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- PDB-7oe8: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N5-((1R,5S,6r)-3-oxabic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oe8
タイトルC-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N5-((1R,5S,6r)-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl)-3-(1H-indol-4-yl)-N7-methyl-2,3-dihydrobenzofuran-5,7-dicarboxamide
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Inhibitor / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly ...histone H4K12ac reader activity / histone H4K5ac reader activity / histone H3K14ac reader activity / acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V9Q / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.301 Å
データ登録者Chung, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Optimization of a Series of 2,3-Dihydrobenzofurans as Highly Potent, Second Bromodomain (BD2)-Selective, Bromo and Extra-Terminal Domain (BET) Inhibitors.
著者: Lucas, S.C.C. / Atkinson, S.J. / Chung, C.W. / Davis, R. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.J.R. / Grimes, T. / Phillipou, A. / Preston, A.G. / Prinjha, R.K. / Rioja, I. / Taylor, S. / ...著者: Lucas, S.C.C. / Atkinson, S.J. / Chung, C.W. / Davis, R. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.J.R. / Grimes, T. / Phillipou, A. / Preston, A.G. / Prinjha, R.K. / Rioja, I. / Taylor, S. / Tomkinson, N.C.O. / Wall, I. / Watson, R.J. / Woolven, J. / Demont, E.H.
履歴
登録2021年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9744
ポリマ－13,4321
非ポリマー5423
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area6870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.934, 52.389, 31.998
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-746-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-V9Q / (3S)-3-(1H-indol-4-yl)-N7-methyl-N5-[(1R,5S)-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-2,3-dihydro-1-benzofuran-5,7-dicarboxamide / N5-((1R,5S,6r)-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl)-3-(1H-indol-4-yl)-N7-methyl-2,3-dihydrobenzofuran-5,7-dicarboxamide


分子量: 417.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→19.51 Å / Num. obs: 29361 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 15.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 3570 / CC1/2: 0.924 / % possible all: 82.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (6-FEB-2020)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: in house model

解像度: 1.301→19.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.063 / SU Rfree Blow DPI: 0.06 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.056
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2147 1408 -RANDOM
Rwork0.2037 ---
obs0.2042 29329 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1299 Å20 Å20 Å2
2--1.2341 Å20 Å2
3----3.364 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.301→19.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数923 0 39 164 1126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091009HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.851362HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d361SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes168HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1009HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion116SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1018SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.7
LS精密化 シェル解像度: 1.301→1.31 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 20 -
Rwork0.2 --
obs--67.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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