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- PDB-7oc9: Structure of Bdellovibrio bacteriovorus Bd0675 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oc9
タイトルStructure of Bdellovibrio bacteriovorus Bd0675
要素Bd0675
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Bdellovibrio Secretion Cryptic
機能・相同性TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Valdivia-Delgado, M.
資金援助 チリ, 1件
組織認可番号国
Comision Nacional Cientifica y Technologica (CONICYT)72180329 チリ
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: Target highlights in CASP14: Analysis of models by structure providers.
著者: Alexander, L.T. / Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Adamopoulos, A. / Alahuhta, M. / Arvin, A.M. / Bomble, Y.J. / Bottcher, B. / Breyton, C. / Chiarini, V. / Chinnam, N.B. / Chiu, W. / ...著者: Alexander, L.T. / Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Adamopoulos, A. / Alahuhta, M. / Arvin, A.M. / Bomble, Y.J. / Bottcher, B. / Breyton, C. / Chiarini, V. / Chinnam, N.B. / Chiu, W. / Fidelis, K. / Grinter, R. / Gupta, G.D. / Hartmann, M.D. / Hayes, C.S. / Heidebrecht, T. / Ilari, A. / Joachimiak, A. / Kim, Y. / Linares, R. / Lovering, A.L. / Lunin, V.V. / Lupas, A.N. / Makbul, C. / Michalska, K. / Moult, J. / Mukherjee, P.K. / Nutt, W.S. / Oliver, S.L. / Perrakis, A. / Stols, L. / Tainer, J.A. / Topf, M. / Tsutakawa, S.E. / Valdivia-Delgado, M. / Schwede, T.
履歴
登録2021年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22021年12月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bd0675
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1987
ポリマ－14,6911
非ポリマー5076
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area8090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.490, 69.670, 85.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-372-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bd0675


分子量: 14691.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア)
株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: Bd0675 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MQ12
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 47% v/v MPD 2% t-Butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9119 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→42.43 Å / Num. obs: 25800 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04177 / Net I/σ(I): 24.27
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / Rmerge(I) obs: 1.887 / Num. unique obs: 2533 / CC1/2: 0.638

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→42.428 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 1260 4.88 %
Rwork0.1974 24540 -
obs0.1982 25800 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.62 Å2 / Biso mean: 47.4395 Å2 / Biso min: 25.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→42.428 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1023 0 96 74 1193
Biso mean--61.52 45.88 -
残基数----133
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5001-1.56010.34211360.3021267398
1.5601-1.63110.24681340.2634267498
1.6311-1.71710.28921700.2341263499
1.7171-1.82470.23121450.2219270599
1.8247-1.96560.25071230.2178271299
1.9656-2.16340.24281210.2076272699
2.1634-2.47640.23861630.20952722100
2.4764-3.11990.24111310.2172798100
3.1199-42.4280.18141370.17752896100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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