PDB-7oc5: Alpha-humulene synthase AsR6 from Sarocladium schorii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oc5

タイトル

Alpha-humulene synthase AsR6 from Sarocladium schorii

要素

Alpha-humulene synthase AsR6

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / cyclase / terpene cyclase / 2E-humulene / alpha-humulene / humulene / xenovulene / tropolone sesquiterpenoid

機能・相同性

alpha-humulene synthase / alpha-humulene synthase activity / terpenoid biosynthetic process / Alpha-humulene synthase asR6

機能・相同性情報

生物種

Sarocladium schorii (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Schotte, C. / Lukat, P. / Deuschmann, A. / Blankenfeldt, W. / Cox, R.J.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Understanding and Engineering the Stereoselectivity of Humulene Synthase.
著者: Schotte, C. / Lukat, P. / Deuschmann, A. / Blankenfeldt, W. / Cox, R.J.

履歴

登録	2021年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oc5.cif.gz	446 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oc5.ent.gz	370.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oc5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oc5_validation.pdf.gz	502 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oc5_full_validation.pdf.gz	502.7 KB	表示
XML形式データ	7oc5_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	7oc5_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7oc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7oc5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7oc4C 7oc6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7oc4-d 7oc6-1 4uw2-2 2ixa-1 4nre-d 3oox-d 4zga-d 5clw-1 4uw2-1 3vf1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-humulene synthase AsR6

B: Alpha-humulene synthase AsR6

ヘテロ分子

97.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.574, 55.704, 112.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.580, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alpha-humulene synthase AsR6 / Xenovulene A biosynthesis cluster protein R6 分子量: 48572.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sarocladium schorii (菌類) / 遺伝子: asR6 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U8U2L5, alpha-humulene synthase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 7.75 % (v/v) 2-propanol, 125 mM MgCl2, 25 % (w/v) PPEG 4000, 100 mM MES pH 6.4, 3 mM farnesyl pyrophosphate, Cryo: (R,R)-2,3-butanediol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.01→111.31 Å / Num. obs: 49853 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.93 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.174 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 329856 / Scaling rejects: 571

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.01-2.12	6.8	1.008	49393	7221	0.832	0.413	1.091	2.7	99.9
6.36-111.31	6	0.055	9911	1658	0.997	0.024	0.06	22.1	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAD-phased structure from deposition D_1292115439

解像度: 2.01→60.39 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2004	2498	5.01 %
R_work	0.1625	47332	-
obs	0.1644	49830	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 140.22 Å² / B_iso mean: 37.7846 Å² / B_iso min: 13.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.01→60.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5990	0	3	351	6344
B_iso mean	-	-	38.96	36.05	-
残基数	-	-	-	-	764

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.01-2.05	0.2569	151	0.217	2600	2751	100
2.05-2.09	0.2461	118	0.2103	2638	2756	100
2.09-2.14	0.2476	133	0.2043	2610	2743	100
2.14-2.19	0.2434	149	0.1911	2587	2736	100
2.19-2.24	0.2292	140	0.1775	2631	2771	100
2.24-2.3	0.2419	140	0.1759	2623	2763	100
2.3-2.37	0.1993	125	0.1679	2597	2722	100
2.37-2.45	0.2376	151	0.1711	2612	2763	100
2.45-2.53	0.2254	150	0.1691	2625	2775	100
2.53-2.63	0.22	120	0.1691	2637	2757	100
2.63-2.75	0.2122	141	0.1628	2616	2757	100
2.75-2.9	0.1972	126	0.1681	2666	2792	100
2.9-3.08	0.22	148	0.1634	2584	2732	100
3.08-3.32	0.2005	142	0.1628	2635	2777	100
3.32-3.65	0.1721	140	0.1471	2628	2768	100
3.65-4.18	0.1503	148	0.1349	2653	2801	100
4.18-5.27	0.1934	145	0.1336	2652	2797	100
5.27-60.39	0.1818	131	0.1736	2738	2869	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7744	-2.8663	-1.1776	1.4415	1.1251	3.9596	-0.1968	-0.3812	-0.2128	0.0331	0.0946	0.0446	0.2238	-0.2841	0.0889	0.2375	-0.0059	0.0441	0.1571	0.0465	0.1881	2.474	-19.356	59.857
2	0.5176	0.0645	-0.4952	0.4122	0.5021	1.7422	-0.0017	-0.1143	-0.084	0.2412	0.0671	-0.0556	0.135	0.2302	-0.0538	0.251	0.0088	-0.0125	0.1787	0.0085	0.2329	33.509	-20.243	43.116
3	1.9742	-0.2658	-0.5466	1.0379	-0.342	2.8746	0.0745	0.0772	0.1911	0.1344	-0.04	0.1021	-0.1519	-0.2497	-0.0214	0.1643	-0.0034	0.0195	0.1612	-0.0136	0.23	7.962	-10.602	46.198
4	2.1637	-0.3621	0.4092	0.9635	0.5877	5.6359	0.1317	-0.096	-0.0771	0.1582	-0.0885	-0.1627	0.3283	-0.1657	-0.1168	0.1844	-0.0068	0.0209	0.1357	0.0325	0.223	18.601	-16.216	47.215
5	3.2607	0.6223	-0.0205	2.5168	0.5989	2.9852	0.125	-0.0051	0.3262	-0.0121	-0.0399	0.08	-0.3425	0.0188	-0.0687	0.1896	0.0278	0.0133	0.1497	-0.0003	0.1621	30.547	-13.031	42.477
6	3.4897	-1.4409	-0.7477	1.7889	0.1412	1.5417	0.1768	0.316	0.5272	-0.0802	-0.0151	0.0459	-0.328	-0.422	-0.1283	0.2301	0.0575	0.0177	0.2881	0.0612	0.2633	11.413	-5.126	32.069
7	0.7818	0.0631	-1.031	0.9879	-0.4626	2.3169	0.0145	0.2618	0.0198	-0.1612	0.0268	0.051	0.0476	-0.1749	-0.0386	0.1862	-0.0052	-0.0419	0.2809	-0.0087	0.1747	29.975	-14.243	8.075
8	3.3427	1.9303	3.2635	2.458	1.6298	9.1093	-0.1518	0.4526	0.4548	-0.236	0.0985	-0.0328	-0.9127	0.6687	0.1127	0.3332	0.041	0.0779	0.2008	0.0717	0.4035	44.382	0.555	2.453
9	3.4368	0.0502	-1.717	1.3783	0.2223	3.385	0.2255	-0.0483	0.185	-0.0573	-0.0686	-0.1194	-0.2525	0.4281	-0.1329	0.1356	-0.0286	-0.0047	0.2107	-0.0203	0.1852	50.613	-11.624	18.739
10	2.0771	-0.6571	-0.1463	2.5417	-1.5568	4.6	-0.0222	0.1362	0.0484	-0.0174	-0.0153	-0.0493	-0.076	0.0285	0.0347	0.1152	-0.0181	-0.0136	0.2155	-0.029	0.1701	40.744	-12.024	7.633
11	4.1171	-2.0169	-0.3308	6.5896	0.6121	3.234	0.141	0.2002	0.3219	0.0136	0.0264	-0.1436	-0.2278	-0.1353	-0.1525	0.1902	-0.0254	0.021	0.3478	0.044	0.1648	26.473	-10.064	13.553
12	3.281	0.5296	-0.4102	1.0154	-0.0437	1.3441	0.0977	-0.1533	0.4397	0.0581	0.0056	-0.1153	-0.3077	0.3365	-0.0808	0.2293	-0.0815	0.0201	0.2522	-0.0361	0.2174	45.123	-7.22	26.985

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:25 )	A	5 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 26:86 )	A	26 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 87:221 )	A	87 - 221
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 222:266 )	A	222 - 266
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 267:327 )	A	267 - 327
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 328:393 )	A	328 - 393
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 5:86 )	B	5 - 86
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 87:123 )	B	87 - 123
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 124:198 )	B	124 - 198
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 199:266 )	B	199 - 266
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 267:327 )	B	267 - 327
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 328:392 )	B	328 - 392

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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