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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ocz | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the PID-3 RRM domain | ||||||
![]() | Protein pid-3 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / piRNA biogenesis 21U RNA RNA recognition motif RNA binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() 21U-RNA metabolic process / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / piRNA processing / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / chromosome segregation / cell division / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Basquin, J. / Ketting, R.F. / Falk, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of PETISCO complex assembly during piRNA biogenesis in C. elegans . 著者: Perez-Borrajero, C. / Podvalnaya, N. / Holleis, K. / Lichtenberger, R. / Karaulanov, E. / Simon, B. / Basquin, J. / Hennig, J. / Ketting, R.F. / Falk, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 360.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 360.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9160.454 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pid-3, pics-1, Y23H5A.3 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.03 M Sodium nitrate, 0.03 M Sodium phosphatedibasic 0.03 M Ammonium sulfate 0.1 M HEPES, 0.1 M MOPS pH 7.5 20% v/v PEG 500 MME; 10% w/v PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.28 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→37.49 Å / Num. obs: 14314 / % possible obs: 95.02 % / 冗長度: 17.9 % / Biso Wilson estimate: 24.56 Å2 / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Net I/σ(I): 38.78 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.885 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 1050 / CC1/2: 0.436 / CC star: 0.779 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7OCX 解像度: 1.82→36.48 Å / SU ML: 0.2361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.6348 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→36.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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