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- PDB-7odd: Crystal structure of bovine Hsc70(aa1-554)E213A/D214A in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7odd
タイトルCrystal structure of bovine Hsc70(aa1-554)E213A/D214A in complex with tricine
要素Heat shock cognate 71 kDa protein
キーワードCHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / HSF1-dependent transactivation / Protein methylation / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / PKR-mediated signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / chaperone-mediated autophagy translocation complex disassembly / slow axonal transport ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / HSF1-dependent transactivation / Protein methylation / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / PKR-mediated signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / chaperone-mediated autophagy translocation complex disassembly / slow axonal transport / clathrin-uncoating ATPase activity / protein targeting to lysosome involved in chaperone-mediated autophagy / late endosomal microautophagy / synaptic vesicle uncoating / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / clathrin coat disassembly / Clathrin-mediated endocytosis / Prp19 complex / presynaptic cytosol / postsynaptic cytosol / Neutrophil degranulation / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / chaperone cofactor-dependent protein refolding / autophagosome / protein folding chaperone / heat shock protein binding / RNA splicing / ATP-dependent protein folding chaperone / spliceosomal complex / terminal bouton / mRNA processing / melanosome / protein-macromolecule adaptor activity / protein refolding / ribonucleoprotein complex / lysosomal membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / dendrite / nucleolus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-VLS / Heat shock cognate 71 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.984 Å
データ登録者Zehe, M. / Grimm, C. / Sotriffer, C.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Combined In-Solution Fragment Screening and Crystallographic Binding-Mode Analysis with a Two-Domain Hsp70 Construct.
著者: Zehe, M. / Kehrein, J. / Schollmayer, C. / Plank, C. / Kovacs, H. / Merino Asumendi, E. / Holzgrabe, U. / Grimm, C. / Sotriffer, C.
履歴
登録2021年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock cognate 71 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7518
ポリマ－60,9791
非ポリマー7727
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area24360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.057, 49.073, 87.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.694, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Heat shock cognate 71 kDa protein / Heat shock 70 kDa protein 8


分子量: 60978.867 Da / 分子数: 1 / 変異: E213A, D214A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: HSPA8, HSC70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19120

-
非ポリマー , 5種, 153分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-VLS / N-[1,3-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)propan-2-yl]glycine / トリシン


分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, TMAO, HEPES-NaOH, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→49 Å / Num. obs: 37852 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 43.94 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 8.57
反射 シェル解像度: 1.98→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.57 / Num. unique obs: 5867 / CC1/2: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
Cootモデル構築
PHENIX1.14_3260精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FL9

4fl9


解像度: 1.984→42.63 Å / SU ML: 0.345 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.5108 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 1891 5 %
Rwork0.2251 35914 -
obs0.2262 37805 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.984→42.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4161 0 47 146 4354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01224273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5695764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1071658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.77771614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.030.44311230.42082337X-RAY DIFFRACTION89.95
2.03-2.090.45391340.39012540X-RAY DIFFRACTION98.82
2.09-2.150.34411350.36422576X-RAY DIFFRACTION98.65
2.15-2.220.36251360.33392587X-RAY DIFFRACTION99.16
2.22-2.30.37521350.31672554X-RAY DIFFRACTION98.97
2.3-2.390.31541340.30252546X-RAY DIFFRACTION98.75
2.39-2.50.32171370.28322578X-RAY DIFFRACTION98.51
2.5-2.630.29321350.26622570X-RAY DIFFRACTION98.47
2.63-2.80.2941360.26812600X-RAY DIFFRACTION99.42
2.8-3.010.29121350.25212571X-RAY DIFFRACTION99.01
3.01-3.320.26041360.23572579X-RAY DIFFRACTION98.62
3.32-3.80.23611370.20062596X-RAY DIFFRACTION98.99
3.8-4.780.17641370.16842616X-RAY DIFFRACTION98.5
4.78-42.630.18211410.18062664X-RAY DIFFRACTION98.04
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13960195202-0.572293598280.6053115167682.03169042806-1.974448556685.168959050890.0672448449885-0.364947542748-0.0839276453496-0.1080446221560.02126863214050.01692482122510.910024331617-0.27079038623-0.03568619632020.446130262685-0.156752108522-0.00792444187010.413601314327-0.01908076035460.358385779178-16.4936554106-16.6258990773-9.17821958128
23.36459289902-0.611878945011-0.5862172078341.27048584726-0.1272926890191.211231034240.0243962677098-0.01947390607460.0800380596984-0.0113218083379-0.0763368947522-0.01055254718430.1767538199660.2005134079090.05367209134840.362334770407-0.1133546296820.002469441455360.2875215785760.004994813523240.252132470789-2.45510325347-9.3875658769-22.770673637
32.43546185332-1.245683987620.1024204595242.63303549736-1.295931720692.788537926920.1551428373950.1415285044550.000785142925590.271944605584-0.21320753231-0.301415390238-0.424977603440.4974328347580.007457315051110.282107285556-0.0863156785583-0.01474576080420.3645943424370.03299679272750.362704045476-45.7717059545-3.7073880287-38.6425577479
43.18243697318-1.152629805040.3039378930952.25857916621-1.033434856482.916201649170.1121710718950.3550462999450.307681597776-0.12216746069-0.227285013-0.0985749232026-0.440627738723-0.06178304916620.06586257412480.3927067706790.02665357254770.03962046464880.3499271238750.04710049275220.434624548934-52.17085879222.29558706887-45.9902391625
51.139898807991.157418861851.377915236931.454506104950.7523686606083.19724502888-0.547483951095-0.2367869768750.6974167172370.337202218017-1.010463137641.08478207329-0.843209139585-0.240174814481.10381389820.771709421699-0.03817559425190.2111548124351.26927373359-0.3737143592270.84988740383-48.4101362113.75395793467-22.2158463493
65.96955346464-2.92494322759-1.573752123242.158322627522.964389848277.542126344690.00262539583282-0.544853848109-0.7132313253591.205741467020.676426433178-0.0423991621450.0440178884718-0.449100538162-0.6941038598310.478425184210.00807075958215-0.02340090759980.5882741167610.01408428426760.660174150779-36.5397715695-7.05441531628-22.1401312426
75.171173868680.5905884339471.98772998656.186269409793.772448680652.821924454630.151604145660.355868198139-0.547848862642-1.908572215820.470326424326-0.566142201806-0.7691772541110.376278340056-0.598663244440.6714406312150.01829729001350.09318346343690.538589156289-0.09544008483980.761132634703-34.6780982655-16.2270241801-36.3408883348
83.37238623102-0.277983805682-1.043014222243.71451233757-0.8280353158075.49543568063-0.1849190885090.270719080856-1.12665537127-0.552401606395-0.348435680893-1.361983677530.8836707280.09196438390610.553120115670.5194074224670.02869060641530.05429596995480.370842811085-0.02241873734030.715929499172-49.3620254069-14.7890558663-42.7838829782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 204 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 205 through 383 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 395 through 461 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 462 through 503 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 504 through 511 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 512 through 524 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 525 through 535 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 536 through 553 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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