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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7o9c | ||||||
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Title | diNi-sulerythrin treated by hydrogen perxoide | ||||||
![]() | Sulerythrin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / sulerythrin / Hydrogen peroxide / molecular oxygen / bi-metallic binding site | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jeoung, J.-H. / Dobbek, H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Bimetallic Mn, Fe, Co, and Ni Sites in a Four-Helix Bundle Protein: Metal Binding, Structure, and Peroxide Activation. Authors: Jeoung, J.H. / Runger, S. / Haumann, M. / Neumann, B. / Klemke, F. / Davis, V. / Fischer, A. / Dau, H. / Wollenberger, U. / Dobbek, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 149.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7o89C ![]() 7o8aC ![]() 7o8dC ![]() 7o90C ![]() 7o91C ![]() 7o93C ![]() 7o99C ![]() 7o9dC ![]() 7o9eC ![]() 1j30S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 16293.276 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / Gene: ST2370, STK_23700 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NI / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 20-25% (w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→39.02 Å / Num. obs: 39539 / % possible obs: 99.44 % / Redundancy: 9.89 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.65 Å / Num. unique obs: 3784 / CC1/2: 0.808 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1j30 Resolution: 1.6→29.3 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 17.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→29.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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