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- PDB-7obj: Carbon regulatory PII-like protein SbtB from Synechocystis sp. 68... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7obj
タイトルCarbon regulatory PII-like protein SbtB from Synechocystis sp. 6803 in complex with cyclic di-AMP (c-di-AMP)
要素Membrane-associated protein slr1513
キーワードSIGNALING PROTEIN / SbtB / Carbon Sensing / PII-like / Cyanobacteria
機能・相同性Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / regulation of nitrogen utilization / plasma membrane-derived thylakoid membrane / enzyme regulator activity / Chem-2BA / Membrane-associated protein slr1513
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Selim, K.A. / Albrecht, R. / Hartmann, M.D.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Diurnal metabolic control in cyanobacteria requires perception of second messenger signaling molecule c-di-AMP by the carbon control protein SbtB.
著者: Selim, K.A. / Haffner, M. / Burkhardt, M. / Mantovani, O. / Neumann, N. / Albrecht, R. / Seifert, R. / Kruger, L. / Stulke, J. / Hartmann, M.D. / Hagemann, M. / Forchhammer, K.
履歴
登録2021年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated protein slr1513
B: Membrane-associated protein slr1513
C: Membrane-associated protein slr1513
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9835
ポリマ－39,6663
非ポリマー1,3172
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area14260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.171, 63.171, 81.733
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSAA2 - 1102 - 110
21CYSCYSBB2 - 1102 - 110
12SERSERAA2 - 1112 - 111
22SERSERCC2 - 1112 - 111
13SERSERBB2 - 1112 - 111
23SERSERCC2 - 1112 - 111

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Membrane-associated protein slr1513 / SbtB protein


分子量: 13222.110 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: slr1513 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73954
#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M phosphate-citrate pH 4.2, 40% (w/v) PEG 300

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.74 Å / Num. obs: 24685 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 20.61
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 2.231 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 3942 / CC1/2: 0.43

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5O3R

5o3r


解像度: 2→32.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 9.758 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1231 5 %RANDOM
Rwork0.1779 ---
obs0.1797 23454 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 126.69 Å2 / Biso mean: 57.982 Å2 / Biso min: 35.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20.21 Å2-0 Å2
2--0.41 Å2-0 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→32.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2287 0 88 105 2480
Biso mean--64 60.67 -
残基数----303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0192445
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.022349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9272.0223316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3235437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5615305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.03725.29485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63115434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.179156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02491
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A54400.12
12B54400.12
21A54820.11
22C54820.11
31B53460.13
32C53460.13
LS精密化 シェル解像度: 2→2.049 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 84 -
Rwork0.376 1675 -
obs--95.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.33510.7713-0.68613.7318-0.10533.14270.00440.08210.1193-0.1890.06070.4254-0.1627-0.4036-0.06510.10490.0805-0.0540.12280.01120.0844-14.959122.2039-2.0321
25.1-1.3332-0.31865.0509-0.56272.44930.0809-0.2485-0.05950.11570.04610.133-0.1082-0.1866-0.1270.0891-0.0237-0.03190.0650.02470.0275-6.44877.70697.8577
31.710.687-0.72373.9785-1.65956.11730.0089-0.1074-0.1099-0.02660.0101-0.3157-0.17380.2257-0.0190.0943-0.0276-0.00380.0277-0.02030.07994.441518.1974-5.4375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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