PDB-7oe6: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N4-hydroxycyclohexyl-N2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oe6

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N4-hydroxycyclohexyl-N2-methyl-5-phenylethyl-furan-2,4-dicarboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Inhibitor / bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.762 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Fragment-based Scaffold Hopping: Identification of Potent, Selective, and Highly Soluble Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Second Bromodomain (BD2) Inhibitors.
著者: Seal, J.T. / Atkinson, S.J. / Bamborough, P. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Foley, J. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Kruger, R.G. / Matteo, J.J. / McCabe, M.T. / ...

履歴

登録	2021年5月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oe6.cif.gz	49.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oe6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oe6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oe6_validation.pdf.gz	711.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oe6_full_validation.pdf.gz	711.5 KB	表示
XML形式データ	7oe6_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	7oe6_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oe6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oe6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oe4C 7oe5C 7ogyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z8p-d 6z7f-d 7nq3-d 6zb2-d 6swp-d 7oe5-d 1e6i-d 6c7q-d 5dw1-2 5hfr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.007, 52.532, 32.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-873- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-V9K / 2N-methyl-4N-(4-oxidanylcyclohexyl)-5-[(1S)-1-phenylethyl]furan-2,4-dicarboxamide / N4-hydroxycyclohexyl-N2-methyl-5-phenylethyl-furan-2,4-dicarboxamide 分子量: 370.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₆N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→42.44 Å / Num. obs: 12247 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1783 / CC_1/2: 0.809 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: in house structure

解像度: 1.762→32.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.595 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1893	617	5.055 %
R_work	0.1561	11588	-
all	0.158	-	-
obs	-	12205	96.788 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.143 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.192 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.541 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.733 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.762→32.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	919	0	35	273	1227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.187	1.65	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.226	1.635	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.184	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.218	21.356	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.477	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.209	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	487
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	350
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.418	2.145	464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.384	2.133	462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.471	4.785	585
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.476	4.804	585
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.833	2.535	555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.831	2.537	556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.106	5.458	789
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.104	5.462	790
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.286	23.559	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.308	20.548	1219

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.762-1.807	0.201	34	0.232	871	0.23	909	0.911	0.899	99.56	0.197
1.807-1.857	0.241	55	0.225	812	0.226	873	0.916	0.908	99.3127	0.19
1.857-1.91	0.279	44	0.206	809	0.21	863	0.884	0.911	98.8412	0.174
1.91-1.969	0.245	52	0.194	779	0.197	841	0.921	0.929	98.8109	0.16
1.969-2.033	0.179	45	0.178	774	0.178	829	0.948	0.944	98.7937	0.15
2.033-2.104	0.198	46	0.16	731	0.162	789	0.946	0.952	98.4791	0.137
2.104-2.183	0.208	28	0.154	724	0.156	770	0.955	0.954	97.6623	0.129
2.183-2.272	0.224	34	0.153	671	0.157	724	0.944	0.957	97.3757	0.128
2.272-2.372	0.224	31	0.128	668	0.132	715	0.93	0.967	97.7622	0.106
2.372-2.488	0.169	30	0.138	628	0.14	685	0.964	0.967	96.0584	0.113
2.488-2.621	0.153	31	0.134	591	0.135	646	0.969	0.969	96.2848	0.115
2.621-2.779	0.164	30	0.143	565	0.144	613	0.955	0.967	97.0636	0.117
2.779-2.969	0.205	31	0.141	542	0.144	592	0.945	0.97	96.7905	0.118
2.969-3.205	0.173	25	0.139	488	0.141	539	0.973	0.97	95.1762	0.121
3.205-3.507	0.125	26	0.126	447	0.126	504	0.978	0.979	93.8492	0.117
3.507-3.916	0.193	24	0.135	409	0.138	464	0.963	0.977	93.319	0.131
3.916-4.51	0.154	18	0.137	363	0.137	416	0.972	0.978	91.5865	0.134
4.51-5.497	0.197	13	0.15	320	0.151	364	0.971	0.972	91.4835	0.151
5.497-7.663	0.212	10	0.21	243	0.21	284	0.958	0.954	89.0845	0.196
7.663-32.14	0.143	10	0.201	153	0.198	188	0.97	0.968	86.7021	0.212

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関連情報:EMDBヘッダ

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