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- PDB-7oao: Nanobody C5 bound to RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oao
タイトルNanobody C5 bound to RBD
要素
  • C5 nanobody
  • Spike protein S1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / RBD / nanobody / high affinity
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Mikolajek, H.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust100209/Z/12/Z) 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/S025243/1 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A potent SARS-CoV-2 neutralising nanobody shows therapeutic efficacy in the Syrian golden hamster model of COVID-19.
著者: Jiandong Huo / Halina Mikolajek / Audrey Le Bas / Jordan J Clark / Parul Sharma / Anja Kipar / Joshua Dormon / Chelsea Norman / Miriam Weckener / Daniel K Clare / Peter J Harrison / Julia A ...著者: Jiandong Huo / Halina Mikolajek / Audrey Le Bas / Jordan J Clark / Parul Sharma / Anja Kipar / Joshua Dormon / Chelsea Norman / Miriam Weckener / Daniel K Clare / Peter J Harrison / Julia A Tree / Karen R Buttigieg / Francisco J Salguero / Robert Watson / Daniel Knott / Oliver Carnell / Didier Ngabo / Michael J Elmore / Susan Fotheringham / Adam Harding / Lucile Moynié / Philip N Ward / Maud Dumoux / Tessa Prince / Yper Hall / Julian A Hiscox / Andrew Owen / William James / Miles W Carroll / James P Stewart / James H Naismith / Raymond J Owens /
要旨: SARS-CoV-2 remains a global threat to human health particularly as escape mutants emerge. There is an unmet need for effective treatments against COVID-19 for which neutralizing single domain ...SARS-CoV-2 remains a global threat to human health particularly as escape mutants emerge. There is an unmet need for effective treatments against COVID-19 for which neutralizing single domain antibodies (nanobodies) have significant potential. Their small size and stability mean that nanobodies are compatible with respiratory administration. We report four nanobodies (C5, H3, C1, F2) engineered as homotrimers with pmolar affinity for the receptor binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein. Crystal structures show C5 and H3 overlap the ACE2 epitope, whilst C1 and F2 bind to a different epitope. Cryo Electron Microscopy shows C5 binding results in an all down arrangement of the Spike protein. C1, H3 and C5 all neutralize the Victoria strain, and the highly transmissible Alpha (B.1.1.7 first identified in Kent, UK) strain and C1 also neutralizes the Beta (B.1.35, first identified in South Africa). Administration of C5-trimer via the respiratory route showed potent therapeutic efficacy in the Syrian hamster model of COVID-19 and separately, effective prophylaxis. The molecule was similarly potent by intraperitoneal injection.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2021
タイトル: A potent SARS-CoV-2 neutralising nanobody shows therapeutic efficacy in the Syrian golden hamster model of COVID-19
著者: Huo, J. / Mikolajek, H. / Le Bas, A. / Clark, J. / Sharma, P. / Kipar, A. / Dormon, J. / Norman, C. / Weckener, M. / Clare, D. / Harrison, P. / Tree, J. / Buttigieg, K. / Salguero, F. / ...著者: Huo, J. / Mikolajek, H. / Le Bas, A. / Clark, J. / Sharma, P. / Kipar, A. / Dormon, J. / Norman, C. / Weckener, M. / Clare, D. / Harrison, P. / Tree, J. / Buttigieg, K. / Salguero, F. / Watson, R. / Knott, D. / Carnell, O. / Ngabo, D. / Elmore, M. / Fotheringham, S. / Harding, A. / Ward, P. / Moynie, L. / Dumoux, M. / Hall, Y. / Hiscox, J. / Owen, A. / James, W. / Carroll, M. / Stewart, J. / Naismith, J. / Owens, R.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
EEE: Spike protein S1
FFF: C5 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8314
ポリマ－37,5512
非ポリマー2802
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area15320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.220, 154.330, 28.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23716.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 C5 nanobody


分子量: 13834.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 30 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→51.443 Å / Num. obs: 51783 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 3353 / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.15 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZBP

6zbp


解像度: 1.5→51.443 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.653 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 2555 4.934 %
Rwork0.1521 49227 -
all0.154 --
obs-51782 99.351 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.667 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.782 Å2-0 Å20 Å2
2---2.664 Å2-0 Å2
3----0.118 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→51.443 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2452 0 18 290 2760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0132585
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.6533533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3881.5745298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9835331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.57222.18133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.17815392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9351515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1760.22145
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.21252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.230.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.260.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2350.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5792.5081285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.572.5041283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0443.771606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0463.7741607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7112.7971300
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7112.7971301
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.184.0961918
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.184.0971919
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.20529.852808
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.2129.8612809
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.85634864
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.5-1.5390.2531860.19233530.19537820.8910.90893.57480.16
1.539-1.5820.1991750.15534500.15736970.9290.94598.05250.13
1.582-1.6270.1911670.12934160.13235870.940.9699.88850.108
1.627-1.6770.1911820.12833170.13234990.9490.9621000.111
1.677-1.7320.2051690.11932170.12333870.9520.96999.97050.103
1.732-1.7930.1681650.12131440.12333090.9730.9721000.106
1.793-1.8610.1741540.11629740.11931280.9680.9751000.106
1.861-1.9370.1981400.12529640.12831040.9560.9731000.118
1.937-2.0230.1651440.12727730.12929170.970.9741000.122
2.023-2.1210.1851370.13826780.1428150.9550.971000.135
2.121-2.2360.1821250.14125970.14327220.9640.9691000.143
2.236-2.3710.1811230.1424040.14225270.9590.9681000.146
2.371-2.5340.1751120.13922950.1424070.9630.9721000.151
2.534-2.7370.1881230.15121180.15422410.9580.9681000.171
2.737-2.9970.1771130.15719650.15820790.960.96699.95190.179
2.997-3.3490.196830.16618210.16719040.9590.9651000.193
3.349-3.8650.197860.16416030.16516890.9620.9681000.197
3.865-4.7270.168820.15413820.15514640.970.9721000.198
4.727-6.6570.211550.18810920.18911470.9650.9681000.251
6.657-51.4430.185340.2136640.2127120.9580.96398.03370.296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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