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- PDB-7oec: Crystal structure of an intein from a hyperthermophile -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oec
タイトルCrystal structure of an intein from a hyperthermophile
要素DNA polymerase II large subunit
キーワードSPLICING / protein splicing / intein
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / intein-mediated protein splicing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / : / : / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2, central domain / DNA polymerase II large subunit DP2, catalytic domain / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. ...DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / : / : / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2, central domain / DNA polymerase II large subunit DP2, catalytic domain / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / HNH nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA polymerase II large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Hannes, B. / Hiltunen, M. / Iwai, H.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland137995, 277335, 336450 フィンランド
引用
ジャーナル: Microorganisms / 年: 2021
タイトル: Mini-Intein Structures from Extremophiles Suggest a Strategy for Finding Novel Robust Inteins.
著者: Hiltunen, M.K. / Beyer, H.M. / Iwai, H.
#1: ジャーナル: Preprints / 年: 2021
タイトル: Mini-Intein Structures from Extremophiles Suggest a Strategy for Finding Novel Robust Inteins
著者: Hiltunen, M.K. / Beyer, H.M. / Iwai, H.
履歴
登録2021年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase II large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9897
ポリマ－19,4541
非ポリマー5356
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area8990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.820, 70.820, 70.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-311-

HOH

21A-368-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase II large subunit / Pol II / Exodeoxyribonuclease large subunit


分子量: 19454.188 Da / 分子数: 1 / 変異: C1A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: polC, PH0121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express
参照: UniProt: O57861, DNA-directed DNA polymerase, exodeoxyribonuclease I
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES pH 6, 15 % (W/v) PEG 550 MME, 30 mM zinc sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月24日
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→35.41 Å / Num. obs: 30560 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 23.39 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.35
反射 シェル解像度: 1.48→1.533 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.22 / Num. unique obs: 2977 / CC1/2: 0.445 / % possible all: 99.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT1.18.2_3874データ抽出
PHENIX1.18.2_3874精密化
GDAデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RPQ

6rpq


解像度: 1.48→35.41 Å / SU ML: 0.1201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.5066
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1868 2864 5.01 %
Rwork0.1538 54339 -
obs0.1555 30534 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→35.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1362 0 26 76 1464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01691444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48291959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1125222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1743550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.510.27341420.19472719X-RAY DIFFRACTION99.41
1.51-1.530.27651400.17992691X-RAY DIFFRACTION99.89
1.53-1.560.20391490.15392728X-RAY DIFFRACTION99.97
1.56-1.590.20411410.14962711X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.630.17911430.13692690X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.670.1831450.12592765X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.710.19471420.12192678X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.750.17271490.12062750X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.810.21521430.11672728X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.860.17891470.12792734X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.930.18251430.11592697X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.010.16891420.12582706X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.10.19591390.12362716X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.210.16211390.12812735X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.350.20841410.12812726X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.530.17111470.14242702X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.780.15621390.17182739X-RAY DIFFRACTION100
2.78-3.190.22641440.18222713X-RAY DIFFRACTION100
3.19-4.010.17931450.17092720X-RAY DIFFRACTION99.97
4.02-35.410.18391440.16292691X-RAY DIFFRACTION98.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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