PDB-7o9q: Crystal structure of the Awp1 (adhesin-like wall protein 1) A-dom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o9q

タイトル

Crystal structure of the Awp1 (adhesin-like wall protein 1) A-domain from Candida glabrata

要素

Awp1A

キーワード

CELL ADHESION / Candida glabrata / adhesin / adhesion / Awp / adhesin-like wall protein / beta-helix / haze-protective factor

機能・相同性

cell adhesion mediator activity / fungal-type cell wall / Trimeric LpxA-like superfamily / cell adhesion / receptor ligand activity / extracellular space / pentane-1,5-diol / Adhesin AWP1

機能・相同性情報

生物種

[Candida] glabrata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Reithofer, V. / de Groot, P. / Essen, L.-O.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: A novel class of Candida glabrata cell wall proteins with beta-helix fold mediates adhesion in clinical isolates.
著者: Reithofer, V. / Fernandez-Pereira, J. / Alvarado, M. / de Groot, P. / Essen, L.O.

履歴

登録	2021年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o9q.cif.gz	424.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o9q.ent.gz	292.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o9q_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o9q_full_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示
XML形式データ	7o9q_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	7o9q_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o9oC 7o9pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o9q-2 4ibb-d 3tqs-1 1zyb-d 4rfv-d 1lxa-d 6a6f-d 2q7t-1 2q7u-1 3tqs-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Awp1A

B: Awp1A

ヘテロ分子

71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Awp1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Awp1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.280, 83.280, 274.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Awp1A 分子量: 35671.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) [Candida] glabrata (菌類) / 遺伝子: AWP1, CAGL0J02508g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FPN0
#2: 化合物	ChemComp-9JE / pentane-1,5-diol / 1,5-ペンタンジオ-ル分子量: 104.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.09 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MOPSO/Bis-Tris pH 6.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% 1,5-pentanediol, 0.5 mM erbium (III) chloride, 0.5 mM terbium (III) chloride, 0.5 mM ytterbium (III) chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97717 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→45.81 Å / Num. obs: 83156 / % possible obs: 99.16 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 33.88 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.64
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 8101 / CC_1/2: 0.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Awp3bA

解像度: 1.85→45.81 Å / SU ML: 0.2762 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.839 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	1621	1.96 %
R_work	0.1871	81113	-
obs	0.1875	82734	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4522	0	28	668	5218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039	4671
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6736	6402
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0515	805
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	826
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.9013	2753

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.4805	132	0.4135	6509	X-RAY DIFFRACTION	97.53
1.9-1.97	0.3467	124	0.3275	6609	X-RAY DIFFRACTION	98.35
1.97-2.04	0.3194	118	0.2817	6644	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.04-2.12	0.2699	123	0.2497	6674	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.12-2.21	0.262	132	0.2298	6688	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.21-2.33	0.2588	126	0.2062	6758	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.33-2.48	0.2107	138	0.1897	6722	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.48-2.67	0.1795	149	0.1796	6751	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.67-2.94	0.1936	133	0.1755	6787	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.94-3.36	0.2296	130	0.1717	6857	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.36-4.23	0.1877	163	0.1582	6903	X-RAY DIFFRACTION	99.61
4.23-49.51	0.1688	153	0.1726	7211	X-RAY DIFFRACTION	98.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.81693357694	-1.09894262143	0.637320783403	4.75673085047	1.15124711017	5.35940801664	-0.0092721554953	0.202517809877	0.57525216851	-0.384304135676	0.102546795933	-0.201106083976	-1.10900904701	0.706101232253	-0.119920419271	0.809347950718	-0.156659580007	0.0937556735375	0.498453198791	0.0467474796355	0.481912216717	11.2517929426	63.0533761119	39.3669656522
2	0.698070284283	0.319162294095	-0.0561828930931	1.20066134024	0.0887507068243	3.80698057274	0.0780213733148	0.0929155846253	0.0648067797808	-0.26968396411	0.024647949679	-0.0123610141632	-0.316869585246	0.108837941314	-0.0830619806202	0.540271837465	0.132404155243	0.0044774608418	0.466798779748	0.0171268415712	0.390945697971	2.03103290358	48.3061775884	41.374433532
3	2.27110178439	0.368764398072	0.564607021221	2.73486518755	-0.034787265888	3.83891740767	0.0503253289385	0.183740243803	-0.253863199173	-0.206207181335	0.0576867924879	-0.00906490424797	0.694266813108	-0.129217911612	-0.0611770411994	0.589351073818	0.111472610738	-0.0414944103477	0.435392429924	-0.0353466262955	0.366281149224	-3.60776370958	27.0173594228	38.9829334157
4	4.03146408632	-0.442386067761	-0.0913548291629	1.3601331729	1.16006328745	1.73596244613	-0.0498738618911	-0.135906879278	-0.31375684439	0.182817415929	0.213486966368	-0.0167822361798	0.50412413379	0.260155402748	-0.133946291578	0.448734830517	0.233947037018	-0.0332356927022	0.377466618658	-0.000174114192534	0.441510744496	14.9513343524	18.7796369897	75.9414477577
5	6.28248639145	0.342626320158	-2.05707602266	5.74540974547	-0.444574313386	1.03524692878	-0.0734868846004	0.00530365856865	-0.172609803833	-0.162212191845	-0.111814191015	0.298218252132	0.233307297545	-0.191128548185	0.192887636782	0.366714935782	0.187492657672	-0.0160119182564	0.238819710482	0.0213542253812	0.36873873247	5.889606773	22.2161249486	74.2654492574
6	0.660278633261	-0.258890909587	0.206734035712	1.30283182771	0.128116697835	1.12371997023	0.00516359993454	-0.0266349073957	0.0485509546328	0.0219749811902	0.00934135769443	0.0196694941035	0.015147599186	0.000351157806677	-0.0121909413243	0.321999735646	0.126874395987	0.014196241714	0.405759956178	0.00736987685641	0.378703524946	-1.16703437119	42.5490605039	74.4305896908
7	6.87284084891	3.3914471233	0.340814710737	8.11027166321	-0.833099136242	0.409398296156	0.0367219607111	-0.105576722805	0.460897760035	-0.145656010096	-0.0543014082145	0.349327718732	-0.0968453995885	-0.00386566544382	0.0317438281008	0.363207234306	0.195846940872	0.0429774220569	0.407671828885	-0.0428829014943	0.274272949348	-8.10895330784	54.6688915391	71.2100821604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 202 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 203 through 324 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 17 through 70 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 71 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 92 through 291 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 292 through 324 )

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新型コロナ情報

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