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- PDB-7oas: Structural basis for targeted p97 remodeling by ASPL as prerequis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oas
タイトルStructural basis for targeted p97 remodeling by ASPL as prerequisite for p97 trimethylation by METTL21D
要素S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein
キーワードTRANSFERASE / AtMETTL21D / lysine methylatransferase / Rossmann fold / AtCDC48
機能・相同性Lysine methyltransferase / Lysine methyltransferase / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.819 Å
データ登録者Petrovic, S. / Heinemann, U. / Roske, Y.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB740 TPB1 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structural remodeling of AAA+ ATPase p97 by adaptor protein ASPL facilitates posttranslational methylation by METTL21D.
著者: Petrovic, S. / Roske, Y. / Rami, B. / Phan, M.H.Q. / Panakova, D. / Heinemann, U.
履歴
登録2021年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5873
ポリマ－25,1411
非ポリマー4462
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.295, 58.295, 142.851
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-540-

HOH

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要素

#1: タンパク質 S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein


分子量: 25140.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g08125 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4HUD6
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 %v/v EtOH 0.1 M Tris 8.5 pH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.819→41.303 Å / Num. obs: 22897 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 25.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.36
反射 シェル解像度: 1.82→1.93 Å / Num. unique obs: 3628 / CC1/2: 0.528

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LG1

4lg1


解像度: 1.819→41.221 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 1141 5 %
Rwork0.1973 21668 -
obs0.1994 22809 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 158.42 Å2 / Biso mean: 54.642 Å2 / Biso min: 27.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.819→41.221 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1679 0 30 171 1880
Biso mean--43.68 58.36 -
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9182420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2621475
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8192-1.9020.40291390.388261799
1.902-2.00220.34581400.3337266499
2.0022-2.12770.34331380.269263099
2.1277-2.29190.24061420.2259269099
2.2919-2.52260.27461420.2189267699
2.5226-2.88750.26951420.20482728100
2.8875-3.63760.24421460.1867275799
3.6376-41.2210.19431520.1618290699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.059-0.13183.15990.1919-0.69496.80260.5335-0.8618-0.1608-0.3439-0.09670.10751.5762-0.8726-0.36190.7458-0.07850.0160.526-0.01250.6159-9.0513.192822.4071
23.77420.91560.69413.16730.15694.60410.2117-0.4066-0.97190.31310.05660.08050.9842-0.0141-0.13740.6164-0.0130.01270.39890.08110.4039-6.182320.05331.0153
32.26770.3145-0.21051.5772-0.64522.9926-0.20350.146-0.3105-0.15710.0576-0.03960.47120.08820.12310.44590.03280.05690.3517-0.00020.3825-2.20323.343318.8418
42.27960.0936-0.63331.7525-0.70963.2464-0.1138-0.00950.0107-0.0187-0.0148-0.11410.0190.40190.11450.3224-0.0009-0.01990.33320.03210.32731.340632.358626.2638
51.2061-0.45111.02611.7841-1.23844.7707-0.2465-0.21460.47590.05710.1947-0.0298-0.9186-0.50720.05330.43510.0638-0.04070.3343-0.01030.4269-8.380441.3335.7603
62.75950.64460.19332.81160.31292.43040.09740.2814-0.7758-1.5771-0.56221.17270.6299-1.18410.37341.03510.2171-0.0160.7501-0.01440.8176-20.010426.497329.2889
74.912.1599-1.20766.1753-2.14175.2150.1552-0.24040.49820.20330.0250.4374-0.6311-0.3363-0.27990.310.10390.00930.3862-0.02510.4219-9.52439.311728.423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 18 )A4 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 43 )A19 - 43
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 44 through 107 )A44 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 108 through 176 )A108 - 176
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 177 through 196 )A177 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 197 through 209 )A197 - 209
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 210 through 219 )A210 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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