PDB-7odi: Crystal structure of bovine Hsc70(aa1-554)E213A/D214A in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7odi

タイトル

Crystal structure of bovine Hsc70(aa1-554)E213A/D214A in complex with methanesulfonamide

要素

Heat shock cognate 71 kDa protein

キーワード

CHAPERONE

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / HSF1-dependent transactivation / Protein methylation / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / PKR-mediated signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / synaptic vesicle uncoating / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Zehe, M. / Grimm, C. / Sotriffer, C.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Combined In-Solution Fragment Screening and Crystallographic Binding-Mode Analysis with a Two-Domain Hsp70 Construct.
著者: Zehe, M. / Kehrein, J. / Schollmayer, C. / Plank, C. / Kovacs, H. / Merino Asumendi, E. / Holzgrabe, U. / Grimm, C. / Sotriffer, C.

履歴

登録	2021年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7odi.cif.gz	255.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7odi.ent.gz	181.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7odi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7odi_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7odi_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7odi_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	7odi_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h54C 7o6rC 7odbC 7oddC 7plkC 4fl9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Heat shock cognate 71 kDa protein

ヘテロ分子

61.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.847, 49.566, 86.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.837, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Heat shock cognate 71 kDa protein / Heat shock 70 kDa protein 8 分子量: 60978.867 Da / 分子数: 1 / 変異: E213A, D214A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: HSPA8, HSC70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19120

-
非ポリマー , 5種, 220分子

#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-V7Z / methanesulfonamide / 72879 / Methane sulfonamide / Methylsulfonamide / メタンスルホンアミド分子量: 95.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₅NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, TMAO, HEPES-NaOH, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→47.9 Å / Num. obs: 48499 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.53 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 11.87
反射シェル	解像度: 1.83→1.93 Å / Num. unique obs: 7625 / CC_1/2: 0.556

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
MxCuBE		データ収集
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FL9

4fl9

解像度: 1.83→42.87 Å / SU ML: 0.3254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.1777 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	2098	4.33 %
R_work	0.23	46320	-
obs	0.2307	48418	98.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→42.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4146	0	38	214	4398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0122	4239
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5439	5722
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1061	655
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	743
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.3669	1595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.87	0.4842	130	0.4466	2864	X-RAY DIFFRACTION	92.87
1.87-1.92	0.4243	140	0.3883	3099	X-RAY DIFFRACTION	98.93
1.92-1.97	0.3597	139	0.3503	3066	X-RAY DIFFRACTION	99.04
1.97-2.03	0.3289	139	0.3274	3074	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2.03-2.09	0.2773	140	0.3064	3091	X-RAY DIFFRACTION	99.05
2.09-2.17	0.3062	141	0.2882	3115	X-RAY DIFFRACTION	98.79
2.17-2.25	0.2957	139	0.2698	3060	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.25-2.36	0.3	143	0.2749	3144	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.36-2.48	0.2947	140	0.2632	3084	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.48-2.63	0.2603	138	0.2599	3061	X-RAY DIFFRACTION	97.68
2.63-2.84	0.2929	140	0.254	3091	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.84-3.12	0.3044	141	0.242	3136	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.12-3.58	0.2472	141	0.2171	3107	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.58-4.5	0.2037	142	0.1781	3143	X-RAY DIFFRACTION	98.95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-1.37328422078	-0.0551918689369	0.0525464210431	0.440140842767	-0.635584128227	1.19022328317	0.0752813607991	-0.0878975418302	0.576313706157	-0.19585814489	0.0849700522024	-0.104454481938	0.486101675265	-0.252259992629	2.02503459793E-10	0.349298678769	-0.173765672278	-0.0502942010348	0.256175878816	-0.0155019065652	0.136395411417	-17.116153935	-15.4793350742	-10.8256414213
2	0.273082367982	0.0579230828873	-0.105845005078	0.138146068162	-0.391089138612	0.168605534061	0.146609825561	-0.155229246874	0.0877879789715	-0.117168074056	-0.270660239519	0.170584848181	0.0688693528446	0.237968848537	-2.37135753404E-9	0.267541268468	-0.034387740148	0.0193142955638	0.348379679251	0.0632398252004	0.199157040063	12.0760919531	-16.1833957158	-18.9306453791
3	0.328548099379	-0.0167285502669	0.06600734701	0.210652515246	-0.167840506992	0.151945819219	0.114224604029	0.0405799433488	0.235013509385	-0.0272322356188	0.0324254699583	-0.00267974616271	0.101812050469	-0.0363058309719	1.31954488337E-8	0.236693817625	-0.0899112031003	0.014587906383	0.253082990334	0.00916683214232	0.272691377789	-12.4434987389	-2.27039866111	-25.9954756908
4	0.0163684079413	-0.00364449273255	-0.0140646883485	0.0252793454244	-0.0665373312694	0.0888448234916	-0.0257386135571	0.10622087262	-0.0668305436681	-0.0994739648286	-0.19587185209	0.173777198199	-0.0778881952147	0.355005338212	-2.69149025692E-7	0.23789832784	-0.120314095537	-0.0288544974587	0.325496715477	0.025926255248	0.245222986098	-40.6305796193	0.0263831685399	-34.7653501837
5	0.0552352482877	-0.064656846686	-0.0468360442143	0.0661467848479	-0.115390147823	0.0980246207781	0.289744639821	0.227399362107	-0.0563090273149	-0.274877571494	-0.495590591949	0.180488183868	-0.0685834367615	0.288480936492	1.23432253984E-6	0.294407444226	-0.0420275522218	0.0178493985209	0.389927249879	-0.0205699032967	0.33935801971	-48.2903586746	-4.18520771963	-48.8559728779
6	0.0327957497266	-0.000995481175609	-0.00626513334712	0.0323680740556	-0.0509556679792	0.00814350619664	0.471670742354	0.0113336187438	-0.316083824529	-0.0153372530866	-0.307140902574	0.199038861088	-0.267834796592	0.225363345886	5.72880961776E-7	0.168522167132	-0.00110889968314	-0.0179033292391	0.242654730216	0.00866845682075	0.26063794	-48.6299009894	-6.79046817901	-35.2902855096
7	0.0752848985529	-0.062437069424	0.0272984410249	0.0836755621895	-0.0457417882445	0.0346784924159	0.20236370205	0.407789312108	0.335347116448	-0.0370863659644	-0.367745621116	0.0336627260403	-0.0139020146654	0.0902963781766	-8.75933210841E-7	0.305076970209	0.0545100317424	0.026368894387	0.419640944727	0.0157760702928	0.254330496818	-50.6698202865	-1.80050502488	-50.4326518576
8	0.0104239808553	-0.00123917289214	-0.00265365679069	-0.00432523154741	0.0117265282504	-0.00263892890543	0.0846319372116	0.276093379255	0.259644587007	0.156952305244	-0.0700499484885	-0.230605536794	-0.10125671905	-0.126704168094	6.55394251169E-6	0.378834023286	-0.0315612027085	-0.0760802233475	0.14383485682	0.00766902623987	0.327651844157	-50.0541069382	7.79194681313	-37.5882168578
9	0.00245154610144	-0.011197611976	-0.000498497502465	0.0347642117153	-0.0281680898806	0.00113192936621	-0.000418278982123	0.0830247182416	0.125704356049	0.110808490383	0.0136323830214	0.190446456585	-0.0236247711981	-0.0686138087691	-2.40987303578E-6	0.445416303431	0.0450491047605	0.0131653285868	0.271499037948	0.034172072528	0.282577566159	-55.6907773995	4.63669574102	-45.5264120072
10	0.000894876238166	-0.00458626750851	-0.0110694535152	-0.00533323038378	-0.00987971095061	0.00237069967044	-0.0881175253531	0.0243704039687	0.100199939597	-0.126432156312	-0.192634028312	0.277945490598	-0.253035156457	0.00366469128358	3.46528232872E-6	0.559142091652	0.061200389594	0.0406252184041	0.796773479287	-0.098511141886	0.534031475122	-48.2270275318	3.84546600553	-22.0805163341
11	0.000915003079228	-0.00877543634223	-0.00203080455097	0.00747735711176	0.00823396528225	0.00797778467052	-0.00124403987184	0.100177930303	-0.151769534877	0.43571545275	0.237850171938	-0.109263019827	-0.215714181033	0.113883173768	7.11832682173E-7	0.350525500596	0.0102840725261	-0.0367075379508	0.492970021146	-0.000454692629617	0.53265019669	-36.4214105556	-6.81232330258	-21.8459678252
12	0.0181132247784	-0.0171627182836	-0.00502583910445	0.00351424964267	0.00214145174957	0.00453747712391	-0.0520401686812	0.246835885773	-0.107256405747	-0.325129442019	0.0508020910934	-0.150570543391	-0.060790267421	-0.00598271995324	-1.09850350693E-7	0.580098062614	0.0123702290293	0.0900129521703	0.514697748432	-0.0748746559419	0.562618198622	-34.6053903134	-15.8351322774	-36.1476475043
13	0.0104686870043	-0.00231102944779	-0.0127456510162	0.0583393602008	0.00401630413057	0.0281997745007	0.274646303472	0.19258227155	-0.123160858236	0.0261759761547	0.0787550191423	-0.309735473744	0.319266719248	0.0951772572718	9.02812973054E-8	0.284569867452	0.00366640173272	0.0153709320368	0.370532946522	-0.0758704340683	0.419803182519	-49.1053608368	-14.0915012277	-42.825527719

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 229 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 230 through 306 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 307 through 382 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 395 through 421 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 422 through 437 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 438 through 461 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 462 through 480 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 481 through 492 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 493 through 503 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 504 through 511 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 512 through 524 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 525 through 535 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 536 through 552 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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