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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ob3 | ||||||
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タイトル | hSTING in complex with 3',3'-c-di-araAMP | ||||||
![]() | Stimulator of interferon genes protein | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / CDN / Innate Immune system / receptor | ||||||
機能・相同性 | ![]() STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / serine/threonine protein kinase complex / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / STING mediated induction of host immune responses / cyclic-di-GMP binding / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / cellular response to organic cyclic compound / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / antiviral innate immune response / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / secretory granule membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytoplasmic vesicle membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / regulation of inflammatory response / positive regulation of protein binding / peroxisome / protein complex oligomerization / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smola, M. / Boura, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enzymatic Synthesis of 3'-5', 3'-5' Cyclic Dinucleotides, Their Binding Properties to the Stimulator of Interferon Genes Adaptor Protein, and Structure/Activity Correlations 著者: Novotna, B. / Hola, L. / Stas, M. / Gutten, O. / Smola, M. / Zavrel, M. / Vavrina, Z. / Budesinsky, M. / Liboska, R. / Chevrier, F. / Dobias, J. / Boura, E. / Rulisek, L. / Birkus, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ksyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23189.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-V7E / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2 M Sodium chlorid, 0.1 M Tris pH 7.4, 30% PEG 300, 10 mM EDTA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.092→38 Å / Num. obs: 26101 / % possible obs: 98.74 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 38.13 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.27 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 1404 / CC1/2: 0.766 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4KSY 解像度: 2.3→38 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.52 Å2 / Biso mean: 50.4866 Å2 / Biso min: 22.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→38 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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