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- PDB-7ocv: Human TNKS1 in complex with 3-[4-(1-Hydroxy-1-methyl-ethyl)-pheny... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ocv
タイトルHuman TNKS1 in complex with 3-[4-(1-Hydroxy-1-methyl-ethyl)-phenyl]-6-methyl-2H-pyrrolo[1,2-a]pyrazin-1-one
要素Poly [ADP-ribose] polymerase
キーワードTRANSFERASE / TANKYRASE / PARP / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / spindle assembly / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / Wnt signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1 / Domain of unknown function DUF3447 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1 / Domain of unknown function DUF3447 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-V8B / Poly [ADP-ribose] polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.432 Å
データ登録者Musil, D. / Lehmann, M. / Buchstaller, H.-P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Optimization of a Screening Hit toward M2912, an Oral Tankyrase Inhibitor with Antitumor Activity in Colorectal Cancer Models.
著者: Buchstaller, H.P. / Anlauf, U. / Dorsch, D. / Kogler, S. / Kuhn, D. / Lehmann, M. / Leuthner, B. / Lodholz, S. / Musil, D. / Radtki, D. / Rettig, C. / Ritzert, C. / Rohdich, F. / Schneider, R. ...著者: Buchstaller, H.P. / Anlauf, U. / Dorsch, D. / Kogler, S. / Kuhn, D. / Lehmann, M. / Leuthner, B. / Lodholz, S. / Musil, D. / Radtki, D. / Rettig, C. / Ritzert, C. / Rohdich, F. / Schneider, R. / Wegener, A. / Weigt, S. / Wilkinson, K. / Esdar, C.
履歴
登録2021年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6954
ポリマ－24,2891
非ポリマー4073
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area10820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.737, 94.976, 62.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase / PARP


分子量: 24288.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys1163 has been covalently modified / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E7EQ52, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-V8B / 6-methyl-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)phenyl]-4~{H}-pyrrolo[1,2-a]pyrazin-1-one


分子量: 282.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 26% PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00007 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.432→43.25 Å / Num. obs: 33681 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.432→1.56 Å / Num. unique obs: 1686 / CC1/2: 0.659 / Rpim(I) all: 0.489

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (20-APR-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QXU

6qxu


解像度: 1.432→43.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU R Cruickshank DPI: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.093 / SU Rfree Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.081
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2096 1719 5.1 %RANDOM
Rwork0.1857 ---
obs0.187 33681 78.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 61.13 Å2 / Biso mean: 23.89 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7204 Å20 Å20 Å2
2--0.773 Å20 Å2
3----0.0525 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.432→43.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1695 0 47 334 2076
Biso mean--18.36 35.82 -
残基数----210
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d650SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes366HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1853HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion220SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2000SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1853HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2505HARMONIC20.92
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.58
LS精密化 シェル解像度: 1.432→1.52 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 41 6.08 %
Rwork0.2671 633 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.5329 Å / Origin y: 18.4026 Å / Origin z: 3.9012 Å
111213212223313233
T-0.0299 Å20.0016 Å20.0007 Å2-0.0036 Å2-0.0017 Å2---0.0242 Å2
L0.4009 °20.2426 °20.0833 °2-0.9035 °20.0193 °2--0.1533 °2
S0.0315 Å °-0.0066 Å °0.0313 Å °0.0526 Å °-0.0516 Å °0.0606 Å °0.0109 Å °0.0041 Å °0.0201 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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