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Yorodumi- PDB-7odb: Crystal structure of bovine Hsc70(aa1-554)E213A/D214A in complex ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7odb | ||||||
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Title | Crystal structure of bovine Hsc70(aa1-554)E213A/D214A in complex with triazine-derivative | ||||||
Components | Heat shock cognate 71 kDa protein | ||||||
Keywords | CHAPERONE | ||||||
Function / homology | Function and homology information Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / HSF1-dependent transactivation / Protein methylation / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / PKR-mediated signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / synaptic vesicle uncoating / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / chaperone-mediated autophagy translocation complex disassembly ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / HSF1-dependent transactivation / Protein methylation / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / PKR-mediated signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / synaptic vesicle uncoating / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / chaperone-mediated autophagy translocation complex disassembly / slow axonal transport / clathrin-uncoating ATPase activity / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy / late endosomal microautophagy / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / clathrin coat disassembly / Clathrin-mediated endocytosis / Prp19 complex / presynaptic cytosol / Neutrophil degranulation / postsynaptic cytosol / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / chaperone cofactor-dependent protein refolding / autophagosome / protein folding chaperone / heat shock protein binding / RNA splicing / ATP-dependent protein folding chaperone / spliceosomal complex / terminal bouton / mRNA processing / melanosome / protein-macromolecule adaptor activity / protein refolding / lysosome / ribonucleoprotein complex / lysosomal membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / dendrite / nucleolus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.662 Å | ||||||
Authors | Zehe, M. / Grimm, C. / Sotriffer, C. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2024 Title: Combined In-Solution Fragment Screening and Crystallographic Binding-Mode Analysis with a Two-Domain Hsp70 Construct. Authors: Zehe, M. / Kehrein, J. / Schollmayer, C. / Plank, C. / Kovacs, H. / Merino Asumendi, E. / Holzgrabe, U. / Grimm, C. / Sotriffer, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7odb.cif.gz | 264.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7odb.ent.gz | 187.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7odb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6h54C 7o6rC 7oddC 7odiC 7plkC 4fl9S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 60978.867 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E213A, D214A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: HSPA8, HSC70 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P19120 |
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-Non-polymers , 5 types, 449 molecules
#2: Chemical | ChemComp-EPE / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-V8Q / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / pH: 7.5 Details: PEG 8000, TMAO. potassium chloride, HEPES-NaOH, glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 31, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.66→85.4 Å / Num. obs: 64069 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 26.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 14.33 |
Reflection shell | Resolution: 1.66→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 8985 / CC1/2: 0.686 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4FL9 Resolution: 1.662→64.61 Å / SU ML: 0.2345 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.3356 / Stereochemistry target values: CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.662→64.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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