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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oec | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of an intein from a hyperthermophile | |||||||||
要素 | DNA polymerase II large subunit | |||||||||
キーワード | SPLICING / protein splicing / intein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exodeoxyribonuclease I / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / intein-mediated protein splicing / DNA catabolic process / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å | |||||||||
データ登録者 | Hannes, B. / Hiltunen, M. / Iwai, H. | |||||||||
資金援助 | フィンランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Microorganisms / 年: 2021 タイトル: Mini-Intein Structures from Extremophiles Suggest a Strategy for Finding Novel Robust Inteins. 著者: Hiltunen, M.K. / Beyer, H.M. / Iwai, H. #1: ジャーナル: Preprints / 年: 2021 タイトル: Mini-Intein Structures from Extremophiles Suggest a Strategy for Finding Novel Robust Inteins 著者: Hiltunen, M.K. / Beyer, H.M. / Iwai, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oec.cif.gz | 137.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oec.ent.gz | 90.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oec.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oec_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oec_full_validation.pdf.gz | 446.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7oec_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oec_validation.cif.gz | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oec | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6rpqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19454.188 Da / 分子数: 1 / 変異: C1A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: polC, PH0121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express 参照: UniProt: O57861, DNA-directed DNA polymerase, exodeoxyribonuclease I | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MES pH 6, 15 % (W/v) PEG 550 MME, 30 mM zinc sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月24日 |
放射 | モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→35.41 Å / Num. obs: 30560 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 23.39 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.533 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.22 / Num. unique obs: 2977 / CC1/2: 0.445 / % possible all: 99.97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6RPQ 解像度: 1.48→35.41 Å / SU ML: 0.1201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.5066 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.48→35.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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