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- PDB-7oa5: RUVA COMPLEXED TO A HOLLIDAY JUNCTION. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oa5
タイトルRUVA COMPLEXED TO A HOLLIDAY JUNCTION.
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*T)-3')
  • Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Complex / DNA Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Holliday junction helicase complex / four-way junction helicase activity / SOS response / DNA recombination / DNA helicase / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / Bacterial DNA recombination protein RuvA / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium leprae (らい菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.378 Å
データ登録者Roe, S.M. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Molecular Cell / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of an octameric RuvA-Holliday junction complex
著者: Roe, S.M. / Pearl, L.H.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
C: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
D: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
E: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
F: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
G: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
H: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
I: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*C)-3')
K: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*T)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,62214
ポリマ－184,54212
非ポリマー802
水8,215456
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32600 Å2
ΔGint-278 kcal/mol
Surface area65960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.35, 141.35, 106.47
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA


分子量: 20772.672 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium leprae (strain TN) (らい菌)
株: TN / 遺伝子: ruvA, ML0482, B1177_C2_188 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40832, DNA helicase

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DNA鎖 , 4種, 4分子 IJKL

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*TP*TP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4600.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium leprae (らい菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*CP*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*C)-3')


分子量: 4274.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium leprae (らい菌)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*T)-3')


分子量: 4899.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium leprae (らい菌)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*CP*T)-3')


分子量: 4585.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium leprae (らい菌)

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非ポリマー , 2種, 458分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: Trigonal bipyramidal
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS GROWN UNDER OIL IN TERASAKI PLATES. DROPS FORMED FROM A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN/DNA COMPLEX (10MG/ML COMPLEX, 20MM TRIS PH 7.5, 1MM EDTA, 0.1M NACL, 15% GLYCEROL) AND 1.4M NACITRATE, ...詳細: CRYSTALS GROWN UNDER OIL IN TERASAKI PLATES. DROPS FORMED FROM A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN/DNA COMPLEX (10MG/ML COMPLEX, 20MM TRIS PH 7.5, 1MM EDTA, 0.1M NACL, 15% GLYCEROL) AND 1.4M NACITRATE, 0.1M TRIS PH 7.5., under oil

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 0.9366 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9366 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→70.67 Å / Num. obs: 95144 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4378 / CC1/2: 0.617 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 0.688 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
MOSFLM7.1.0データ削減
Aimless0.2.17データスケーリング
PHENIX1.8.4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1bvs

1bvs
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.378→53.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.263 / SU Rfree Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2498 4597 -RANDOM
Rwork0.2271 ---
obs0.2282 95116 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9669 Å20 Å20 Å2
2---0.9669 Å20 Å2
3---1.9339 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.378→53.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10228 1220 2 456 11906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00811701HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9516146HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3755SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1870HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11701HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1624SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9777SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.43
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.4 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2744 96 -
Rwork0.3042 --
obs0.3027 1903 90.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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