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- PDB-7oav: Crystal structure of Chili RNA aptamer in complex with DMHBO+ (Ir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oav
タイトルCrystal structure of Chili RNA aptamer in complex with DMHBO+ (Iridium III hexammine soaking crystal form)
要素Chili RNA Aptamer
キーワードRNA (リボ核酸) / RNA aptamer / aptamer (アプタマー) / Chili / fluorogenic RNA
機能・相同性グアノシン三リン酸 / : / : / DMHBO+ / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Mieczkowski, M. / Pena, V. / Hoebartner, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)682586 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Large Stokes shift fluorescence activation in an RNA aptamer by intermolecular proton transfer to guanine.
著者: Mieczkowski, M. / Steinmetzger, C. / Bessi, I. / Lenz, A.K. / Schmiedel, A. / Holzapfel, M. / Lambert, C. / Pena, V. / Hobartner, C.
履歴
登録2021年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chili RNA Aptamer
B: Chili RNA Aptamer
C: Chili RNA Aptamer
D: Chili RNA Aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,60124
ポリマ－67,7284
非ポリマー4,87320
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area35300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.192, 106.760, 63.552
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.528, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A'A2 - 52
121chain 'A'A101
131chain 'A'A106
241(chain 'B' and (resid 2 through 34 or (resid 35...B2 - 52
251(chain 'B' and (resid 2 through 34 or (resid 35...B101
261(chain 'B' and (resid 2 through 34 or (resid 35...B106
371(chain 'C' and (resid 2 through 34 or (resid 35...C2 - 52
381(chain 'C' and (resid 2 through 34 or (resid 35...C101
391(chain 'C' and (resid 2 through 34 or (resid 35...C106
4101(chain 'D' and (resid 2 through 34 or (resid 35...D2 - 52
4111(chain 'D' and (resid 2 through 34 or (resid 35...D101
4121(chain 'D' and (resid 2 through 34 or (resid 35...D106

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要素

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RNA鎖 , 1種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖
Chili RNA Aptamer


分子量: 16932.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 22分子

#2: 化合物
ChemComp-V5Z / DMHBO+ / [4-[(4Z)-4-[(3,5-dimethoxy-4-oxidanyl-phenyl)methylidene]-2-[(Z)-hydroxyiminomethyl]-5-oxidanylidene-imidazol-1-yl]phenyl]-trimethyl-azanium


分子量: 425.458 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-IR / IRIDIUM ION


分子量: 192.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400, MES, Spermine tetrahydrochloride / PH範囲: 5.4 - 5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.1048 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月9日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1048 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→46.14 Å / Num. obs: 15836 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 125.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / Rmerge(I) obs: 5.201 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2270 / CC1/2: 0.212 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OA3

7oa3


解像度: 2.99→46.14 Å / SU ML: 0.5453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.2894
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 692 5.06 %
Rwork0.2015 12976 -
obs0.2039 13668 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 149.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4389 264 2 4655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00235171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72318059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03081035
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.15122519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.220.47121550.44322555X-RAY DIFFRACTION97.31
3.22-3.540.36791310.32352598X-RAY DIFFRACTION97.85
3.54-4.060.28171480.25392551X-RAY DIFFRACTION98.54
4.06-5.110.26351290.2092599X-RAY DIFFRACTION98.73
5.11-46.140.2041290.15382673X-RAY DIFFRACTION99.12
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.328065187062.47103589704-1.209152661972.423386624711.228637143512.468066506680.3125079230591.111439961080.6318203786440.3069421850270.437798187736-0.438216084527-0.4121204408040.202182975603-0.58250416051.181267235690.2155739456170.06491879840581.263765555830.20401050181.50751951725-21.19794497712.2467086613-7.00967619561
21.680811455231.500335736862.166870413471.710383067791.693438673173.390000982030.401080795733-0.0913566132924-0.1766785801860.335047195127-0.225125289349-0.182728592460.306519049721-1.000030761270.004189219850421.20998423286-0.0262617541330.1497878757051.38112579743-0.05923935610311.46151561257-4.00308728056-13.9542542847-7.6306751131
34.47414440434-3.098289611373.067595040221.50279557577-1.066656836991.285073056810.0139398370661-0.293175304054-0.5613451015180.2106833061180.3825217582960.417437860391-0.396265480061-0.0808399672241-0.1150878912621.335444668-0.110563143722-0.1109190994351.177329190670.0930931467651.37589086908-20.9651850627-14.655450582318.024154002
44.28275399323-2.69739044663-2.05163246871.324835697722.378332490024.427139939080.201151112845-0.04724973754130.519311635948-0.506631664586-0.1973539714510.2437547989290.333943107199-0.691051030412-0.01115452453711.49490463897-0.1025910324830.2047590992851.29937181344-0.1408164151731.67794769366-4.1680479801111.082689325718.7782473703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 2:102)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 2:102)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 2:102)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 2:102)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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