PDB-7o9j: Crystal structure of DyP-type peroxidase from Dictyostelium disco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o9j

タイトル

Crystal structure of DyP-type peroxidase from Dictyostelium discoideum in complex with an activated form of oxygen

要素

DyPA

キーワード

HYDROLASE / Dye decolorizing-type peroxidase / Dictyostelium discoideum / B-type DyP

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxidase activity / protein dimerization activity / heme binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Rai, A. / Fedorov, R. / Manstein, D.J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Dye-Decolorizing Peroxidase from Dictyostelium discoideum .
著者: Rai, A. / Klare, J.P. / Reinke, P.Y.A. / Englmaier, F. / Fohrer, J. / Fedorov, R. / Taft, M.H. / Chizhov, I. / Curth, U. / Plettenburg, O. / Manstein, D.J.

履歴

登録	2021年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o9j.cif.gz	342.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o9j.ent.gz	231 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o9lC 7odzC 2iizS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o9l-d 7odz-d 6rr1-d 6rr5-d 5vj0-1 6rqy-d 6rpd-d 6fl2-d 5vj0-2 6fiy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DyPA

B: DyPA

ヘテロ分子

72.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.030, 141.030, 95.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-786- HOH
2	1	B-810- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	DyPA 分子量: 35426.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 遺伝子: DDB0168077, DDB0217308 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q556V8

-
非ポリマー , 5種, 628分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium malonate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.91985 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月1日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91985 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.78 Å / Num. obs: 105810 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.0314 / Net I/σ(I): 18.46
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 25.44 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique obs: 14967 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IIZ

2iiz

解像度: 1.7→45.25 Å / SU ML: 0.1178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.8577
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1653	5281	5 %
R_work	0.1461	100440	-
obs	0.1471	105721	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4924	0	101	622	5647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	5175
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0981	7008
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0764	757
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	900
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.6655	726

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.2257	166	0.2173	3332	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.72-1.74	0.2317	189	0.2097	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.76	0.1973	172	0.1987	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.78	0.2261	181	0.1988	3306	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.78-1.81	0.2089	163	0.1831	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.83	0.2177	172	0.1823	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2146	160	0.1809	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.1864	175	0.1687	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2028	171	0.1579	3341	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.1754	173	0.1579	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.1881	169	0.1471	3305	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.98-2.02	0.1724	163	0.1437	3338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.1511	176	0.1447	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.1682	186	0.1407	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.14	0.17	169	0.1408	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.1531	166	0.1369	3341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.1678	199	0.1365	3313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.31	0.1839	172	0.1359	3336	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.31-2.38	0.1707	177	0.141	3327	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.38-2.45	0.1546	165	0.1468	3349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.54	0.1949	185	0.1508	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.64	0.1711	165	0.1508	3370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.76	0.1864	168	0.1582	3365	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.76-2.91	0.2058	165	0.1576	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.09	0.1748	188	0.1506	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.33	0.1709	186	0.1522	3383	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.66	0.1504	179	0.1255	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.19	0.1285	199	0.1215	3403	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-5.28	0.1259	193	0.1191	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
5.28-45.25	0.1631	189	0.1693	3627	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.14591399821 Å / Origin y: 26.4106513772 Å / Origin z: 13.8529153268 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.18529800442 Å²	0.000732254701797 Å²	0.00290384365023 Å²	-	0.173429328034 Å²	0.0057328392572 Å²	-	-	0.16299623154 Å²
L	0.697602157251 °²	-0.0596796034735 °²	0.230189789051 °²	-	0.322726106532 °²	-0.100041477176 °²	-	-	0.340737896317 °²
S	0.0247592311865 Å °	-0.034262547821 Å °	0.0152416549353 Å °	0.032636089753 Å °	0.0142464233223 Å °	0.0280205982106 Å °	-0.0210684914072 Å °	-0.0138720708555 Å °	4.61339416649E-5 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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