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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o8v | ||||||
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タイトル | NmHR light state structure at 55 ms (50 - 60 ms) after photoexcitation determined by serial millisecond crystallography | ||||||
要素 | Chloride pumping rhodopsin | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / chloride pump / rhodopsin | ||||||
機能・相同性 | Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Chloride pumping rhodopsin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Mous, S. / Gotthard, G. / Ehrenberg, D. / Sen, S. / James, D. / Johnson, P. / Weinert, T. / Nass, K. / Furrer, A. / Kekilli, D. ...Mous, S. / Gotthard, G. / Ehrenberg, D. / Sen, S. / James, D. / Johnson, P. / Weinert, T. / Nass, K. / Furrer, A. / Kekilli, D. / Ma, P. / Bruenle, S. / Casadei, C. / Martiel, I. / Dworkowski, F. / Gashi, D. / Skopintsev, P. / Wranik, M. / Knopp, G. / Panepucci, E. / Panneels, V. / Cirelli, C. / Ozerov, D. / Schertler, G. / Wang, M. / Milne, C. / Standfuss, J. / Schapiro, I. / Heberle, J. / Nogly, P. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Dynamics and mechanism of a light-driven chloride pump. 著者: Mous, S. / Gotthard, G. / Ehrenberg, D. / Sen, S. / Weinert, T. / Johnson, P.J.M. / James, D. / Nass, K. / Furrer, A. / Kekilli, D. / Ma, P. / Brunle, S. / Casadei, C.M. / Martiel, I. / ...著者: Mous, S. / Gotthard, G. / Ehrenberg, D. / Sen, S. / Weinert, T. / Johnson, P.J.M. / James, D. / Nass, K. / Furrer, A. / Kekilli, D. / Ma, P. / Brunle, S. / Casadei, C.M. / Martiel, I. / Dworkowski, F. / Gashi, D. / Skopintsev, P. / Wranik, M. / Knopp, G. / Panepucci, E. / Panneels, V. / Cirelli, C. / Ozerov, D. / Schertler, G.F.X. / Wang, M. / Milne, C. / Standfuss, J. / Schapiro, I. / Heberle, J. / Nogly, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o8v.cif.gz | 72.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o8v.ent.gz | 50.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o8v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o8v_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o8v_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7o8v_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o8v_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/7o8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/7o8v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7o8fC 7o8gC 7o8hC 7o8iC 7o8jC 7o8kC 7o8lC 7o8mC 7o8nC 7o8oC 7o8pC 7o8qC 7o8rC 7o8sC 7o8tC 7o8uC 7o8yC 7o8zC 5b2nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 32913.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア) 遺伝子: ClR, NMS_1267 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: W8VZW3 |
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-非ポリマー , 5種, 44分子
#2: 化合物 | ChemComp-RET / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.5 詳細: 50 mM sodium acetate (pH 4.5), 150 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 34% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→39 Å / Num. obs: 21052 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 735 % / Biso Wilson estimate: 37.82 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.04 Å / Num. unique obs: 2105 / CC1/2: 0.6 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5B2N 解像度: 2.5→38.96 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 35.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.35 Å2 / Biso mean: 40.3483 Å2 / Biso min: 20.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→38.96 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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