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- PDB-7obl: Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with PKR phosphopept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7obl
タイトルCrystal structure of 14-3-3 sigma in complex with PKR phosphopeptide and stabilizer Fusicoccin-A
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • PKR phosphopeptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 protein protein-peptide-stabilizer complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of PKR / regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / response to interferon-alpha / negative regulation of osteoblast proliferation / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / protein phosphatase regulator activity / SUMOylation of immune response proteins / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of translational initiation ...Inhibition of PKR / regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / response to interferon-alpha / negative regulation of osteoblast proliferation / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / protein phosphatase regulator activity / SUMOylation of immune response proteins / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of translational initiation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of viral genome replication / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of chemokine production / positive regulation of protein localization / antiviral innate immune response / positive regulation of cell adhesion / cellular response to amino acid starvation / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of cytokine production / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Interferon alpha/beta signaling / kinase activity / intracellular protein localization / double-stranded RNA binding / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / protein autophosphorylation / defense response to virus / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / ribosome / protein phosphorylation / cadherin binding / translation / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EIF2AK2, first double-stranded RNA binding domain / EIF2AK2, second double-stranded RNA binding domain / : / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain ...EIF2AK2, first double-stranded RNA binding domain / EIF2AK2, second double-stranded RNA binding domain / : / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FUSICOCCIN / Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Centorrino, F. / Andlovic, B. / Ottmann, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission675179European Union
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: IFN alpha primes cancer cells for Fusicoccin-induced cell death via 14-3-3 PPI stabilization.
著者: Andlovic, B. / Heilmann, G. / Ninck, S. / Andrei, S.A. / Centorrino, F. / Higuchi, Y. / Kato, N. / Brunsveld, L. / Arkin, M. / Menninger, S. / Choidas, A. / Wolf, A. / Klebl, B. / Kaschani, F. ...著者: Andlovic, B. / Heilmann, G. / Ninck, S. / Andrei, S.A. / Centorrino, F. / Higuchi, Y. / Kato, N. / Brunsveld, L. / Arkin, M. / Menninger, S. / Choidas, A. / Wolf, A. / Klebl, B. / Kaschani, F. / Kaiser, M. / Eickhoff, J. / Ottmann, C.
履歴
登録2021年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: PKR phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3525
ポリマ－29,6232
非ポリマー7293
水7,188399
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: PKR phosphopeptide
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: PKR phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,70510
ポリマ－59,2464
非ポリマー1,4596
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.625, 112.306, 62.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

21A-541-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28210.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド PKR phosphopeptide / Interferon-induced / double-stranded RNA-activated protein kinase / Eukaryotic translation ...Interferon-induced / double-stranded RNA-activated protein kinase / Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 2 / eIF-2A protein kinase 2 / Interferon-inducible RNA-dependent protein kinase / P1/eIF-2A protein kinase / Protein kinase RNA-activated / PKR / Protein kinase R / Tyrosine-protein kinase EIF2AK2 / p68 kinase


分子量: 1412.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P19525, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#3: 化合物 ChemComp-FSC / FUSICOCCIN / フシコクシン


分子量: 680.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H56O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M Hepes pH7.3, 25%PEG 400, 0.19 M CaCl2 and 5 % Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→34.49 Å / Num. obs: 27265 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 8.27 Å2 / CC1/2: 0.947 / Rpim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1101 / CC1/2: 0.91 / R split: 0.258 / % possible all: 80.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JC3

4jc3


解像度: 1.8→34.48 Å / SU ML: 0.2183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8732 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2393 1338 4.91 %
Rwork0.2181 25907 -
obs0.2192 27245 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 11.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1859 0 50 399 2308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00921978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97162685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0493305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.94651196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.860.35131230.29522303X-RAY DIFFRACTION89.85
1.86-1.930.38131170.3212623X-RAY DIFFRACTION99.89
1.93-2.020.331220.27442551X-RAY DIFFRACTION98.45
2.02-2.130.21081450.19662597X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.260.27431040.28042610X-RAY DIFFRACTION99.89
2.26-2.440.24341380.22382585X-RAY DIFFRACTION98.77
2.44-2.680.21521440.19092627X-RAY DIFFRACTION100
2.68-3.070.23461310.1872619X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.870.19081600.1722645X-RAY DIFFRACTION100
3.87-34.480.19831540.18132747X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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