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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o8k | ||||||
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タイトル | NmHR light state structure at 300 us after photoexcitation determined by serial femtosecond crystallography (with extrapolated, dark and light dataset) | ||||||
![]() | Chloride pumping rhodopsin | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / chloride pump / rhodopsin | ||||||
機能・相同性 | Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / plasma membrane / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Chloride pumping rhodopsin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mous, S. / Gotthard, G. / Ehrenberg, D. / Sen, S. / James, D. / Johnson, P. / Weinert, T. / Nass, K. / Furrer, A. / Kekilli, D. ...Mous, S. / Gotthard, G. / Ehrenberg, D. / Sen, S. / James, D. / Johnson, P. / Weinert, T. / Nass, K. / Furrer, A. / Kekilli, D. / Ma, P. / Bruenle, S. / Casadei, C. / Martiel, I. / Dworkowski, F. / Gashi, D. / Skopintsev, P. / Wranik, M. / Knopp, G. / Panepucci, E. / Panneels, V. / Cirelli, C. / Ozerov, D. / Schertler, G. / Wang, M. / Milne, C. / Standfuss, J. / Schapiro, I. / Heberle, J. / Nogly, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dynamics and mechanism of a light-driven chloride pump. 著者: Mous, S. / Gotthard, G. / Ehrenberg, D. / Sen, S. / Weinert, T. / Johnson, P.J.M. / James, D. / Nass, K. / Furrer, A. / Kekilli, D. / Ma, P. / Brunle, S. / Casadei, C.M. / Martiel, I. / ...著者: Mous, S. / Gotthard, G. / Ehrenberg, D. / Sen, S. / Weinert, T. / Johnson, P.J.M. / James, D. / Nass, K. / Furrer, A. / Kekilli, D. / Ma, P. / Brunle, S. / Casadei, C.M. / Martiel, I. / Dworkowski, F. / Gashi, D. / Skopintsev, P. / Wranik, M. / Knopp, G. / Panepucci, E. / Panneels, V. / Cirelli, C. / Ozerov, D. / Schertler, G.F.X. / Wang, M. / Milne, C. / Standfuss, J. / Schapiro, I. / Heberle, J. / Nogly, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7o8fC ![]() 7o8gC ![]() 7o8hC ![]() 7o8iC ![]() 7o8jC ![]() 7o8lC ![]() 7o8mC ![]() 7o8nC ![]() 7o8oC ![]() 7o8pC ![]() 7o8qC ![]() 7o8rC ![]() 7o8sC ![]() 7o8tC ![]() 7o8uC ![]() 7o8vC ![]() 7o8yC ![]() 7o8zC ![]() 5b2nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32913.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ClR, NMS_1267 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-RET / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-OLA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.5 詳細: 50 mM sodium acetate (pH 4.5), 150 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 34% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→13.5 Å / Num. obs: 55736 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 136 % / Biso Wilson estimate: 23.37 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / Num. unique obs: 4354 / CC1/2: 0.4 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5B2N 解像度: 1.9→13.45 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 40.1 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.03 Å2 / Biso mean: 27.9945 Å2 / Biso min: 18.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→13.45 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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