-diphenylethyl)-4-methoxy-3,5-dimethyl-N-[2-(methylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]benzamide / N-(2,2-diphenylethyl)-4-methoxy-3,5-dimethyl-N-(2-(methylamino)-2-oxoethyl)benzamide 分子量: 430.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₀N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Hepes pH7.5 and 20%w/v PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→33.64 Å / Num. obs: 23991 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.51→1.55 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1319 / CC_1/2: 0.999 / % possible all: 73.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house structure

解像度: 1.51→33.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 1.474 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2292	1226	5.118 %
R_work	0.1953	22728	-
all	0.197	-	-
obs	-	23954	96.043 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.04 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.559 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.519 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→33.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	905	0	32	169	1106

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	972
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.157	1.645	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.234	1.63	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.858	5	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.146	22.449	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.089	15	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.976	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.28	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.088	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.63	3.122	447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.602	3.107	446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.668	6.981	558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.67	7.005	559
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.066	3.452	524
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.065	3.45	525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.433	7.548	748
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.431	7.546	749
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.438	29.38	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.436	29.378	1209

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.51-1.549	0.324	70	0.274	1243	0.276	1817	0.75	0.8	72.262	0.249
1.549-1.592	0.266	60	0.265	1396	0.265	1778	0.861	0.853	81.8898	0.244
1.592-1.638	0.258	84	0.251	1497	0.252	1691	0.866	0.871	93.495	0.224
1.638-1.688	0.243	99	0.223	1563	0.224	1679	0.895	0.919	98.9875	0.201
1.688-1.743	0.256	78	0.225	1539	0.226	1620	0.907	0.917	99.8148	0.198
1.743-1.804	0.221	80	0.207	1488	0.208	1570	0.929	0.935	99.8726	0.181
1.804-1.872	0.228	83	0.208	1438	0.209	1523	0.935	0.934	99.8687	0.18
1.872-1.948	0.241	80	0.206	1379	0.208	1460	0.93	0.94	99.9315	0.186
1.948-2.034	0.276	75	0.21	1313	0.213	1391	0.915	0.935	99.7843	0.187
2.034-2.133	0.199	70	0.185	1277	0.186	1350	0.947	0.95	99.7778	0.169
2.133-2.248	0.227	68	0.182	1228	0.184	1296	0.933	0.953	100	0.174
2.248-2.384	0.24	51	0.182	1150	0.185	1204	0.935	0.951	99.7508	0.173
2.384-2.548	0.23	58	0.194	1089	0.196	1148	0.939	0.944	99.9129	0.186
2.548-2.75	0.218	54	0.189	1027	0.191	1082	0.931	0.942	99.9076	0.188
2.75-3.011	0.24	48	0.189	950	0.192	1000	0.911	0.943	99.8	0.197
3.011-3.363	0.218	47	0.194	864	0.195	915	0.942	0.952	99.5628	0.206
3.363-3.877	0.18	38	0.179	771	0.179	809	0.966	0.964	100	0.202
3.877-4.732	0.208	28	0.169	662	0.17	692	0.969	0.969	99.711	0.201
4.732-6.627	0.222	32	0.209	530	0.21	564	0.951	0.955	99.6454	0.247
6.627-33.64	0.297	23	0.199	324	0.205	350	0.944	0.953	99.1429	0.237

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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