PDB-7o91: diMn-sulerythrin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o91

タイトル

diMn-sulerythrin

要素

Sulerythrin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / sulerythrin / Hydrogen peroxide / molecular oxygen / bi-metallic binding site

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Jeoung, J.-H. / Dobbek, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Bimetallic Mn, Fe, Co, and Ni Sites in a Four-Helix Bundle Protein: Metal Binding, Structure, and Peroxide Activation.
著者: Jeoung, J.H. / Runger, S. / Haumann, M. / Neumann, B. / Klemke, F. / Davis, V. / Fischer, A. / Dau, H. / Wollenberger, U. / Dobbek, H.

履歴

登録	2021年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o91.cif.gz	226.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o91.ent.gz	182.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o91_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o91_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	7o91_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	7o91_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o91	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o89C 7o8aC 7o8dC 7o90C 7o93C 7o99C 7o9cC 7o9dC 7o9eC 1j30S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o93-d 1mwm-2 7o8d-d 1mwm-1 7o9c-d 2zgy-2 2zgz-2 5v3s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulerythrin

B: Sulerythrin

C: Sulerythrin

ヘテロ分子

49.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulerythrin

ヘテロ分子

A: Sulerythrin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sulerythrin

C: Sulerythrin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.620, 87.480, 59.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-525- HOH

#1: タンパク質	Sulerythrin 分子量: 16293.276 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ST2370, STK_23700 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: F9VPE5
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 20-25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→1.14 Å / Num. obs: 185980 / % possible obs: 97.27 % / 冗長度: 6.57 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.1→1.14 Å / Num. unique obs: 16306 / CC_1/2: 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1J30

1j30

解像度: 1.1→43.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 1.199 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16365	1953	1.1 %	RANDOM
R_work	0.13615	-	-	-
obs	0.13644	184031	97.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.336 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	0.1 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.1→43.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3385	0	16	726	4127

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.869	1.656	5132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.758	1.585	8154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.473	5	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.878	22.775	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.302	15	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.048	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.983	1.266	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.933	1.259	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.478	1.901	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.427	1.9	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.034	1.619	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.033	1.621	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.561	2.28	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.357	18.762	5173
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.353	16.646	4853
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.834	3	7296
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.125 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	119	-
R_work	0.351	11284	-
obs	-	-	80.84 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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